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- PDB-7ci3: The crystal structure of the SARS-CoV-2 ORF7a ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ci3
タイトルThe crystal structure of the SARS-CoV-2 ORF7a ectodomain
要素Orf7a protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Ig-like fold / type-I transmembrane protein / ER membrane / accessory protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / SARS-CoV-2 modulates autophagy / virion component => GO:0044423 / host cell Golgi membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Virion Assembly and Release / suppression by virus of host tetherin activity / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry ...symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / SARS-CoV-2 modulates autophagy / virion component => GO:0044423 / host cell Golgi membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Virion Assembly and Release / suppression by virus of host tetherin activity / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Structural accessory protein ORF7a, SARS-CoV-2-like / Structural accessory protein ORF7a, SARS-CoV-like / ORF7a superfamily, coronavirus / Structural accessory protein ORF7a, SARS-CoV-like, X4e domain / Betacoronavirus NS7A protein / X4e domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Accessory protein 7a / ORF7a protein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhou, Z. / Zhou, Z. / Chen, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770801 中国
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Structural insight reveals SARS-CoV-2 ORF7a as an immunomodulating factor for human CD14 + monocytes.
著者: Zhou, Z. / Huang, C. / Zhou, Z. / Huang, Z. / Su, L. / Kang, S. / Chen, X. / Chen, Q. / He, S. / Rong, X. / Xiao, F. / Chen, J. / Chen, S.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orf7a protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5751
ポリマ－9,5751
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4530 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)37.545, 37.545, 56.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Orf7a protein / Nonstructural protein NS7a


分子量: 9574.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: ORF7a, NS7a, orf7a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A6C0X2S1, UniProt: P0DTC7*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.47 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Sodium acetate pH 5.0, 10% PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 4481 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 0.938 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 20004
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.242.80.6292250.6960.3950.7490.74296.2
2.24-2.282.90.5782050.1040.3930.7040.70899
2.28-2.323.20.4172530.8560.2630.4950.508100
2.32-2.373.40.4432010.8170.2770.5250.44199.5
2.37-2.423.60.52250.8320.2960.5830.47999.6
2.42-2.483.90.5342350.7460.3090.6190.449100
2.48-2.544.20.5522210.8230.3070.6330.477100
2.54-2.614.80.5072150.8980.2560.5680.473100
2.61-2.6950.4762340.8590.2350.5320.599100
2.69-2.775.10.3552150.9130.1750.3960.51100
2.77-2.875.20.3012230.9680.1460.3350.533100
2.87-2.995.10.2082160.9740.1020.2320.584100
2.99-3.124.80.1612470.9760.0820.1810.586100
3.12-3.294.70.1221980.9850.0630.1380.705100
3.29-3.495.30.1032390.990.0490.1140.847100
3.49-3.765.20.0832340.9940.040.0920.943100
3.76-4.145.20.0782060.9930.0380.0860.989100
4.14-4.744.80.062400.9970.0310.0671.061100
4.74-5.975.10.0512150.9990.0250.0570.877100
5.97-504.90.12340.8680.0520.1145.13100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XAK

1xak


解像度: 2.2→28.14 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 34.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 445 9.98 %
Rwork0.2295 4015 -
obs0.2326 4460 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.63 Å2 / Biso mean: 49.4772 Å2 / Biso min: 19.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→28.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数542 0 0 8 550
Biso mean---50.22 -
残基数----69
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.520.34091520.28651324147699
2.52-3.170.36041460.300213481494100
3.18-28.140.21341470.195613431490100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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