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- PDB-7ci0: Microbial Hormone-sensitive lipase E53 mutant S162A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ci0
タイトルMicrobial Hormone-sensitive lipase E53 mutant S162A
要素Lipase
キーワードHYDROLASE / Esterase / Microbial Hormone-sensitive lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANOIC ACID / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / P-NITROPHENOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Erythrobacter longus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yang, X. / Li, Z. / Xu, X. / Li, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31770004 中国
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021
タイトル: Mechanism and Structural Insights Into a Novel Esterase, E53, Isolated From Erythrobacter longus .
著者: Ding, Y. / Nie, L. / Yang, X.C. / Li, Y. / Huo, Y.Y. / Li, Z. / Gao, Y. / Cui, H.L. / Li, J. / Xu, X.W.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase
B: Lipase
C: Lipase
D: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,73368
ポリマ－132,5714
非ポリマー6,16264
水24,5181361
1
A: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,90819
ポリマ－33,1431
非ポリマー1,76518
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,62718
ポリマ－33,1431
非ポリマー1,48517
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,69517
ポリマ－33,1431
非ポリマー1,55316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,50214
ポリマ－33,1431
非ポリマー1,36013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.397, 129.771, 220.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-812-

NPO

21D-812-

NPO

31D-812-

NPO

41B-2843-

HOH

51B-3092-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Lipase


分子量: 33142.730 Da / 分子数: 4 / 変異: S162A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erythrobacter longus (バクテリア)
遺伝子: EH31_02760 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A0A074MDU6

-
非ポリマー , 12種, 1425分子

#2: 化合物
ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL


分子量: 139.109 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3
#3: 化合物 ChemComp-6NA / HEXANOIC ACID / ヘキサン酸


分子量: 116.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#12: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.64 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MES pH 6.5, PEG, ammonium sulfate, dioxane, PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.66 Å / Num. obs: 221017 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 27.09 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.015 / Net I/σ(I): 20.16
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 21745 / CC1/2: 0.918

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3247精密化
PHENIX1.14_3247精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YPV

4ypv


解像度: 1.7→47.35 Å / SU ML: 0.1843 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.2447 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1908 11063 5.01 %
Rwork0.1711 209779 -
obs0.1723 221017 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9128 0 392 1361 10881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01079678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.000813119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06741478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00641715
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.10323453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.36283110.33026796X-RAY DIFFRACTION96.51
1.72-1.740.28483460.26226892X-RAY DIFFRACTION99.82
1.74-1.760.2583350.24787008X-RAY DIFFRACTION99.81
1.76-1.790.27663540.24676890X-RAY DIFFRACTION99.81
1.79-1.810.25823460.23446967X-RAY DIFFRACTION99.82
1.81-1.830.26143720.22746902X-RAY DIFFRACTION99.85
1.83-1.860.24583550.21446958X-RAY DIFFRACTION99.86
1.86-1.890.24053570.20566923X-RAY DIFFRACTION99.89
1.89-1.920.21563690.19986968X-RAY DIFFRACTION99.93
1.92-1.950.22073710.19626941X-RAY DIFFRACTION99.92
1.95-1.980.22683570.19386944X-RAY DIFFRACTION99.92
1.98-2.020.21013540.19076977X-RAY DIFFRACTION99.8
2.02-2.060.21293700.19456950X-RAY DIFFRACTION99.89
2.06-2.10.214000.19066898X-RAY DIFFRACTION99.92
2.1-2.140.21953810.18976985X-RAY DIFFRACTION99.88
2.14-2.190.21114060.18666920X-RAY DIFFRACTION99.85
2.19-2.250.20183560.18156988X-RAY DIFFRACTION99.89
2.25-2.310.21863590.17616954X-RAY DIFFRACTION99.81
2.31-2.380.20043810.17086969X-RAY DIFFRACTION99.88
2.38-2.450.19994020.17076982X-RAY DIFFRACTION99.88
2.45-2.540.20343700.1736991X-RAY DIFFRACTION99.86
2.54-2.640.19393950.1736945X-RAY DIFFRACTION99.89
2.64-2.760.19893710.16877033X-RAY DIFFRACTION99.88
2.76-2.910.19223670.17337026X-RAY DIFFRACTION99.96
2.91-3.090.19483810.17737040X-RAY DIFFRACTION99.95
3.09-3.330.19523580.17327060X-RAY DIFFRACTION99.97
3.33-3.670.1743680.15747102X-RAY DIFFRACTION99.95
3.67-4.20.15393920.14357119X-RAY DIFFRACTION100
4.2-5.290.13463890.13167174X-RAY DIFFRACTION99.95
5.29-47.350.18983900.16837477X-RAY DIFFRACTION99.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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