ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (1.17_3644: ???)精密化 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.33→28.05 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.36 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2252 | 854 | 5 % |
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Rwork | 0.2071 | - | - |
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obs | 0.2081 | 17089 | 99.64 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.33→28.05 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 671 | 0 | 0 | 64 | 735 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.005 | 685 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.745 | 928 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d5.497 | 93 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.084 | 100 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 125 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.33-1.41 | 0.2614 | 137 | 0.2608 | 2628 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 1.41-1.52 | 0.249 | 140 | 0.2319 | 2643 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 1.52-1.68 | 0.2302 | 140 | 0.1991 | 2677 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.68-1.92 | 0.2617 | 142 | 0.2061 | 2691 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.92-2.42 | 0.229 | 144 | 0.1976 | 2726 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.42-28.05 | 0.2074 | 151 | 0.2055 | 2870 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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