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万見
- PDB-1t4n: Solution structure of Rnt1p dsRBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t4n
タイトルSolution structure of Rnt1p dsRBD
要素Ribonuclease III
キーワードHYDROLASE / dsRBD / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


box C/D sno(s)RNA processing / box H/ACA sno(s)RNA processing / regulation of fungal-type cell wall organization / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / ribonuclease III / ribonuclease III activity / termination of RNA polymerase II transcription ...box C/D sno(s)RNA processing / box H/ACA sno(s)RNA processing / regulation of fungal-type cell wall organization / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / ribonuclease III / ribonuclease III activity / termination of RNA polymerase II transcription / rRNA transcription / rRNA processing / double-stranded RNA binding / chromatin organization / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III, N-terminal domain / Rnt1/Pac1, double-stranded RNA binding domain, fungi / Ribonuclease III N-terminal domain / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif ...Ribonuclease III, N-terminal domain / Rnt1/Pac1, double-stranded RNA binding domain, fungi / Ribonuclease III N-terminal domain / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR
データ登録者Leulliot, N. / Quevillon-Cheruel, S. / Graille, M. / van Tilbeurgh, H. / Leeper, T.C. / Godin, K.S. / Edwards, T.E. / Sigurdsson, S.T. / Rozenkrants, N. / Nagel, R.J. ...Leulliot, N. / Quevillon-Cheruel, S. / Graille, M. / van Tilbeurgh, H. / Leeper, T.C. / Godin, K.S. / Edwards, T.E. / Sigurdsson, S.T. / Rozenkrants, N. / Nagel, R.J. / Ares, M. / Varani, G.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: A new alpha-helical extension promotes RNA binding by the dsRBD of Rnt1p RNAse III
著者: Leulliot, N. / Quevillon-Cheruel, S. / Graille, M. / Van Tilbeurgh, H. / Leeper, T.C. / Godin, K.S. / Edwards, T.E. / Sigurdsson, S.T. / Rozenkrants, N. / Nagel, R.J. / Ares, M. / Varani, G.
履歴
登録2004年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn ...database_2 / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4531
ポリマ－10,4531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)51 / 51structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease III / RNase III / Rnt1p


分子量: 10453.133 Da / 分子数: 1 / 断片: dsRBD / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RNT1, YMR239C, YM9408.01C, YM9959.21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02555, ribonuclease III

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態イオン強度: 50mM NACL / pH: 6.5 / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCE DMXBrukerAVANCE DMX6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
SparkyGoddardstructure calculation
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARRENstructure calculation
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 51 / 登録したコンフォーマーの数: 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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