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万見
- PDB-7chk: Cryo-EM Structure of Apple Latent Spherical Virus (ALSV) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7chk
タイトルCryo-EM Structure of Apple Latent Spherical Virus (ALSV)
要素
  • VP20 protein
  • VP24 protein
  • VP25 protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cheravirus / capsid stabilization / genome release / single particle cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / Capsid protein Vp25 / Capsid protein Vp20 / Capsid protein Vp24 / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Apple latent spherical virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Naitow, H. / Hamaguchi, T. / Maki-Yonekura, S. / Isogai, M. / Yoshikawa, N. / Yonekura, K.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H04757 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24657111 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Apple latent spherical virus structure with stable capsid frame supports quasi-stable protrusions expediting genome release.
著者: Hisashi Naitow / Tasuku Hamaguchi / Saori Maki-Yonekura / Masamichi Isogai / Nobuyuki Yoshikawa / Koji Yonekura /
要旨: Picorna-like plant viruses are non-enveloped RNA spherical viruses of ~30 nm. Part of the survival of these viruses depends on their capsid being stable enough to harbour the viral genome and yet ...Picorna-like plant viruses are non-enveloped RNA spherical viruses of ~30 nm. Part of the survival of these viruses depends on their capsid being stable enough to harbour the viral genome and yet malleable enough to allow its release. However, molecular mechanisms remain obscure. Here, we report a structure of a picorna-like plant virus, apple latent spherical virus, at 2.87 Å resolution by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) with a cold-field emission beam. The cryo-EM map reveals a unique structure composed of three capsid proteins Vp25, Vp20, and Vp24. Strikingly Vp25 has a long N-terminal extension, which substantially stabilises the capsid frame of Vp25 and Vp20 subunits. Cryo-EM images also resolve RNA genome leaking from a pentameric protrusion of Vp24 subunits. The structures and observations suggest that genome release occurs through occasional opening of the Vp24 subunits, possibly suppressed to a low frequency by the rigid frame of the other subunits.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30375
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30375
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP20 protein
B: VP24 protein
C: VP25 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6323
ポリマ－65,6323
非ポリマー00
水00
1
A: VP20 protein
B: VP24 protein
C: VP25 protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,937,915180
ポリマ－3,937,915180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP20 protein
B: VP24 protein
C: VP25 protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 328 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)328,16015
ポリマ－328,16015
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP20 protein
B: VP24 protein
C: VP25 protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 394 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)393,79218
ポリマ－393,79218
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 VP20 protein


分子量: 19957.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Apple latent spherical virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q9JGP1
#2: タンパク質 VP24 protein


分子量: 21575.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Apple latent spherical virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q9JGP1
#3: タンパク質 VP25 protein


分子量: 24098.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Apple latent spherical virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q9JGP1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Apple latent spherical virus / タイプ: VIRUS
詳細: ALSV was purified and isolated from infected Chenopodium quinoa leaf.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Apple latent spherical virus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Malus domestica
ウイルス殻直径: 300 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
10.1 MTris-HCl1
20.1 MNaCl1
35 mMMgCl1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: In practice, the sample concentration is 1-2 mg/ml.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
EM embeddingMaterial: ice
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 40000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL
撮影電子線照射量: 8.5 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8018 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 52.56 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0074309
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64655838
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0471650
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046734
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d2.93932520

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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