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- PDB-7cgr: Crystal structure of Azospirillum brasilense L-arabinose 1-dehydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cgr
タイトルCrystal structure of Azospirillum brasilense L-arabinose 1-dehydrogenase E147A mutant (NADP and glycerol bound form)
要素L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-ARABINOSE METABOLISM / NADP-DEPENDENT DEHYDROGENASE / GFO/IDH/MOCA PROTEIN FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / L-arabinose catabolic process / L-arabinose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / D-galactose 1-dehydrogenase / galactose 1-dehydrogenase activity / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / NADP+ binding ...L-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / L-arabinose catabolic process / L-arabinose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / D-galactose 1-dehydrogenase / galactose 1-dehydrogenase activity / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / NADP+ binding / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD+ binding
類似検索 - 分子機能
: / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Azospirillum brasilense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.093 Å
データ登録者Yoshiwara, K. / Watanabe, Y. / Watanabe, S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of bacterial L-arabinose 1-dehydrogenase in complex with L-arabinose and NADP+
著者: Yoshiwara, K. / Watanabe, S. / Watanabe, Y.
履歴
登録2020年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
B: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
C: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
D: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,12111
ポリマ－139,8714
非ポリマー3,2507
水13,673759
1
A: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
B: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6066
ポリマ－69,9352
非ポリマー1,6714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area24780 Å2
手法PISA
2
C: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
D: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5145
ポリマ－69,9352
非ポリマー1,5793
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area25030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.857, 90.520, 134.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+)) / D-galactose 1-dehydrogenase


分子量: 34967.727 Da / 分子数: 4 / 変異: E147A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azospirillum brasilense (バクテリア)
遺伝子: araA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q53TZ2, L-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+], galactose 1-dehydrogenase (NADP+), D-galactose 1-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→49.171 Å / Num. obs: 82746 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.448 % / Biso Wilson estimate: 35.093 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rrim(I) all: 0.176 / Χ2: 0.796 / Net I/σ(I): 7.09 / Num. measured all: 559968
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.09-2.223.2810.8691.528587526412261720.6541.0499.1
2.22-2.373.4610.6232.248531124677246480.8150.73799.9
2.37-2.563.4330.4582.997896223024230010.880.54399.9
2.56-2.813.3570.2984.377112821236211850.9380.35699.8
2.81-3.143.6310.1936.956973619251192070.9750.22799.8
3.14-3.623.5330.11311.145938416905168060.9880.13399.4
3.62-4.433.3990.07215.944822214283141860.9930.08599.3
4.43-6.233.6020.0618.923979611094110470.9950.07199.6
6.23-49.1713.5020.04722.5621554618961550.9970.05599.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSdata processing
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JNK

6jnk


解像度: 2.093→48.934 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2221 4175 5.05 %
Rwork0.1852 78571 -
obs0.1871 82746 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.98 Å2 / Biso mean: 32.0001 Å2 / Biso min: 14.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.093→48.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9361 0 168 759 10288
Biso mean--40.17 35.79 -
残基数----1216
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0933-2.11710.30851170.2801255897
2.1171-2.1420.31491660.27132598100
2.142-2.16810.31931500.26082588100
2.1681-2.19550.28111220.24252616100
2.1955-2.22440.28061530.23392589100
2.2244-2.25490.27181460.21952593100
2.2549-2.28710.24451180.2142612100
2.2871-2.32120.23451400.21292616100
2.3212-2.35750.28611180.20942631100
2.3575-2.39620.27771540.21482633100
2.3962-2.43750.25461420.22022557100
2.4375-2.48180.24481330.20412644100
2.4818-2.52950.23531370.20792614100
2.5295-2.58120.24411220.21022633100
2.5812-2.63730.24561510.21372591100
2.6373-2.69860.25441460.21362613100
2.6986-2.76610.24051400.19762613100
2.7661-2.84090.24941200.19182645100
2.8409-2.92450.24661320.18552614100
2.9245-3.01890.19641340.18732657100
3.0189-3.12670.22631530.19112594100
3.1267-3.25190.23991510.19072590100
3.2519-3.39990.21451210.18592656100
3.3999-3.57910.19181460.16592621100
3.5791-3.80320.19991570.15892603100
3.8032-4.09670.20021220.15162662100
4.0967-4.50880.16641640.13792630100
4.5088-5.16060.16551360.14492638100
5.1606-6.49940.22181160.18612688100
6.4994-48.9340.19571680.1622674100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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