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- PDB-7ce1: Complex STRUCTURE OF TRANSCRIPTION FACTOR SghR with its COGNATE DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ce1
タイトルComplex STRUCTURE OF TRANSCRIPTION FACTOR SghR with its COGNATE DNA
要素
  • LacI-type transcription factor
  • promoter DNA
キーワードTRANSCRIPTION / AGROBACTERIUM INFECTION / PLANT-MICROBE INTERACTION / LACI REP SUCROSE
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator ...Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / LacI-type transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens A6 (植物への病原性)
Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ye, F.Z. / Wang, C. / Yan, X.F. / Zhang, L.H. / Gao, Y.G.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-RF2009-RF001-267 シンガポール
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of a novel repressor, SghR, controllingAgrobacteriuminfection by cross-talking to plants.
著者: Ye, F. / Wang, C. / Fu, Q. / Yan, X.F. / Bharath, S.R. / Casanas, A. / Wang, M. / Song, H. / Zhang, L.H. / Gao, Y.G.
履歴
登録2020年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LacI-type transcription factor
B: LacI-type transcription factor
a: promoter DNA
b: promoter DNA
C: LacI-type transcription factor
D: LacI-type transcription factor
c: promoter DNA
d: promoter DNA
G: LacI-type transcription factor
H: LacI-type transcription factor
g: promoter DNA
h: promoter DNA
K: LacI-type transcription factor
L: LacI-type transcription factor
k: promoter DNA
l: promoter DNA
O: LacI-type transcription factor
P: LacI-type transcription factor
o: promoter DNA
p: promoter DNA
S: LacI-type transcription factor
T: LacI-type transcription factor
s: promoter DNA
t: promoter DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)521,79624
ポリマ－521,79624
非ポリマー00
水45025
1
A: LacI-type transcription factor
B: LacI-type transcription factor
a: promoter DNA
b: promoter DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9664
ポリマ－86,9664
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9300 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area31960 Å2
手法PISA
2
C: LacI-type transcription factor
D: LacI-type transcription factor
c: promoter DNA
d: promoter DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9664
ポリマ－86,9664
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9270 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area31650 Å2
手法PISA
3
G: LacI-type transcription factor
H: LacI-type transcription factor
g: promoter DNA
h: promoter DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9664
ポリマ－86,9664
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9280 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area31230 Å2
手法PISA
4
K: LacI-type transcription factor
L: LacI-type transcription factor
k: promoter DNA
l: promoter DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9664
ポリマ－86,9664
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9230 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area31440 Å2
手法PISA
5
O: LacI-type transcription factor
P: LacI-type transcription factor
o: promoter DNA
p: promoter DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9664
ポリマ－86,9664
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area32570 Å2
手法PISA
6
S: LacI-type transcription factor
T: LacI-type transcription factor
s: promoter DNA
t: promoter DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9664
ポリマ－86,9664
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area33100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.900, 218.960, 284.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain G
61chain H
71chain K
81chain L
91chain O
101chain P
111chain S
121chain T
12chain a
22chain b
32chain c
42chain d
52chain g
62chain h
72chain k
82chain l
92chain o
102chain p
112chain s
122chain t

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUPROPROchain AAA18 - 3481 - 331
21GLUGLUSERSERchain BBB18 - 3451 - 328
31GLUGLULYSLYSchain CCE18 - 3491 - 332
41GLUGLUSERSERchain DDF18 - 3441 - 327
51GLUGLUPROPROchain GGI18 - 3481 - 331
61GLUGLUPROPROchain HHJ18 - 3481 - 331
71GLUGLUPROPROchain KKM18 - 3501 - 333
81GLUGLUMETMETchain LLN18 - 3461 - 329
91GLUGLUSERSERchain OOQ18 - 3451 - 328
101GLUGLUSERSERchain PPR18 - 3451 - 328
111GLUGLUSERSERchain SSU18 - 3371 - 320
121GLUGLUVALVALchain TTV18 - 3381 - 321
12DTDTDADAchain aaC1 - 181 - 18
22DTDTDADAchain bbD1 - 181 - 18
32DTDTDADAchain ccG1 - 181 - 18
42DTDTDADAchain ddH1 - 181 - 18
52DADADADAchain ggK2 - 182 - 18
62DADADADAchain hhL2 - 182 - 18
72DADADADAchain kkO2 - 182 - 18
82DADADADAchain llP2 - 182 - 18
92DTDTDADAchain ooS1 - 181 - 18
102DADADADAchain ppT2 - 182 - 18
112DTDTDADAchain ssW3 - 163 - 16
122DADADCDCchain ttX2 - 152 - 15

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
LacI-type transcription factor


分子量: 37967.426 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens A6 (植物への病原性)
遺伝子: sghR
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2I4PGE9
#2: DNA鎖
promoter DNA


分子量: 5515.591 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 10mM Tris-HCl pH 8.5, 100mM NaCl, 1mM EDTA

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 987667 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.25 Å / 冗長度: 5.2 % / Num. unique obs: 111573 / Rsym value: 1.16 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CDV

7cdv


解像度: 3.2→49.149 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2809 5591 5.01 %
Rwork0.2334 106017 -
obs0.2358 111608 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 278.43 Å2 / Biso mean: 117.3258 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→49.149 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28156 4159 0 25 32340
Biso mean---74.63 -
残基数----4040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00933408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.64546345
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0725505
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085310
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.58812161
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A16846X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
12B16846X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
13C16846X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
14D16846X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
15G16846X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
16H16846X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
17K16846X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
18L16846X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
19O16846X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
110P16846X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
111S16846X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
112T16846X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
21a2004X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
22b2004X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
23c2004X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
24d2004X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
25g2004X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
26h2004X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
27k2004X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
28l2004X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
29o2004X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
210p2004X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
211s2004X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
212t2004X-RAY DIFFRACTION16.266TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.2-3.23640.40091840.37273487
3.2364-3.27440.37252060.33833487
3.2744-3.31440.35091870.32433461
3.3144-3.35630.38131710.32173500
3.3563-3.40050.32231890.31373502
3.4005-3.4470.35661800.29933480
3.447-3.49630.34321810.30313517
3.4963-3.54840.30011930.28833473
3.5484-3.60390.32062160.27633503
3.6039-3.66290.37571520.293508
3.6629-3.72610.3231600.28183537
3.7261-3.79380.32891980.27593479
3.7938-3.86670.31281970.27733525
3.8667-3.94560.31071810.26723499
3.9456-4.03140.31141920.23853499
4.0314-4.12510.26212050.23713498
4.1251-4.22820.2811930.22893502
4.2282-4.34250.27261780.22393542
4.3425-4.47020.27871840.21973525
4.4702-4.61440.28621720.22423527
4.6144-4.77920.27661810.22443547
4.7792-4.97030.24331860.21633542
4.9703-5.19630.28331930.22813540
5.1963-5.46990.28171800.22593539
5.4699-5.81210.31311990.23853567
5.8121-6.26010.32241980.2443562
6.2601-6.88850.30451870.24153581
6.8885-7.88180.20991840.20543619
7.8818-9.91680.21281760.16533664
9.9168-49.140.22191880.18693805
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.9602 Å / Origin y: 26.6107 Å / Origin z: -66.3359 Å
111213212223313233
T0.4432 Å20.0137 Å20.1004 Å2-0.3729 Å2-0.0286 Å2--0.4689 Å2
L0.266 °2-0.014 °20.1699 °2-0.1714 °2-0.0016 °2--0.3349 °2
S0.0343 Å °-0.0987 Å °-0.0245 Å °-0.089 Å °0.0292 Å °-0.0419 Å °0.0178 Å °-0.009 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA18 - 348
2X-RAY DIFFRACTION1allB18 - 345
3X-RAY DIFFRACTION1alla1 - 18
4X-RAY DIFFRACTION1allb1 - 18
5X-RAY DIFFRACTION1allC18 - 349
6X-RAY DIFFRACTION1allD18 - 344
7X-RAY DIFFRACTION1allc1 - 18
8X-RAY DIFFRACTION1alld1 - 18
9X-RAY DIFFRACTION1allG18 - 348
10X-RAY DIFFRACTION1allH18 - 348
11X-RAY DIFFRACTION1allg2 - 18
12X-RAY DIFFRACTION1allh2 - 18
13X-RAY DIFFRACTION1allK18 - 350
14X-RAY DIFFRACTION1allL18 - 346
15X-RAY DIFFRACTION1allk2 - 18
16X-RAY DIFFRACTION1alll2 - 18
17X-RAY DIFFRACTION1allO18 - 345
18X-RAY DIFFRACTION1allP18 - 345
19X-RAY DIFFRACTION1allo1 - 18
20X-RAY DIFFRACTION1allp2 - 18
21X-RAY DIFFRACTION1allS18 - 337
22X-RAY DIFFRACTION1allT18 - 338
23X-RAY DIFFRACTION1alls3 - 16
24X-RAY DIFFRACTION1allt2 - 15
25X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 25

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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