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- PDB-7cdw: Crystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Elongation Factor G1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cdw
タイトルCrystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Elongation Factor G1
要素Elongation factor G
キーワードHYDROLASE / GTPase / Elongation factor G(EF-G) / Ribosome-bound EF-G / Crystal structure / Antituberculosis drugs
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / translation elongation factor activity / peptidoglycan-based cell wall / GTPase activity / GTP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV ...Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Elongation factor G
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gao, X. / Cui, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81572005 中国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Elongation Factor G1.
著者: Gao, X. / Yu, X. / Zhu, K. / Qin, B. / Wang, W. / Han, P. / Aleksandra Wojdyla, J. / Wang, M. / Cui, S.
履歴
登録2020年6月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor G
B: Elongation factor G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,5084
ポリマ－158,6212
非ポリマー8862
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area59570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.543, 301.516, 145.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor G / EF-G


分子量: 79310.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: fusA, Rv0684, MTCY210.01, MTV040.12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNM7
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.44 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20mM magnesium chloride,50mM MOPS pH 7.0,55%TacsimateTM pH 7.0 and 5mM Hexammine cobalt(III) chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.85 Å / Num. obs: 83429 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.92 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.73
反射 シェル解像度: 3→3.19 Å / 冗長度: 2.88 % / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique obs: 13613 / CC1/2: 0.812 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→47.95 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 3800 4.56 %
Rwork0.2062 79592 -
obs0.2078 83392 96.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 520.25 Å2 / Biso mean: 75.2957 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→47.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10537 0 76 0 10613
Biso mean--55.37 --
残基数----1361
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.040.33521400.32752924306494
3.04-3.080.3681430.30653006314998
3.08-3.120.34451440.28583037318199
3.12-3.170.35091440.29512979312398
3.17-3.220.3261400.28862935307599
3.22-3.270.3461370.26743013315099
3.27-3.320.27331440.26893046319098
3.32-3.380.29011470.24193005315298
3.38-3.440.28011430.24492944308798
3.44-3.50.32431420.23373022316498
3.5-3.580.2881380.22722972311098
3.58-3.650.26991430.22123013315698
3.65-3.740.28251400.2262995313598
3.74-3.830.24251420.21252918306097
3.83-3.940.23481370.20473003314097
3.94-4.050.24861410.19383007314897
4.05-4.180.21951400.18472898303897
4.18-4.330.23751460.17532944309097
4.33-4.510.22591340.16092926306096
4.51-4.710.19811440.15162950309496
4.71-4.960.17231440.16042900304496
4.96-5.270.22781370.17262906304395
5.27-5.670.18391410.20282917305895
5.68-6.240.19511340.21422826296094
6.25-7.150.19711420.21692907304995
7.15-8.990.20061370.17542842297993
8.99-47.950.21451360.17752757289390
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.4812 Å / Origin y: 193.0424 Å / Origin z: 71.4925 Å
111213212223313233
T0.4228 Å20.0161 Å2-0.004 Å2-0.4769 Å2-0.0388 Å2--0.47 Å2
L0.1524 °2-0.0476 °20.1793 °2-0.5516 °2-0.1957 °2--0.2937 °2
S0.0093 Å °0.0239 Å °0.023 Å °0.0131 Å °-0.0405 Å °0.0389 Å °-0.0199 Å °0.072 Å °0.0302 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 701
2X-RAY DIFFRACTION1allB4 - 701
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allD1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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