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- PDB-7cd1: Crystal structure of inhibitory Smad, Smad7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cd1
タイトルCrystal structure of inhibitory Smad, Smad7
要素Mothers against decapentaplegic homolog 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / MH2 domain / Smad / TGF-BETA / SIGNAL TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chondrocyte hypertrophy / negative regulation of T-helper 17 type immune response / negative regulation of chondrocyte proliferation / Signaling by BMP / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / negative regulation of T cell cytokine production / heteromeric SMAD protein complex / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation ...positive regulation of chondrocyte hypertrophy / negative regulation of T-helper 17 type immune response / negative regulation of chondrocyte proliferation / Signaling by BMP / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / negative regulation of T cell cytokine production / heteromeric SMAD protein complex / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / response to laminar fluid shear stress / activin receptor binding / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / type I transforming growth factor beta receptor binding / SMAD protein signal transduction / negative regulation of activin receptor signaling pathway / Ub-specific processing proteases / adherens junction assembly / protein-containing complex localization / I-SMAD binding / negative regulation of ossification / transcription regulator inhibitor activity / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / ureteric bud development / artery morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of BMP signaling pathway / regulation of cardiac muscle contraction / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / anatomical structure morphogenesis / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of protein ubiquitination / collagen binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / adherens junction / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / beta-catenin binding / fibrillar center / transcription corepressor activity / cell differentiation / protein stabilization / intracellular signal transduction / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain ...MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mothers against decapentaplegic homolog 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Murayama, K. / Kato-Murayama, M. / Shirouzu, M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for inhibitory effects of Smad7 on TGF-beta family signaling.
著者: Murayama, K. / Kato-Murayama, M. / Itoh, Y. / Miyazono, K. / Miyazawa, K. / Shirouzu, M.
履歴
登録2020年6月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mothers against decapentaplegic homolog 7
B: Mothers against decapentaplegic homolog 7
C: Mothers against decapentaplegic homolog 7
D: Mothers against decapentaplegic homolog 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,89019
ポリマ－85,8734
非ポリマー1,01715
水8,971498
1
A: Mothers against decapentaplegic homolog 7
C: Mothers against decapentaplegic homolog 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,59412
ポリマ－42,9362
非ポリマー65810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area17190 Å2
手法PISA
2
B: Mothers against decapentaplegic homolog 7
D: Mothers against decapentaplegic homolog 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2967
ポリマ－42,9362
非ポリマー3595
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.205, 117.426, 163.239
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Mothers against decapentaplegic homolog 7 / Smad7


分子量: 21468.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Smad7, Madh7, Madh8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O35253
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: Na Citrate, MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 71133 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 19.38
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 7017 / CC1/2: 0.879

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KHX

1khx


解像度: 1.89→36.5 Å / SU ML: 0.1819 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.1392 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 3592 5.05 %
Rwork0.1738 67499 -
obs0.1751 71091 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→36.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5880 0 47 498 6425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88398436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0595865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541091
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.18432262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.920.26771030.22992473X-RAY DIFFRACTION94.81
1.92-1.950.26411110.22042567X-RAY DIFFRACTION99.96
1.95-1.970.26661650.19472585X-RAY DIFFRACTION99.93
1.97-20.21431320.19822524X-RAY DIFFRACTION99.96
2-2.030.21451470.19132593X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.070.24151250.18642576X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.10.21981410.18312560X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.140.21281530.18642599X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.180.26161350.17932555X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.230.24241360.18792594X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.280.22391350.18332610X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.330.2071380.1862572X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.390.23031400.18152563X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.450.19991400.18422601X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.520.25051490.18952580X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.60.20091220.18122608X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.70.21941330.19052596X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.810.22821380.18262608X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.930.20011280.18692612X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.090.20611340.17842621X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.280.19191410.1632602X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.530.15731440.1512623X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.890.17651510.14722616X-RAY DIFFRACTION99.96
3.89-4.450.15221320.14432660X-RAY DIFFRACTION100
4.45-5.610.16381530.15032645X-RAY DIFFRACTION99.96
5.61-36.50.21341660.20142756X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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