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- PDB-7cd0: Crystal structure of the 2-iodoporphobilinogen-bound ES2 intermed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cd0
タイトルCrystal structure of the 2-iodoporphobilinogen-bound ES2 intermediate form of human hydroxymethylbilane synthase
要素Porphobilinogen deaminase
キーワードTRANSFERASE / Porphyrin synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylbilane synthase / hydroxymethylbilane synthase activity / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / heme B biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Porphobilinogen deaminase / Porphobilinogen deaminase, N-terminal / Porphobilinogen deaminase, C-terminal / Porphobilinogen deaminase, dipyrromethane cofactor binding site / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain superfamily / Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain / Porphobilinogen deaminase cofactor-binding site.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7J8 / Chem-FWL / Porphobilinogen deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Sato, H. / Sugishima, M. / Wada, K. / Hirabayashi, K. / Tsukaguchi, M.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24550201 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15K07018 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K05326 日本
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of hydroxymethylbilane synthase complexed with a substrate analog: a single substrate-binding site for four consecutive condensation steps.
著者: Sato, H. / Sugishima, M. / Tsukaguchi, M. / Masuko, T. / Iijima, M. / Takano, M. / Omata, Y. / Hirabayashi, K. / Wada, K. / Hisaeda, Y. / Yamamoto, K.
履歴
登録2020年6月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Porphobilinogen deaminase
B: Porphobilinogen deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7965
ポリマ－78,7662
非ポリマー2,0303
水1,36976
1
A: Porphobilinogen deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2222
ポリマ－39,3831
非ポリマー8391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Porphobilinogen deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5743
ポリマ－39,3831
非ポリマー1,1912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.416, 81.366, 108.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain "A" and (resid 19 through 57 or resid 77...
21(chain "B" and ((resid 19 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
111ARGSERA1 - 39
121PHELEUA42 - 322
211ARGLEUB1 - 320

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999902136534, 0.00805956958056, -0.0114350641629), (0.00869743554692, 0.998343438805, -0.0568747115119), (0.0109577355846, -0.0569686012891, -0.998315835043) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999902136534, 0.00805956958056, -0.0114350641629), (0.00869743554692, 0.998343438805, -0.0568747115119), (0.0109577355846, -0.0569686012891, -0.998315835043)
ベクター: -0.263904928449, -6.1238575009, -32.3018729324)

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要素

#1: タンパク質 Porphobilinogen deaminase / PBG-D / Hydroxymethylbilane synthase / HMBS / Pre-uroporphyrinogen synthase


分子量: 39383.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMBS, PBGD, UPS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08397, hydroxymethylbilane synthase
#2: 化合物 ChemComp-7J8 / 3-[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-[[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-[[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-[[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-5-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 838.810 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H46N4O16 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FWL / 3-[5-(aminomethyl)-4-(carboxymethyl)-2-iodo-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / 2-iodoporphobilinogen


分子量: 352.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13IN2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: PEG 3350, diammonium hydrogen citrate, dithiothreitol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→45.25 Å / Num. obs: 32296 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 45.61 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 5.48
反射 シェル解像度: 2.31→2.45 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 9341 / CC1/2: 0.918 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ECR

3ecr


解像度: 2.31→45.25 Å / SU ML: 0.3174 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.402
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2765 1612 5 %
Rwork0.2272 30644 -
obs0.2296 32256 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→45.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4894 0 137 76 5107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00565121
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01096955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591796
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088909
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.95651900
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.958918539558 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.380.44811240.37022367X-RAY DIFFRACTION95.11
2.38-2.450.4591340.34562544X-RAY DIFFRACTION99.74
2.45-2.540.43451320.34362517X-RAY DIFFRACTION99.77
2.54-2.640.34461340.32012542X-RAY DIFFRACTION99.89
2.64-2.760.37781330.29232527X-RAY DIFFRACTION99.85
2.76-2.910.31991340.27692550X-RAY DIFFRACTION99.96
2.91-3.090.26531340.25222554X-RAY DIFFRACTION99.93
3.09-3.330.30371350.24472549X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.660.30651350.21612563X-RAY DIFFRACTION99.82
3.67-4.190.2491350.19372571X-RAY DIFFRACTION99.85
4.19-5.280.21021380.1712628X-RAY DIFFRACTION99.89
5.29-45.250.21021440.19232732X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.502638168110.132508352076-2.435675396514.56300488996-1.546693673186.54555254854-0.159200366875-0.250621753043-0.3523112688360.1144992455540.04277278502440.1067304456320.81374054413-0.1771926335720.09594503708260.3143874867360.0437029683470.01115469295770.365902198710.04307476386380.3421953141062.5078887794928.53234618591.30626824914
25.04598137960.1593617536711.772367876270.4362139674370.7287282566196.142565848520.01087776308790.483120974197-0.126983169515-0.0643595920125-0.03279089372140.04991316285310.0299316914407-0.2152198435740.00252981292670.265960798043-0.004836982489660.05340780729390.2366739236440.008039571047710.291851919277-14.444887309433.3460238945-13.6873861346
36.49496434813-0.7628937866430.8978307279641.687052326880.5721477278312.907101053690.0402061053941-0.176926793550.6736016936240.0990294343749-0.0607756600267-0.0410502821815-0.1410280954590.1155856490570.05950989652230.254856911237-0.06066967365550.01043249214760.238470422762-0.06835261164520.248062095828-10.627759354239.59586958744.26184439322
46.423857592842.079959954661.753323888468.003753526183.80208697596.63310780521-0.2944489274180.1949142270590.3399652829930.01130389026380.04659937330170.306728457104-0.237208156976-0.318297273730.1835192226220.2113043540330.03166500980020.04445424673910.4018053024530.002261465936490.2401272585-24.897331504643.3865927663-0.858254270385
59.557135746031.976773515261.943877519963.744063905531.087391802135.47173888415-0.131625708636-0.7309875457760.1816122218870.04765773217440.0660442607961-0.2387829709230.1360114421690.04437283982110.01771487199440.2900478468040.07901408032120.07483111009490.3684367047420.01297015100570.173374861499-18.448982470841.20423190979.93588766749
64.708144139410.714391507449-1.009923318254.186102493421.879507090263.03666793146-0.2568869540210.238615033482-0.842936217177-0.0051218440651-0.1154261523410.06374182932380.491668472233-0.1398552551610.3004089753030.369950840946-0.08082903460070.08140964903250.4149558223490.02449748057360.422521041526-2.0879767286922.3325107008-35.9859878192
73.248512191330.1166421812960.8253294031941.29234969501-0.09295231396875.98317936664-0.0996290703909-0.412177239985-0.1938819007960.2390794327240.00583771189038-0.2308030005540.1682617079470.4321127822020.08711038949650.2797787599630.05856419039020.02878778571190.4535735429860.09295952048280.37513024867315.351936032129.1861976554-21.1938113693
87.079005903032.672162063081.01369523281.992024581620.1830205881254.15650865179-0.02944660107410.1260224838210.210683265819-0.0374024436457-0.03279666454240.047366599727-0.2302856227780.2278552314390.0664313024180.2691531411960.03859674816440.03392832987780.4306193414040.1495811605180.27122509735814.954888729335.2986144615-39.1382740835
95.376595427870.3669926327690.2588922344513.89786575623-1.191393421684.51082073673-0.1864041674680.3490657920780.0350723849856-0.07697032642680.09471659727310.0431827853247-0.1191328563960.1659240606360.0664345431660.2426915669940.001129793619760.0998360153350.4331458338220.01170461258320.28332031894720.506605836635.2175450375-42.4921780973
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 19 through 86 )AA19 - 861 - 51
22chain 'A' and (resid 87 through 206 )AA87 - 20652 - 171
33chain 'A' and (resid 207 through 257 )AA207 - 257172 - 222
44chain 'A' and (resid 258 through 298 )AA258 - 298223 - 263
55chain 'A' and (resid 299 through 358 )AA299 - 358264 - 323
66chain 'B' and (resid 19 through 99 )BB19 - 991 - 62
77chain 'B' and (resid 100 through 228 )BB100 - 22863 - 191
88chain 'B' and (resid 229 through 283 )BB229 - 283192 - 246
99chain 'B' and (resid 284 through 357 )BB284 - 357247 - 320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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