PDB-7ccx: Crystal structure of the holo form of human hydroxymethylbilane s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ccx

タイトル

Crystal structure of the holo form of human hydroxymethylbilane synthase

要素

Porphobilinogen deaminase

キーワード

TRANSFERASE / Porphyrin synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylbilane synthase / hydroxymethylbilane synthase activity / heme A biosynthetic process / heme B biosynthetic process / : / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Sato, H. / Sugishima, M. / Wada, K. / Hirabayashi, K. / Tsukaguchi, M.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	24550201	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	15K07018	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18K05326	日本

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of hydroxymethylbilane synthase complexed with a substrate analog: a single substrate-binding site for four consecutive condensation steps.
著者: Sato, H. / Sugishima, M. / Tsukaguchi, M. / Masuko, T. / Iijima, M. / Takano, M. / Omata, Y. / Hirabayashi, K. / Wada, K. / Hisaeda, Y. / Yamamoto, K.

履歴

登録	2020年6月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ccx.cif.gz	306.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ccx.ent.gz	206.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ccx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7ccx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7ccx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ccyC 7cczC 7cd0C 3ecrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m7f-1 3eq1-1 5m7f-2 4a4l-d 3q9w-d 4a4o-d 7ccz-2 1ezf-2 3ecr-1 3ht5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Porphobilinogen deaminase

C: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

79.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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2

C: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.411, 80.815, 109.194
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Porphobilinogen deaminase / PBG-D / Hydroxymethylbilane synthase / HMBS / Pre-uroporphyrinogen synthase 分子量: 39383.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMBS, PBGD, UPS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08397, hydroxymethylbilane synthase
#2: 化合物	ChemComp-DPM / 3-[5-{[3-(2-carboxyethyl)-4-(carboxymethyl)-5-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl}-4-(carboxymethyl)-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / DIPYRROMETHANE COFACTOR 分子量: 420.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₂O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: PEG 3350, diammonium hydrogen citrate, dithiothreitol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→43.15 Å / Num. obs: 53490 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 29.86 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10.73
反射シェル	解像度: 1.84→1.95 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique obs: 15522 / CC_1/2: 0.915 / R_sym value: 0.452 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ECR

3ecr

解像度: 1.84→43.15 Å / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.1717 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2472	1994	3.74 %	Random selection
R_work	0.1942	51350	-	-
obs	0.1961	53344	97.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→43.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4720	0	60	159	4939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4894
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7452	6644
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0514	782
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	861
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.1054	3516

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.89	0.3305	125	0.3121	3232	X-RAY DIFFRACTION	87.1
1.89-1.94	0.3717	138	0.2941	3543	X-RAY DIFFRACTION	95.51
1.94-2	0.3169	142	0.2602	3653	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2-2.06	0.3038	145	0.2435	3721	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.06-2.13	0.2906	143	0.2243	3692	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.13-2.22	0.307	142	0.2111	3679	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.22-2.32	0.2716	143	0.2253	3686	X-RAY DIFFRACTION	98.41
2.32-2.44	0.2732	143	0.2069	3666	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.44-2.59	0.3022	141	0.2098	3655	X-RAY DIFFRACTION	97.58
2.59-2.8	0.3016	143	0.2125	3673	X-RAY DIFFRACTION	97.75
2.8-3.08	0.2634	144	0.2119	3695	X-RAY DIFFRACTION	98.54
3.08-3.52	0.2817	147	0.1829	3791	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.52-4.44	0.1876	148	0.1584	3803	X-RAY DIFFRACTION	99.55
4.44-43.15	0.1888	150	0.1684	3861	X-RAY DIFFRACTION	96.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.77787017635	-0.622665264866	-0.326125529509	3.06916413799	-0.251289097378	2.11441745288	0.145974620468	0.0810341797592	-0.198824258607	-0.244685581977	-0.0698664420385	-0.196840164526	0.390556372589	0.132187170349	-0.0877187865859	0.415871920334	0.0223004146623	-0.0453551022351	0.343499822258	-0.00620782891329	0.278388494631	-6.24256171879	-23.0159466307	-28.6306414836
2	0.495083596376	-0.0833565096418	0.134819169896	3.33962176924	1.26926610545	5.6784090625	-0.0401366729038	-0.038068578601	0.0706383840308	0.116942718398	0.0334127212071	0.0377365517734	-0.175613012324	0.0738719800023	-0.00111000259668	0.211578019057	0.00594683963769	-0.00708546981411	0.300901692072	0.0259353883005	0.300885813588	-12.4755601582	-5.07405582702	-13.3737752842
3	1.05747702858	-1.09179317891	-0.242116036711	6.50959090635	0.712825764312	2.16503571409	0.109142951735	0.0980738433797	-0.0334640306799	-0.198732972301	-0.0828566214175	0.111515051291	0.112043732137	-0.0757792007645	-0.0333679210974	0.270007996166	-0.0173351322204	-0.0511361904154	0.291111811185	0.0331254373493	0.202684597126	-20.0062536146	-3.04872412625	-33.2755549214
4	5.39497282061	1.27310056864	1.45852250288	7.50513294379	2.32260059015	7.51433421767	-0.13101356468	-0.0462730279104	-0.108478216395	0.0157040010328	0.232844834841	-0.725862560769	-0.225626037644	0.688438210445	-0.0901840848534	0.200271860867	-0.0297270326313	-0.0297525735943	0.330737144776	0.0408910957521	0.327086097563	-37.4330945285	-25.5758868697	-5.93712471669
5	9.10329867067	5.96758174453	1.3801870027	6.8369995101	-0.965418815398	3.38967353566	0.0622407276303	-0.308656240702	-0.0356012372967	-0.346856001418	-0.261998198153	-0.622326061439	-0.196006616034	0.305860591242	0.160021272499	0.340120102728	0.0533724910593	0.060510935194	0.374514817996	-0.059096541373	0.396258870861	-31.8581908509	-23.2876662069	-10.8971125998
6	2.99017783647	-2.6613669586	-1.13742938613	7.13722907122	2.26486431854	4.5425779261	-0.145428211728	0.0360880046926	0.158112573315	-0.427180134014	0.35460122814	-0.426629259369	-0.139873308125	0.375689396845	-0.206431170526	0.318509379815	-0.0795106714779	-0.0447539905882	0.332516302896	0.0147903093853	0.32963441808	-38.4786638332	-14.0810405896	-11.1636347532
7	5.77133901257	1.25096769625	-0.547595961311	4.18301274235	0.292000395684	7.6963625631	-0.182990185586	-0.515104708296	0.43772303979	1.20982157073	-0.0541893913144	0.451080937457	-0.288586031414	0.26322634074	0.227733922138	0.76549851254	0.0202019466442	0.00460178106617	0.336666069988	-0.0377051436227	0.398664065283	-45.3168056011	1.50539509662	12.3140183736
8	7.49255574935	-2.47023860112	-0.902538344157	9.01623534524	2.23104615582	5.57335508432	-0.0744911738157	-0.782577615298	0.30912252495	1.13643800892	0.652415753411	-1.23630691949	-0.193503707054	0.546166115136	-0.542151000218	0.705365741877	0.0376729856258	-0.168409995938	0.532268282717	-0.135479991972	0.537663694093	-37.8608826678	-2.04324013067	14.2295332948
9	4.52313669163	-2.80174449313	-0.562600073345	2.30386177819	2.12822010622	5.91809959603	-0.216428748593	-0.271773925661	0.0120619708131	0.66672499849	-0.0707502359935	0.69018416609	0.0450011725589	-0.185227471214	0.248856491025	0.433806519318	-0.0406150953417	0.00869975645488	0.312067194054	-0.0175457022935	0.345796654047	-46.2752870298	-10.947046426	8.66666007411
10	1.66261437764	-1.46250560877	0.237702334674	7.23334068812	1.52085340655	1.30601813262	-0.129911172245	0.125580851397	0.0267559498375	-0.401481368307	0.0315569843255	0.296065834073	-0.253222470542	0.0381063754897	0.115623920666	0.309024336013	-0.0465276183122	-0.0874066905326	0.30877596454	0.0484493545078	0.298365044711	-45.3002038454	-10.5924954525	-12.1819202083
11	6.11073085332	1.80396060235	2.99300262715	6.64231449231	1.61041521404	5.76894535467	-0.157650984882	0.123581189884	0.352190970757	-0.29612495468	-0.0831234355399	0.510216746065	-0.540089012706	-0.123200747564	0.272595480247	0.427457962113	0.0219550499359	-0.0513605787688	0.287333404063	0.0582221601334	0.357981388617	-49.5920528237	3.80682342534	-7.89578763231
12	1.12326567808	0.799864741455	0.228918891877	5.99141985965	3.32071093155	4.10913103254	-0.0782451103099	-0.00301166587713	0.20664538561	-0.640964497787	-0.0882547416968	0.0205354261402	-0.485702172352	0.149949523769	0.144618364093	0.490719964953	-0.0346182909875	-0.140181910325	0.375511689173	0.104787759295	0.40178256455	-45.4550326859	0.521367367564	-16.8692021147

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 18 through 99 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 100 through 228 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 229 through 354 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 18 through 45 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 46 through 86 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 87 through 120 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 121 through 157 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 158 through 184 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 185 through 206 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 207 through 256 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 257 through 298 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 299 through 357 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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