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万見
- PDB-7ccj: Sulfur binding domain of SprMcrA complexed with phosphorothioated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ccj
タイトルSulfur binding domain of SprMcrA complexed with phosphorothioated DNA
要素
  • (DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*C)-3')) x 2
  • HNHc domain-containing protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / sulfur binding domain / restriction enzyme / phosphorothioated DNA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性HNH endonuclease / HNH endonuclease / HNH nucleases / HNH nuclease / endonuclease activity / nucleic acid binding / zinc ion binding / DNA / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces pristinaespiralis (バクテリア)
Bermanella marisrubri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yu, H. / Zhao, G. / Gan, J. / Liu, G. / Wu, G. / He, X.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670034 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470195 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21661140002 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: DNA backbone interactions impact the sequence specificity of DNA sulfur-binding domains: revelations from structural analyses.
著者: Yu, H. / Li, J. / Liu, G. / Zhao, G. / Wang, Y. / Hu, W. / Deng, Z. / Wu, G. / Gan, J. / Zhao, Y.L. / He, X.
履歴
登録2020年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HNHc domain-containing protein
E: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*C)-3')
B: HNHc domain-containing protein
C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3166
ポリマ－46,3166
非ポリマー00
水00
1
A: HNHc domain-containing protein
E: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1583
ポリマ－23,1583
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9450 Å2
手法PISA
2
B: HNHc domain-containing protein
C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1583
ポリマ－23,1583
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.729, 105.279, 116.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain C
21chain E
12chain D
22chain F
13(chain A and (resid 4 through 43 or (resid 44...
23(chain B and (resid 4 through 129 or (resid 130...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111DGDGDCDCchain CCE1 - 81 - 8
211DGDGDCDCchain EEB1 - 81 - 8
112DGDGDCDCchain DDF1 - 81 - 8
212DGDGDCDCchain FFC1 - 81 - 8
113THRTHRALAALA(chain A and (resid 4 through 43 or (resid 44...AA4 - 434 - 43
123ARGARGARGARG(chain A and (resid 4 through 43 or (resid 44...AA4444
133THRTHRTYRTYR(chain A and (resid 4 through 43 or (resid 44...AA4 - 1624 - 162
143THRTHRTYRTYR(chain A and (resid 4 through 43 or (resid 44...AA4 - 1624 - 162
153THRTHRTYRTYR(chain A and (resid 4 through 43 or (resid 44...AA4 - 1624 - 162
163THRTHRTYRTYR(chain A and (resid 4 through 43 or (resid 44...AA4 - 1624 - 162
213THRTHRHISHIS(chain B and (resid 4 through 129 or (resid 130...BD4 - 1294 - 129
223ARGARGARGARG(chain B and (resid 4 through 129 or (resid 130...BD130130
233THRTHRGLUGLU(chain B and (resid 4 through 129 or (resid 130...BD4 - 1644 - 164
243THRTHRGLUGLU(chain B and (resid 4 through 129 or (resid 130...BD4 - 1644 - 164
253THRTHRGLUGLU(chain B and (resid 4 through 129 or (resid 130...BD4 - 1644 - 164
263THRTHRGLUGLU(chain B and (resid 4 through 129 or (resid 130...BD4 - 1644 - 164

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 HNHc domain-containing protein


分子量: 18288.637 Da / 分子数: 2 / 断片: Sulfur binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces pristinaespiralis (バクテリア)
遺伝子: SPRI_5136 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M4DML1
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*C)-3')


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bermanella marisrubri (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*C)-3')


分子量: 2442.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bermanella marisrubri (バクテリア)
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl pH 8.5, PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 9347 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 71.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.45 / Rpim(I) all: 0.129 / Rrim(I) all: 0.468 / Χ2: 0.616 / Net I/σ(I): 1.2 / Num. measured all: 122806
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.3-3.4213.91.5519230.9080.431.610.494100
3.42-3.5513.20.9818980.9480.2861.0230.75899.9
3.55-3.7213.70.9489180.9460.2680.9860.585100
3.72-3.9113.40.8559290.9620.2480.8910.649100
3.91-4.1613.30.5779140.9890.1640.60.546100
4.16-4.48130.4279420.9820.1220.4450.569100
4.48-4.9311.70.3419250.9890.1030.3560.581100
4.93-5.6413.90.3689370.9870.1020.3820.56100
5.64-7.113.40.2859530.9880.080.2960.561100
7.1-50120.13210080.9950.040.1380.87499.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZMO

5zmo


解像度: 3.3→28.726 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 36.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2937 437 4.77 %
Rwork0.241 8729 -
obs0.2435 9166 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.28 Å2 / Biso mean: 62.1251 Å2 / Biso min: 32.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→28.726 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2440 650 0 0 3090
残基数----352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6274522
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004482
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8231776
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11C152X-RAY DIFFRACTION9.454TORSIONAL
12E152X-RAY DIFFRACTION9.454TORSIONAL
21D128X-RAY DIFFRACTION9.454TORSIONAL
22F128X-RAY DIFFRACTION9.454TORSIONAL
31A1436X-RAY DIFFRACTION9.454TORSIONAL
32B1436X-RAY DIFFRACTION9.454TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3-3.77630.29871540.2662286799
3.7763-4.75420.27761400.2235290299
4.7542-28.7260.3021430.2413296098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5107-1.63350.30741.67881.42163.54780.1419-0.06310.02910.3590.10050.10610.03980.2501-0.22790.4809-0.0761-0.00820.30520.04110.3927-12.436-8.485-13.044
24.6714-0.39160.90392.7677-0.22.24290.2227-0.27850.10960.2505-0.0748-0.4482-0.22740.2256-0.12320.5676-0.0498-0.01560.33690.07070.5108-36.649-34.022-12.865
35.5978-2.15610.79315.6386-1.03242.6133-0.0027-0.22751.41560.0894-0.644-1.05270.2418-0.12620.53460.7016-0.0247-0.05470.5981-0.14020.6733-23.725-34.422-31.849
44.75131.44810.0723.57483.50983.8239-0.21110.0599-0.3095-0.9565-0.0953-0.02280.29860.26140.36760.63870.0202-0.07130.4039-0.07310.3631-25.284-34.11-27.884
52.97050.08783.60934.9365-4.04747.88850.3689-0.6147-1.2327-0.2650.10051.88540.7975-0.578-0.52940.8815-0.1028-0.07050.6509-0.02450.6782-25.05-8.212-32.164
62.9248-1.4051-1.4733.637-3.82387.90260.0042-0.53320.1215-1.0488-0.18640.06431.67810.06320.11480.56210.0031-0.28490.52940.04850.5897-23.66-8.554-28.18
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 4:162 )A4 - 162
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 4:164 )B4 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:8 )C1 - 8
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 1:8 )D1 - 8
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 1:8 )E1 - 8
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 1:8 )F1 - 8

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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