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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cc8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of White Spot Syndrome Virus Thymidylate Synthase - Apo form | ||||||
要素 | Thymidylate Synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Thymidylate Synthase / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / メチル化 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | White spot syndrome virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kumar, S. / Panchal, N.V. / Shaikh, N. / Vasudevan, D. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021 タイトル: Structure analysis of thymidylate synthase from white spot syndrome virus reveals WSSV-specific structural elements. 著者: Panchal, V. / Kumar, S. / Hossain, S.N. / Vasudevan, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cc8.cif.gz | 130.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cc8.ent.gz | 100.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cc8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7cc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7cc8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34193.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) White spot syndrome virus (isolate Shrimp/China/Tongan/1996) (ウイルス) 株: isolate Shrimp/China/Tongan/1996 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q77J90 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.81 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris (pH 6.5), 23% PEG3350, 4% Pentaerythritol ethoxylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.97242 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97242 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→43.41 Å / Num. obs: 42497 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 38.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4356 / CC1/2: 0.807 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5X5D 解像度: 2.3→43.41 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 127.32 Å2 / Biso mean: 34.3783 Å2 / Biso min: 19.97 Å2 | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.41 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å
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