PDB-7cbf: Crystal structure of benzophenone synthase from Garcinia mangosta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cbf

タイトル

Crystal structure of benzophenone synthase from Garcinia mangostana L. pericarps reveals basis for substrate specificity and catalysis

要素

2,4,6-trihydroxybenzophenone synthase

キーワード

TRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / BENZOPHENONE SYNTHASE / POLYKETIDE SYNTHASE / GmBPS

機能・相同性

機能・相同性情報

2,4,6-trihydroxybenzophenone synthase / tetrahydroxybenzophenone synthase activity / trihydroxybenzophenone synthase activity / benzoyl-CoA metabolic process / malonyl-CoA metabolic process / biosynthetic process / acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Garcinia mangostana (マンゴスチン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Songsiriritthigul, C. / Nualkaew, N. / Chen, C.-J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of benzophenone synthase from Garcinia mangostana L. pericarps reveals basis for substrate specificity and catalysis.
著者: Songsiriritthigul, C. / Nualkaew, N. / Ketudat-Cairnsb, J. / Chen, C.-J.

履歴

登録	2020年6月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cbf.cif.gz	169.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cbf.ent.gz	127.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cbf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cbf_validation.pdf.gz	466.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cbf_full_validation.pdf.gz	473.3 KB	表示
XML形式データ	7cbf_validation.xml.gz	31.6 KB	表示
CIF形式データ	7cbf_validation.cif.gz	44.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cbf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cgkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uco-d 3a5r-d 1qlv-d 6cqb-d 6j1n-d 5wx6-2 5wx7-2 3eut-2 1ee0-d 3a5s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 2,4,6-trihydroxybenzophenone synthase

B: 2,4,6-trihydroxybenzophenone synthase

ヘテロ分子

89.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.810, 98.330, 112.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	2,4,6-trihydroxybenzophenone synthase / GmBPS 分子量: 44045.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Garcinia mangostana (マンゴスチン) 遺伝子: BPS / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: L7NCQ3, 2,4,6-trihydroxybenzophenone synthase
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.1 % / 解説: rectangular morphology
結晶化	温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 6.2 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3,350, 0.2 M ammonium iodide, pH 6.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.975 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月6日
放射	モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 35272 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 9.67
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.14 / Num. unique obs: 6660 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CGK

1cgk

解像度: 2.301→24.347 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 6.648 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.218 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2152	1763	5.004 %
R_work	0.1697	33467	-
all	0.172	-	-
obs	-	35230	99.452 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.241 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.567 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.124 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.691 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→24.347 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5838	0	44	317	6199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	6009
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	5665
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.418	1.638	8127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.311	1.572	13159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.27	5	766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.244	23.077	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.829	15	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.553	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	5334
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.151	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.182	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.122	1.589	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.119	1.587	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.909	2.375	3811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.91	2.376	3812
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.526	1.842	2960
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.525	1.843	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.547	2.66	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.547	2.661	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.144	19.144	6660
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.051	19.087	6613

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.301-2.361	0.258	138	0.198	2396	X-RAY DIFFRACTION	97.4615
2.361-2.425	0.224	104	0.19	2391	X-RAY DIFFRACTION	99.9599
2.425-2.496	0.25	133	0.175	2310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.496-2.572	0.263	127	0.179	2258	X-RAY DIFFRACTION	99.8744
2.572-2.657	0.265	122	0.184	2174	X-RAY DIFFRACTION	99.9565
2.657-2.75	0.244	119	0.176	2121	X-RAY DIFFRACTION	99.9554
2.75-2.853	0.216	102	0.168	2034	X-RAY DIFFRACTION	99.8597
2.853-2.97	0.238	81	0.163	2008	X-RAY DIFFRACTION	99.8566
2.97-3.101	0.215	122	0.159	1878	X-RAY DIFFRACTION	99.9001
3.101-3.253	0.195	92	0.145	1815	X-RAY DIFFRACTION	99.8429
3.253-3.428	0.188	84	0.151	1736	X-RAY DIFFRACTION	99.8902
3.428-3.636	0.181	94	0.157	1641	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.636-3.886	0.193	85	0.153	1547	X-RAY DIFFRACTION	99.7555
3.886-4.196	0.216	64	0.155	1458	X-RAY DIFFRACTION	99.6726
4.196-4.595	0.153	73	0.154	1320	X-RAY DIFFRACTION	99.1459
4.595-5.135	0.209	72	0.16	1211	X-RAY DIFFRACTION	98.5407
5.135-5.925	0.191	55	0.197	1085	X-RAY DIFFRACTION	99.6503
5.925-7.245	0.284	46	0.208	928	X-RAY DIFFRACTION	99.4893
7.245-10.197	0.193	32	0.167	752	X-RAY DIFFRACTION	99.2405
10.197-24.34	0.254	18	0.284	402	X-RAY DIFFRACTION	89.7436

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