PDB-7cb5: The 6-phosphogluconate dehydrogenase from Staphylococcus aureus (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cb5

タイトル

The 6-phosphogluconate dehydrogenase from Staphylococcus aureus (6-phosphogluconate bound)

要素

6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Pentose phosphate pathway / decarboxylating

機能・相同性

機能・相同性情報

D-gluconate metabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / organic acid catabolic process / pentose-phosphate shunt / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Wang, H. / Wang, M. / Sun, H.

資金援助

香港,

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Multi-target mode of action of silver against Staphylococcus aureus endows it with capability to combat antibiotic resistance.
著者: Wang, H. / Wang, M. / Xu, X. / Gao, P. / Xu, Z. / Zhang, Q. / Li, H. / Yan, A. / Kao, R.Y. / Sun, H.

履歴

登録	2020年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cb5.cif.gz	809.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cb5.ent.gz	602 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cb5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cb5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cb5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cb0C 7cb6C 7bc0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zya-d 7cb0-2 7cb0-1 1pgp-1 5uq9-3 6fqy-d 2pgd-1 1pgq-1 3fwn-d 2zyg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

C: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

D: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

ヘテロ分子

209 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
104 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

D: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.920, 132.620, 169.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating 分子量: 51857.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Newman) (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: gnd, NWMN_1417 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H3KGN1, phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating)
#2: 糖	ChemComp-6PG / 6-PHOSPHOGLUCONIC ACID / 6-ホスホグルコン酸タイプ: D-saccharide / 分子量: 276.135 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₁₀P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.71 % / 解説: Transparent block-like small crystals
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M NaNO3, 0.2M NH4NO3, 0.1M MES-Na, 22% PEG 3350 / PH範囲: 6.0-6.5 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen Flow / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日

放射

モノクロメーター: graphite filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.54→80.84 Å / Num. obs: 69146 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 18.5 / Num. measured all: 931049 / Scaling rejects: 16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.54-2.61	13.9	1.33	70425	5067	0.814	0.368	1.381	2.1	100
11.36-80.84	11.9	0.03	10541	885	0.999	0.009	0.032	58.6	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PHENIX	1.18.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BC0

7bc0

解像度: 2.54→69.03 Å / SU ML: 0.3006 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.4801
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2409	3485	5.05 %
R_work	0.1994	65557	-
obs	0.2015	69042	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→69.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14330	0	68	131	14529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	14649
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5473	19799
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0391	2192
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2571
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.663	5388

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.54-2.57	0.3031	149	0.3047	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.57-2.61	0.3606	137	0.2929	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.61-2.65	0.3546	149	0.2899	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.65-2.69	0.3537	139	0.2879	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.69-2.74	0.3398	133	0.2913	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.74-2.78	0.332	132	0.2768	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.78-2.83	0.3102	130	0.2676	2583	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.83-2.89	0.2857	148	0.2621	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.89-2.95	0.2641	139	0.2617	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.95-3.01	0.284	133	0.2591	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.01-3.08	0.2879	136	0.2559	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.08-3.16	0.2606	134	0.2545	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.16-3.24	0.3184	122	0.2449	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.24-3.34	0.2529	132	0.2314	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.34-3.45	0.2626	149	0.2224	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.45-3.57	0.2445	140	0.2035	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.71	0.2795	143	0.2116	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.88	0.2612	154	0.1856	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.09	0.1939	124	0.1684	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.09-4.34	0.2239	157	0.1623	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.46
4.34-4.68	0.1857	153	0.1528	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.15	0.2294	148	0.1607	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.15-5.89	0.2353	124	0.1922	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
5.89-7.42	0.2046	134	0.1818	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
7.42-69.03	0.1628	146	0.1486	2805	X-RAY DIFFRACTION	98.73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.45013609744	0.630343567402	0.202916342556	2.84861636609	-0.412633533297	3.23049339197	-0.0466185998324	-0.246955988301	-0.0377132481656	0.536061161429	-0.0542932572376	0.568235745784	0.144131391116	-0.437529019036	0.091686829734	0.603782750417	-0.00521152058978	0.167056052922	0.395694336938	-0.0540940160764	0.466460879743	-7.74664232674	-53.9176680315	-15.5007751692
2	0.541222383989	-0.577476509265	0.315702966934	1.58421568885	-0.425890702935	2.47292905714	0.121083421052	0.172814515809	-0.235028960989	-0.288891474093	-0.11775931904	0.272041874767	0.573456610206	-0.177909296507	0.0785713838736	0.481050914036	0.0147393062595	-0.0239414113304	0.421450464006	-0.0683988454523	0.396479019545	-1.90215678954	-47.7430590428	-40.260015352
3	2.2959533175	-0.237625684902	0.813192008543	2.19731538739	0.252508001177	2.09259702527	-0.0209909312417	0.21034064799	0.236526190123	-0.241674152006	-0.178446985571	0.36276695777	-0.0247455482852	-0.360706986347	0.103247909507	0.391153881575	0.0177281997488	-0.0442513560147	0.379915288943	-0.0358181667547	0.36814430783	-6.11161518301	-29.9572756072	-42.3300620759
4	1.12694135718	-0.183851418186	0.262358844389	1.81356360535	-0.0726393061539	1.38809543054	0.086330414753	0.183190948509	0.0667752738313	-0.148512785822	-0.11057261958	-0.314577980036	0.0357923758394	0.247560584892	0.0355553698893	0.457705029947	0.0655294711007	0.00777495269304	0.486735548475	0.00891514270258	0.392676475441	14.642693144	-37.4663680857	-42.6645510414
5	3.27287562907	0.902978220914	1.93872463415	3.53837839504	1.0066826286	5.47022645551	-0.194468214237	-0.241218308282	0.465940930438	0.224182115916	-0.123757758874	-0.299572318873	-0.3754537565	0.235797263079	0.284672629971	0.387501665068	0.00985326398041	-0.109672754884	0.385765877832	-0.0568925957223	0.590867705188	17.1177558985	-5.38567563338	-11.2777518957
6	1.46144522851	0.0150644061568	0.616595000741	1.92342754311	0.850463999718	2.30212725745	-0.0885613938447	0.389867905724	0.500513817483	-0.486581322726	4.58196008604E-5	-0.317021051923	-0.451194001036	0.387562201936	0.115103668176	0.616419523399	-0.0658044921832	-0.0201006461497	0.560984455778	0.18031041215	0.647168237199	18.832607713	-12.1700762193	-42.3435623496
7	2.29101703476	0.303216770417	-0.352251642635	2.62068231076	0.136923949545	1.65073155553	0.0858896041206	0.21360364049	0.0740212751363	-0.176026614383	-0.106379954802	-0.484733942746	-0.0949697950731	0.385516830908	0.00514364798085	0.497655568582	0.0215250726356	-0.0394425789272	0.495968039529	0.0950967014	0.541284058993	20.0397868073	-25.4193776318	-40.3927530193
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9	2.92746718414	0.27909852579	0.336568838102	3.3298457176	0.492514346939	2.5975534917	0.00301803783296	-0.0140371898956	-0.307718946812	0.217794524841	-0.0739720736324	-0.866047008197	-0.0510650529752	0.850818389689	0.0325721460565	0.450609681582	0.0104243689782	-0.0283628492779	0.739099316407	0.128585734073	0.616985254566	-6.19983300474	-19.2721456074	24.9167202276
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16	2.03490073697	0.807912577764	-0.0251855315559	2.29127294681	0.177152933995	2.53398360738	-0.0351256182653	0.405832309628	0.217499108741	-0.281630966159	0.117807249465	-0.0730609167292	-0.5449923107	0.480230336738	-0.0638827193327	0.599014107272	-0.143665672959	0.118746620037	0.620903611983	0.0688300607034	0.497474391732	-10.7424998923	14.4668985972	-3.45494787635

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 144 )	A	A	1 - 144	1 - 144
2	2	chain 'A' and (resid 145 through 239 )	A	A	145 - 239	145 - 239
3	3	chain 'A' and (resid 240 through 312 )	A	A	240 - 312	240 - 312
4	4	chain 'A' and (resid 313 through 466 )	A	A	313 - 466	313 - 466
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 174 )	B	C	1 - 174	1 - 174
6	6	chain 'B' and (resid 175 through 239 )	B	C	175 - 239	175 - 239
7	7	chain 'B' and (resid 240 through 312 )	B	C	240 - 312	240 - 312
8	8	chain 'B' and (resid 313 through 467 )	B	C	313 - 467	313 - 467
9	9	chain 'C' and (resid 1 through 174 )	C	E	1 - 174	1 - 174
10	10	chain 'C' and (resid 175 through 239 )	C	E	175 - 239	175 - 239
11	11	chain 'C' and (resid 240 through 346 )	C	E	240 - 346	240 - 346
12	12	chain 'C' and (resid 347 through 389 )	C	E	347 - 389	347 - 389
13	13	chain 'C' and (resid 390 through 466 )	C	E	390 - 466	390 - 466
14	14	chain 'D' and (resid 4 through 144 )	D	G	4 - 144	1 - 141
15	15	chain 'D' and (resid 145 through 312 )	D	G	145 - 312	142 - 309
16	16	chain 'D' and (resid 313 through 467 )	D	G	313 - 467	310 - 464

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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