PDB-7caq: Versatile cis-prenyltransferase MM_0014 from Methanosarcina mazei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7caq

タイトル

Versatile cis-prenyltransferase MM_0014 from Methanosarcina mazei (crystal type: substrate-free)

要素

cis-prenyltransferase MM_0014

キーワード

TRANSFERASE / cis-prenyltransferase / Methanosarcina mazei / archaea. isoprenoid

機能・相同性

PALMITIC ACID / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Methanosarcina mazei Go1 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Unno, H. / Hemmi, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: A versatile cis-prenyltransferase from Methanosarcina mazei catalyzes both C- and O-prenylations.
著者: Okada, M. / Unno, H. / Emi, K.I. / Matsumoto, M. / Hemmi, H.

履歴

登録	2020年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.2	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7caq.cif.gz	105.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7caq.ent.gz	78.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7caq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7caq_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7caq_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7caq_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	7caq_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/7caq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/7caq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7carC 7casC 7cavC 7cc3C 1x07S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cav-2 7cav-4 3fiu-1 7cas-d 5knn-2 5k5c-d 4ap6-1 6vpt-d 6ru0-1 7cav-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: cis-prenyltransferase MM_0014

B: cis-prenyltransferase MM_0014

ヘテロ分子

51.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.019, 100.439, 130.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-527- HOH

#1: タンパク質	cis-prenyltransferase MM_0014 分子量: 25688.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei Go1 (古細菌) / 遺伝子: MM_0014 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS 24771896 FOR THE PROTEIN.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 4 mM cobalt (II) chloride, 4 mM nickel (II) chloride, 4 mM cadmium chloride, 4 mM magnesium chloride, 0.075 M HEPES, pH7.5, 9% PEG 3350, 25% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→65.3 Å / Num. obs: 59466 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 1.69→1.78 Å / R_merge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 8623 / CC_1/2: 0.846

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MrBUMP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1X07

1x07

解像度: 1.69→40.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 2.794 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24766	2945	5 %	RANDOM
R_work	0.20883	-	-	-
obs	0.21079	56446	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.915 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.69→40.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3384	0	28	298	3710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3302
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.666	1.646	4716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.345	1.579	7647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.861	5	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.957	21.667	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.885	15	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.15	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3837
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	773
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.038	3.187	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.036	3.186	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.179	4.771	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.18	4.772	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.83	3.632	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.835	3.636	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.801	5.26	2642
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.532	37.736	4036
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.504	37.398	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.69→1.729 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.39	197	-
R_work	0.319	4159	-
obs	-	-	99.59 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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