PDB-7c91: Blasnase-T13A with D-asn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c91

タイトル

Blasnase-T13A with D-asn

要素

L-asparaginase

キーワード

HYDROLASE / substrate / complex / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular anatomical entity / asparagine metabolic process / asparaginase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus paralicheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Lu, F. / Ran, T. / Jiao, L. / Wang, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Structures of l-asparaginase from Bacillus licheniformis Reveal an Essential Residue for its Substrate Stereoselectivity.
著者: Ran, T. / Jiao, L. / Wang, W. / Chen, J. / Chi, H. / Lu, Z. / Zhang, C. / Xu, D. / Lu, F.

履歴

登録	2020年6月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c91.cif.gz	248.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c91.ent.gz	200.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/7c91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/7c91	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c8qC 7c8xSC 7cb4C 7cbrC 7cbuC 7cbwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c8q-d 7cb4-d 3kmg-d 5ot0-1 7cbr-d 5ot0-2 1i7i-d 7c8x-d 5ot0-3 6z9b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: L-asparaginase

A: L-asparaginase

ヘテロ分子

83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.260, 92.260, 231.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-548- HOH
2	1	A-523- HOH

#1: タンパク質	L-asparaginase / BlAsnase-wt 分子量: 41437.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus paralicheniformis (バクテリア) 遺伝子: B4121_3474 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q8GMZ7, UniProt: A0A6I7U6Y2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-DSG / D-ASPARAGINE / D-アスパラギンタイプ: D-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.971 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.61 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→72.246 Å / Num. obs: 70317 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 25.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.98→2.03 Å / Num. unique obs: 5096 / CC_1/2: 0.78 / R_pim(I) all: 0.221

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C8X

7c8x

解像度: 1.98→72.246 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2106	3524	5.018 %
R_work	0.1825	66702	-
all	0.184	-	-
obs	-	70226	99.655 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.537 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.537 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.073 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→72.246 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4951	0	26	348	5325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	4736
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.691	1.647	6853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.286	1.581	10976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.805	5	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.804	22.767	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.48	15	855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.446	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5714
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.223	0.2	4505
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2512
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.17	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.023	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.153	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.904	4.148	2568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.904	4.149	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.722	6.193	3203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.723	6.193	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.84	4.451	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.838	4.45	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.25	6.517	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.249	6.517	3651
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.098	49.45	5662
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.09	49.203	5595

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.031	0.355	240	0.325	4853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.031-2.087	0.292	221	0.272	4781	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.087-2.148	0.218	229	0.218	4551	X-RAY DIFFRACTION	97.6507
2.148-2.214	0.242	242	0.206	4448	X-RAY DIFFRACTION	99.8085
2.214-2.286	0.226	219	0.204	4355	X-RAY DIFFRACTION	99.8908
2.286-2.366	0.239	230	0.196	4236	X-RAY DIFFRACTION	99.8435
2.366-2.456	0.227	218	0.191	4045	X-RAY DIFFRACTION	99.8127
2.456-2.556	0.219	219	0.189	3932	X-RAY DIFFRACTION	99.8797
2.556-2.669	0.195	198	0.189	3760	X-RAY DIFFRACTION	99.9243
2.669-2.799	0.221	192	0.186	3647	X-RAY DIFFRACTION	99.974
2.799-2.951	0.235	177	0.191	3436	X-RAY DIFFRACTION	99.9447
2.951-3.129	0.205	186	0.186	3234	X-RAY DIFFRACTION	98.987
3.129-3.345	0.208	155	0.186	3083	X-RAY DIFFRACTION	99.9074
3.345-3.613	0.19	151	0.165	2902	X-RAY DIFFRACTION	99.9018
3.613-3.957	0.188	161	0.16	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.8576
3.957-4.423	0.171	135	0.144	2419	X-RAY DIFFRACTION	99.4936
4.423-5.105	0.173	117	0.146	2165	X-RAY DIFFRACTION	99.9562
5.105-6.246	0.188	109	0.182	1837	X-RAY DIFFRACTION	99.1845
6.246-8.81	0.222	78	0.178	1478	X-RAY DIFFRACTION	100
8.81-72.246	0.332	47	0.234	896	X-RAY DIFFRACTION	98.9507

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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