PDB-7c8q: Blasnase-T13A with D-asn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c8q

タイトル

Blasnase-T13A with D-asn

要素

Asparaginase

キーワード

HYDROLASE / substrate / complex / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine metabolic process / asparaginase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. SUBG0010 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Lu, F. / Ran, T. / Jiao, L. / Wang, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Structures of l-asparaginase from Bacillus licheniformis Reveal an Essential Residue for its Substrate Stereoselectivity.
著者: Ran, T. / Jiao, L. / Wang, W. / Chen, J. / Chi, H. / Lu, Z. / Zhang, C. / Xu, D. / Lu, F.

履歴

登録	2020年6月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c8q.cif.gz	252.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c8q.ent.gz	205.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c8q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c8q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c8xC 7c91C 7cb4C 7cbrC 7cbuC 7cbwC 1o7jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c91-d 5ot0-1 7cbr-d 7c8x-d 5ot0-2 3kmg-d 5b5u-1 7cb4-d 5zfs-d 5cbp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

83.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.963, 91.963, 232.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-578- HOH
2	1	A-747- HOH
3	1	B-613- HOH
4	1	B-787- HOH

#1: タンパク質	Asparaginase 分子量: 41407.691 Da / 分子数: 2 / 変異: T13A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus sp. SUBG0010 (バクテリア) 遺伝子: DI291_14545 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V2HLK7
#2: 化合物	ChemComp-DSG / D-ASPARAGINE / D-アスパラギンタイプ: D-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→20 Å / Num. obs: 80743 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.9 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.89→1.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 11611 / CC_1/2: 0.918 / R_pim(I) all: 0.169 / R_rim(I) all: 0.698

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1O7J

1o7j

解像度: 1.89→19.885 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1752	4127	5.123 %
R_work	0.1588	76427	-
all	0.16	-	-
obs	-	80554	99.77 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.785 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.644 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.644 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.289 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→19.885 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4970	0	40	541	5551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5099
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	4771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.711	1.647	6896
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.285	1.581	11059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.837	5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.012	22.713	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.213	15	863
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.69	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	995
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	4551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2485
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.161	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.182	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.435	2.93	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.435	2.929	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.098	4.367	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.098	4.367	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.279	3.22	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.286	3.225	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.549	4.702	3684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.548	4.701	3685
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.399	35.529	5812
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.4	35.449	5792

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.939	0.257	270	0.226	5594	X-RAY DIFFRACTION	99.5079
1.939-1.9885	0.204	51	0.17	923	X-RAY DIFFRACTION	90.5204
1.9885-1.992	0.229	297	0.204	5394	X-RAY DIFFRACTION	99.6673
1.992-2.05	0.225	295	0.182	5258	X-RAY DIFFRACTION	99.7127
2.05-2.113	0.186	274	0.171	5142	X-RAY DIFFRACTION	99.8525
2.113-2.182	0.176	297	0.162	4943	X-RAY DIFFRACTION	99.8856
2.182-2.259	0.196	275	0.163	4833	X-RAY DIFFRACTION	99.9609
2.259-2.344	0.189	256	0.162	4655	X-RAY DIFFRACTION	99.9796
2.344-2.44	0.17	229	0.158	4495	X-RAY DIFFRACTION	99.9577
2.44-2.548	0.182	226	0.155	4354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.548-2.672	0.17	224	0.159	4146	X-RAY DIFFRACTION	99.9771
2.672-2.817	0.184	219	0.162	3944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.817-2.987	0.177	204	0.166	3744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.987-3.193	0.175	189	0.168	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.193-3.449	0.204	174	0.161	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
3.449-3.777	0.151	151	0.145	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
3.777-4.222	0.142	155	0.129	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
4.222-4.873	0.137	145	0.125	2456	X-RAY DIFFRACTION	100
4.873-5.964	0.156	110	0.168	2139	X-RAY DIFFRACTION	100
5.964-8.413	0.183	86	0.17	1699	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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