[日本語] English
万見
- PDB-7c8n: Crystal structure of IscU H106A variant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c8n
タイトルCrystal structure of IscU H106A variant
要素Nitrogen-fixing NifU domain protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Iron-sulfur cluster biogenesis
機能・相同性NIF system FeS cluster assembly, NifU-like / NIF system FeS cluster assembly, NifU, N-terminal / NifU-like N terminal domain / iron-sulfur cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Nitrogen-fixing NifU domain protein
機能・相同性情報
生物種Methanothrix thermoacetophila (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kunichika, K. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K14510 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: The Structure of the Dimeric State of IscU Harboring Two Adjacent [2Fe-2S] Clusters Provides Mechanistic Insights into Cluster Conversion to [4Fe-4S].
著者: Kunichika, K. / Nakamura, R. / Fujishiro, T. / Takahashi, Y.
履歴
登録2020年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nitrogen-fixing NifU domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3732
ポリマ－15,1971
非ポリマー1761
水1,72996
1
A: Nitrogen-fixing NifU domain protein
ヘテロ分子

A: Nitrogen-fixing NifU domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7464
ポリマ－30,3952
非ポリマー3522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z+1/21
Buried area1890 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.021, 107.021, 65.753
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

-
要素

#1: タンパク質 Nitrogen-fixing NifU domain protein / IscU


分子量: 15197.394 Da / 分子数: 1 / 変異: H106A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothrix thermoacetophila (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0B757
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 200 mM Ammonium sulfate, 100 mM CAPS, 30 % (v/v) PEG 200

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月2日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.54 Å / Num. obs: 35180 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 10.368 % / Biso Wilson estimate: 30.987 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 0.924 / Net I/σ(I): 24.36 / Num. measured all: 364743
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.610.6080.9693.665291620061550.8111.01899.3
1.6-1.710.5270.5116.7250276482447760.9370.53899
1.7-1.810.0050.31910.1837740382237720.9710.33698.7
1.8-1.99.6970.17515.729449308730370.9880.18598.4
1.9-210.9780.13121.926864249224470.9960.13898.2
2-2.510.8560.0734.0579029738172800.9980.07398.6
2.5-310.1220.04147.5132806331632410.9990.04397.7
3-3.58.7660.03352.5514437170616470.9990.03596.5
3.5-410.0560.0360.792729679220.9990.03195.3
4-610.540.02863.0214061143313340.9990.02993.1
6-1010.0980.02762.37445349844110.02988.6
10-41.548.320.02855.8810651691280.9990.02975.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z7E

2z7e


解像度: 1.5→41.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.569 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1966 1759 5 %RANDOM
Rwork0.1772 ---
obs0.1782 33421 98.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.22 Å2 / Biso mean: 33.747 Å2 / Biso min: 15.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→41.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数962 0 4 96 1062
Biso mean--17.86 42.63 -
残基数----127
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0121007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8191.6361355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3675136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1323.95848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4315187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.491155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.02754
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.54 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 128 -
Rwork0.267 2438 -
all-2566 -
obs--99.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9215-1.7372-1.13492.64470.61820.8261-0.23250.0678-0.25260.12210.13480.34710.1748-0.11140.09770.0458-0.0153-0.0040.0461-0.010.1083-64.707312.057412.3349
21.12670.05260.1130.8980.64490.46930.02990.1264-0.0343-0.05980.0491-0.1183-0.04070.0373-0.0790.0651-0.00630.01530.0395-0.03750.0503-44.05314.05534.9863
30.82770.5196-0.91950.354-0.92026.837-0.02860.1793-0.1227-0.04490.1156-0.07320.2132-0.0638-0.0870.0666-0.01350.01710.0636-0.04540.0383-44.57154.2235-9.3878
40.945-0.1898-0.45210.53930.2980.448-0.01550.108-0.1151-0.14570.04380.0351-0.0081-0.0777-0.02830.0759-0.0261-0.03920.05770.00640.0781-54.113.96511.1896
56.2468-3.0625-2.96971.50321.4531.41720.23110.23980.2951-0.1307-0.1139-0.1587-0.082-0.1192-0.11720.172-0.02250.14370.0498-0.01680.1224-37.090515.1417-11.8425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2A20 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3A47 - 54
4X-RAY DIFFRACTION4A55 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5A123 - 127

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る