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- PDB-7c8h: Ambient temperature structure of Bifidobacterium longum phosphoke... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c8h
タイトルAmbient temperature structure of Bifidobacterium longum phosphoketolase with thiamine diphosphate
要素Xylulose-5-phosphate/fructose-6-phosphate phosphoketolase
キーワードLYASE / XFEL-SFX / ambient temperature / aldehyde-lyase activity / carbohydrate metabolic process / thiamine-diphosphate (ThDpp)
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-6-phosphate phosphoketolase / fructose-6-phosphate phosphoketolase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, C-terminal / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, N-terminal / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, thiamine diphosphate binding site / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, conserved site / D-xylulose 5-phosphate/D-fructose 6-phosphate phosphoketolase / XFP C-terminal domain / XFP N-terminal domain / Phosphoketolase signature 1. / Phosphoketolase signature 2. ...Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, C-terminal / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, N-terminal / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, thiamine diphosphate binding site / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, conserved site / D-xylulose 5-phosphate/D-fructose 6-phosphate phosphoketolase / XFP C-terminal domain / XFP N-terminal domain / Phosphoketolase signature 1. / Phosphoketolase signature 2. / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / MALONIC ACID / SUCCINIC ACID / THIAMINE DIPHOSPHATE / Xylulose-5-phosphate/fructose-6-phosphate phosphoketolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nakata, K. / Kashiwagi, T. / Nango, E. / Miyano, H. / Mizukoshi, T. / Iwata, S.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)25650026 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)X-ray Free Electron Laser Priority Strategy Program 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05781 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Ambient temperature structure of phosphoketolase from Bifidobacterium longum determined by serial femtosecond X-ray crystallography.
著者: Nakata, K. / Kashiwagi, T. / Kunishima, N. / Naitow, H. / Matsuura, Y. / Miyano, H. / Mizukoshi, T. / Tono, K. / Yabashi, M. / Nango, E. / Iwata, S.
履歴
登録2020年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylulose-5-phosphate/fructose-6-phosphate phosphoketolase
B: Xylulose-5-phosphate/fructose-6-phosphate phosphoketolase
C: Xylulose-5-phosphate/fructose-6-phosphate phosphoketolase
D: Xylulose-5-phosphate/fructose-6-phosphate phosphoketolase
E: Xylulose-5-phosphate/fructose-6-phosphate phosphoketolase
F: Xylulose-5-phosphate/fructose-6-phosphate phosphoketolase
G: Xylulose-5-phosphate/fructose-6-phosphate phosphoketolase
H: Xylulose-5-phosphate/fructose-6-phosphate phosphoketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)752,25832
ポリマ－747,6008
非ポリマー4,65824
水19,9251106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.620, 185.800, 162.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Xylulose-5-phosphate/fructose-6-phosphate phosphoketolase


分子量: 93450.016 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (バクテリア)
遺伝子: xfp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q6R2Q7, fructose-6-phosphate phosphoketolase

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非ポリマー , 6種, 1130分子

#2: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#5: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#6: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細Database reference is Q6R2Q7 which had been referred by PDB code 3AI7 according to author's request. ...Database reference is Q6R2Q7 which had been referred by PDB code 3AI7 according to author's request. Residue 575 is originally UNK.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.38 % / 解説: rod-like crystal
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode
詳細: Equal amount of 15 mg ml-1 PKT solution (4 mM DTT, 10 mg ml-1 ThDpp) and precipitant solution (50 mM malonate, 12% tacsimate (pH5), 17% PEG3350) were mixed in order to prepare seed crystals. ...詳細: Equal amount of 15 mg ml-1 PKT solution (4 mM DTT, 10 mg ml-1 ThDpp) and precipitant solution (50 mM malonate, 12% tacsimate (pH5), 17% PEG3350) were mixed in order to prepare seed crystals. Preparations of seed crystals of PKT were performed by utilizing light induced crystallization method which promoted to form initial crystal nucleus by evanescent field arised from light irradiation to gold nano-particle vapored on general polystyrene plate (Fujifilm Wako). After 16 h, precipitated crystals were homogenized and centrifuged to use supernatant as seed solution. For the purpose of forming micro-sized crystals of PKT, 1176 micro l of protein-precipitant solution mixture as the same components of seed crystals preparation was mixed with 120 micro l of the seed solution in a 1.5 ml tube. After gentle rotation at 25 degree C for 2 h, the supernatant was exchanged to the same precipitant solution. The same buffer exchange was iteratively conducted after 10 h and 16 h.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.7714 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.8 Å / Num. obs: 292114 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 234 % / Biso Wilson estimate: 57.854 Å2 / CC1/2: 0.938 / R split: 0.215 / Net I/σ(I): 3.64
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 165.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 29113 / CC1/2: 0.493 / R split: 1.006 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Cheetahデータ収集
CrystFEL0.6.1data processing
MOLREP11.0.05位相決定
Coot0.8.9モデル構築
CrystFEL0.6.1データ削減
CrystFEL0.6.1データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AI7

3ai7


解像度: 2.5→46.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.238 / WRfactor Rwork: 0.1757 / FOM work R set: 0.7736 / SU B: 11.561 / SU ML: 0.236 / SU R Cruickshank DPI: 0.3659 / SU Rfree: 0.2414 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2176 14633 5 %RANDOM
Rwork0.1613 ---
obs0.1642 277500 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 163.71 Å2 / Biso mean: 54.255 Å2 / Biso min: 25.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å2-0 Å2-0.48 Å2
2---1 Å20 Å2
3---1.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数51353 0 279 1106 52738
Biso mean--51.99 46.53 -
残基数----6457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01353092
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01746814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5821.64172236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2771.575108827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5656459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2523.0762975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.076158383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6515264
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.26711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0260371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0211337
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 1109 -
Rwork0.37 20416 -
all-21525 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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