[日本語] English
万見
- PDB-7c8e: Crystal Structure of 14-3-3 epsilon with 9J10 peptide -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c8e
タイトルCrystal Structure of 14-3-3 epsilon with 9J10 peptide
要素
  • 14-3-3 protein epsilon
  • 9J10
キーワードPROTEIN BINDING / Signaling protein / Phosphopeptide binding / peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptidyl-serine dephosphorylation / regulation of heart rate by hormone / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of membrane repolarization / protein localization to endoplasmic reticulum / NADE modulates death signalling / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs ...negative regulation of peptidyl-serine dephosphorylation / regulation of heart rate by hormone / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of membrane repolarization / protein localization to endoplasmic reticulum / NADE modulates death signalling / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Signaling by Hippo / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / regulation of heart rate by cardiac conduction / protein localization to nucleus / calcium channel regulator activity / phosphoserine residue binding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSF1 activation / Activation of BAD and translocation to mitochondria / potassium channel regulator activity / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / signaling adaptor activity / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / protein sequestering activity / regulation of mitotic cell cycle / regulation of cytosolic calcium ion concentration / substantia nigra development / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of protein export from nucleus / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / mitochondrial membrane / hippocampus development / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / neuron migration / cerebral cortex development / histone deacetylase binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / MAPK cascade / melanosome / MHC class II protein complex binding / cellular response to heat / scaffold protein binding / protein phosphatase binding / transmembrane transporter binding / intracellular signal transduction / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Mathivanan, S. / Sudhakar, S. / Bairy, S. / Kamariah, N. / Venkitaraman, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Target identification for small-molecule discovery in the FOXO3a tumor-suppressor pathway using a biodiverse peptide library.
著者: Emery, A. / Hardwick, B.S. / Crooks, A.T. / Milech, N. / Watt, P.M. / Mithra, C. / Kumar, V. / Giridharan, S. / Sadasivam, G. / Mathivanan, S. / Sudhakar, S. / Bairy, S. / Bharatham, K. / ...著者: Emery, A. / Hardwick, B.S. / Crooks, A.T. / Milech, N. / Watt, P.M. / Mithra, C. / Kumar, V. / Giridharan, S. / Sadasivam, G. / Mathivanan, S. / Sudhakar, S. / Bairy, S. / Bharatham, K. / Hurakadli, M.A. / Prasad, T.K. / Kamariah, N. / Muellner, M. / Coelho, M. / Torrance, C.J. / McKenzie, G.J. / Venkitaraman, A.R.
履歴
登録2020年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein epsilon
B: 14-3-3 protein epsilon
C: 9J10
D: 9J10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5125
ポリマ－63,3904
非ポリマー1221
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, HOMO DIMER
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.470, 83.350, 118.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein epsilon / 14-3-3E


分子量: 30170.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62258
#2: タンパク質・ペプチド 9J10


分子量: 1524.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893 (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% PEG 400, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M Calcium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→68.234 Å / Num. obs: 10688 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.163 / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.16→3.33 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1516 / CC1/2: 0.698 / Rpim(I) all: 0.335 / Rrim(I) all: 0.729 / Rsym value: 0.645 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BR9

2br9


解像度: 3.16→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 26.123 / SU ML: 0.434 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.528 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2705 522 4.9 %RANDOM
Rwork0.2217 ---
obs0.2242 10115 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.04 Å2 / Biso mean: 62.732 Å2 / Biso min: 23.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.15 Å20 Å20 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.16→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3692 0 8 29 3729
Biso mean--78.55 39.62 -
残基数----473
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0133759
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.6435088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1141.587974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9765469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50421.962209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.30415648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8891531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0430.2503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02796
LS精密化 シェル解像度: 3.16→3.236 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 33 -
Rwork0.307 724 -
obs--98.83 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る