PDB-7c82: Crystal structure of AlinE4, a SGNH-hydrolase family esterase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c82

タイトル

Crystal structure of AlinE4, a SGNH-hydrolase family esterase

要素

SGNH-hydrolase family esterase

キーワード

HYDROLASE / esterase / SGNH-hydrolase family / marine

機能・相同性

: / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / lysophospholipase activity / SGNH hydrolase superfamily / ACETATE ION / ALANINE / : / SGNH-hydrolase family esterase

機能・相同性情報

生物種

Altererythrobacter indicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.18 Å

データ登録者

Li, Z. / Li, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2020
タイトル: Structure-guided protein engineering increases enzymatic activities of the SGNH family esterases.
著者: Li, Z. / Li, L. / Huo, Y. / Chen, Z. / Zhao, Y. / Huang, J. / Jian, S. / Rong, Z. / Wu, D. / Gan, J. / Hu, X. / Li, J. / Xu, X.W.

履歴

登録	2020年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c82.cif.gz	97 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c82.ent.gz	70.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c82_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c82_full_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示
XML形式データ	7c82_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	7c82_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c23C 7c29C 7c84C 7c85C 4jggS 7c2a S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c2a-d 7c2c-d 7c84-d 3ghp-1 7c2d-d 4mix-2 7c85-d 2qrx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SGNH-hydrolase family esterase

ヘテロ分子

21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.783, 79.783, 61.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-315- HOH
2	1	A-502- HOH

#1: タンパク質	SGNH-hydrolase family esterase / AlinE4 分子量: 20707.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Altererythrobacter indicus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LYH5
#2: 化合物	ChemComp-ALA / ALANINE / アラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1M Sodium acetate, 100mM HEPES, pH 7.5, 50mM Cadmium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.18→48.46 Å / Num. obs: 64489 / % possible obs: 99.05 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.18→1.22 Å / R_merge(I) obs: 0.645 / Num. unique obs: 5992

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JGG

4jgg

解像度: 1.18→48.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 1.015 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1546	3291	5.102 %
R_work	0.127	61211	-
all	0.128	-	-
obs	-	61212	99.043 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.738 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.063 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.063 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.126 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.18→48.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1439	0	24	221	1684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.013	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.131	1.643	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.662	1.581	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.662	5	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.725	21.605	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.932	15	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.583	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.272	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	798
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	755
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.073	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.317	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.54	1.232	821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.454	1.218	816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.849	1.837	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.862	1.842	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.46	1.614	775
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.458	1.616	776
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.983	2.288	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.982	2.29	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.272	16.662	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.15	16.079	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.193	3	3136

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.18-1.211	0.238	230	0.22	4129	X-RAY DIFFRACTION	91.7491
1.211-1.244	0.233	211	0.203	4305	X-RAY DIFFRACTION	98.1099
1.244-1.28	0.201	236	0.162	4249	X-RAY DIFFRACTION	99.2037
1.28-1.319	0.183	241	0.147	4113	X-RAY DIFFRACTION	99.4745
1.319-1.362	0.166	217	0.132	3979	X-RAY DIFFRACTION	99.2197
1.362-1.41	0.152	228	0.118	3878	X-RAY DIFFRACTION	99.7086
1.41-1.463	0.151	205	0.106	3746	X-RAY DIFFRACTION	99.5967
1.463-1.523	0.126	177	0.094	3670	X-RAY DIFFRACTION	99.8443
1.523-1.591	0.119	186	0.092	3472	X-RAY DIFFRACTION	99.8362
1.591-1.668	0.138	175	0.092	3358	X-RAY DIFFRACTION	99.9717
1.668-1.758	0.128	157	0.093	3199	X-RAY DIFFRACTION	99.9702
1.758-1.865	0.136	149	0.095	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.865-1.994	0.123	178	0.098	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
1.994-2.153	0.141	129	0.105	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.9644
2.153-2.358	0.129	145	0.107	2464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.358-2.636	0.139	122	0.119	2228	X-RAY DIFFRACTION	99.915
2.636-3.043	0.159	109	0.137	2002	X-RAY DIFFRACTION	99.7166
3.043-3.724	0.172	80	0.147	1706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.724-5.255	0.148	66	0.141	1372	X-RAY DIFFRACTION	100
5.255-48.46	0.236	50	0.207	807	X-RAY DIFFRACTION	99.8834

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関連情報:EMDBヘッダ

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