PDB-7c7m: The structure of SAM-bound CntL, an aminobutyrate transferase in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c7m

タイトル

The structure of SAM-bound CntL, an aminobutyrate transferase in staphylopine biosysnthesis

要素

Staphylopine biosynthesis enzyme CntL

キーワード

TRANSFERASE / Metallophore / Biosynthesis / Substrate / Aminobutyrate

機能・相同性

nicotianamine synthase activity / nicotianamine biosynthetic process / Nicotianamine synthase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYLMETHIONINE / D-histidine (S)-2-aminobutanoyltransferase CntL

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Luo, Z. / Luo, S. / Zhou, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Faseb J. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the ligand recognition and catalysis of the key aminobutanoyltransferase CntL in staphylopine biosynthesis.
著者: Luo, Z. / Luo, S. / Ju, Y. / Ding, P. / Xu, J. / Gu, Q. / Zhou, H.

履歴

登録	2020年5月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c7m.cif.gz	67.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c7m.ent.gz	51.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c7m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c7m_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c7m_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7c7m_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	7c7m_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/7c7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/7c7m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c9kC 7c9mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vc4-d 6ll8-1 5uxy-d 7c9m-3 6cng-1 2ouk-4 2ouk-2 6fzp-d 3grd-d 4tq3-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Staphylopine biosynthesis enzyme CntL

ヘテロ分子

33.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.522, 92.142, 56.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-483- HOH
2	1	A-541- HOH
3	1	A-542- HOH

#1: タンパク質	Staphylopine biosynthesis enzyme CntL / rRNA methyltransferase FmrO 分子量: 32582.947 Da / 分子数: 1 / 変異: A119T / 由来タイプ: 組換発現詳細: M(INITIATING METHIONINE)GSSHHHHHHSS G(EXPRESSION TAG) 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: fmrO, cntL, DDL17_02690, M1K003_1012 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A391FC11
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 2.0 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→48.27 Å / Num. obs: 22386 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 1.81→1.85 Å / R_merge(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 1292 / CC_1/2: 0.958

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.81→48.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.726 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20696	1130	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1853	-	-	-
obs	0.1864	21220	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.593 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.9 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.93 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.81→48.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1977	0	35	153	2165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.014	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.273	1.678	2859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.94	1.681	4470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.098	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.439	24.563	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.018	15	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.502	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	372
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.298	1.967	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.296	1.967	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.021	2.932	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.021	2.933	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.285	2.21	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.284	2.21	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.392	3.212	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.616	23.689	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.513	23.448	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.81→1.857 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	71	-
R_work	0.234	1542	-
obs	-	-	99.94 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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