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万見
- PDB-7c76: Cryo-EM structure of human TLR3 in complex with UNC93B1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c76
タイトルCryo-EM structure of human TLR3 in complex with UNC93B1
要素
  • Protein unc-93 homolog B1
  • Toll-like receptor 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / Toll-like receptors / UNC93B1 / MFS
機能・相同性
機能・相同性情報


TLR3 deficiency - HSE / response to dsRNA / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / toll-like receptor 7 signaling pathway / TRAF3 deficiency - HSE / T cell antigen processing and presentation / regulation of dendritic cell cytokine production ...TLR3 deficiency - HSE / response to dsRNA / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / toll-like receptor 7 signaling pathway / TRAF3 deficiency - HSE / T cell antigen processing and presentation / regulation of dendritic cell cytokine production / I-kappaB phosphorylation / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / inflammatory response to wounding / Toll-like receptor binding / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / toll-like receptor 3 signaling pathway / detection of virus / necroptotic signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / early phagosome / hyperosmotic response / endolysosome membrane / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / RSV-host interactions / response to exogenous dsRNA / negative regulation of osteoclast differentiation / ubiquitin-like protein ligase binding / positive regulation of interferon-alpha production / cellular response to interferon-beta / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / JNK cascade / positive regulation of interleukin-12 production / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / extracellular matrix / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / positive regulation of interferon-beta production / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / positive regulation of interleukin-8 production / intracellular protein transport / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cell morphogenesis / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / male gonad development / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / double-stranded RNA binding / signaling receptor activity / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ion channel regulatory protein UNC-93 / Protein unc-93 homolog B1 / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. ...Ion channel regulatory protein UNC-93 / Protein unc-93 homolog B1 / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 3 / Protein unc-93 homolog B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Ohto, U. / Ishida, H. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of Toll-like receptors in complex with UNC93B1.
著者: Hanako Ishida / Jinta Asami / Zhikuan Zhang / Tomohiro Nishizawa / Hideki Shigematsu / Umeharu Ohto / Toshiyuki Shimizu /
要旨: Nucleic acid-sensing Toll-like receptors (TLRs) play a pivotal role in innate immunity by recognizing foreign DNA and RNA. Compartmentalization of these TLRs in the endosome limits their activation ...Nucleic acid-sensing Toll-like receptors (TLRs) play a pivotal role in innate immunity by recognizing foreign DNA and RNA. Compartmentalization of these TLRs in the endosome limits their activation by self-derived nucleic acids and reduces the possibility of autoimmune reactions. Although chaperone Unc-93 homolog B1, TLR signaling regulator (UNC93B1) is indispensable for the trafficking of TLRs from the endoplasmic reticulum to the endosome, mechanisms of UNC93B1-mediated TLR regulation remain largely unknown. Here, we report two cryo-EM structures of human and mouse TLR3-UNC93B1 complexes and a human TLR7-UNC93B1 complex. UNC93B1 exhibits structural similarity to the major facilitator superfamily transporters. Both TLRs interact with the UNC93B1 amino-terminal six-helix bundle through their transmembrane and luminal juxtamembrane regions, but the complexes of TLR3 and TLR7 with UNC93B1 differ in their oligomerization state. The structural information provided here should aid in designing compounds to combat autoimmune diseases.
履歴
登録2020年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30293
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 3
B: Protein unc-93 homolog B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,92818
ポリマ－170,6422
非ポリマー5,28616
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 3


分子量: 103946.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR3 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15455
#2: タンパク質 Protein unc-93 homolog B1 / hUNC93B1


分子量: 66695.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNC93B1, UNC93, UNC93B / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H1C4
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of TLR3 and UNC93B1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293F
緩衝液pH: 5.5 / 詳細: 25 mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 0.2 M NaCl, and 0.01% GDN
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 134000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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