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万見
- PDB-7c6v: Crystal structure of beta-glycosides-binding protein (W177X) of A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c6v
タイトルCrystal structure of beta-glycosides-binding protein (W177X) of ABC transporter in a closed state bound to laminaritriose (Form II)
要素Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Conformational dynamics / substrate-binding protein / Induced-fit mechanism / Two-step ligand binding / Venus Fly-trap mechanism
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / Bacterial extracellular solute-binding protein / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SULFITE ION / Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kanaujia, S.P. / Chandravanshi, M. / Samanta, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/563/NE/U-Excel/2016 インド
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Conformational Trapping of a beta-Glucosides-Binding Protein Unveils the Selective Two-Step Ligand-Binding Mechanism of ABC Importers.
著者: Chandravanshi, M. / Samanta, R. / Kanaujia, S.P.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
B: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
C: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,19119
ポリマ－137,7193
非ポリマー2,47216
水93752
1
A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7627
ポリマ－45,9061
非ポリマー8566
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16710 Å2
手法PISA
2
B: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7106
ポリマ－45,9061
非ポリマー8045
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
3
C: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7186
ポリマ－45,9061
非ポリマー8125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.410, 185.410, 74.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 413 / Label seq-ID: 4 - 414

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein


分子量: 45906.211 Da / 分子数: 3 / 変異: K174R, N175T, S176P, W177del, D178R, V179T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHB082 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53W80
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 65分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION


分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 % / 解説: Trigonal
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulphate, 40% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年9月17日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→80.28 Å / Num. obs: 34597 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-3.0610.10.4384758947050.9540.1440.4615.3100
9.17-80.2811.30.0391258411110.9990.0120.0414099.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.82 Å67.34 Å
Translation4.82 Å67.34 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-30003000データ収集
MOSFLM7.2.2データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C63

7c63


解像度: 2.8→80.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 22.752 / SU ML: 0.223 / SU R Cruickshank DPI: 0.0611 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2356 1703 4.7 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
obs0.1889 34597 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 155.96 Å2 / Biso mean: 55.799 Å2 / Biso min: 22.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.11 Å20 Å20 Å2
2--5.11 Å20 Å2
3----10.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→80.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9455 0 153 52 9660
Biso mean--51.49 36.99 -
残基数----1238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0139879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8411.65813462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3741.5821122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.90751239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88821.803466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.02151493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2441561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022134
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A12834
12B12834
21A12825
22C12825
31B12800
32C12800
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 110 -
Rwork0.269 2536 -
all-2646 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86080.7611-0.40171.4154-0.40350.9733-0.17340.33-0.0278-0.27040.22150.1522-0.15190.2857-0.04810.1817-0.1287-0.05890.2625-0.01980.04840.735969.65891.9492
20.83010.57130.18243.0435-0.01531.29210.1773-0.1375-0.18060.633-0.1053-0.2611-0.395-0.0125-0.0720.3568-0.0654-0.08760.04520.0470.0642-30.171785.7482-5.7983
31.7453-1.21260.25172.1644-0.29271.5946-0.0593-0.1508-0.19830.23840.13210.36540.02780.0103-0.07280.06260.02880.12350.03370.05780.3332-2.892937.0777-31.8913
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 414
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 415
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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