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- PDB-7c60: Crystal structure of Keap1 in complex with monoethyl fumarate (MEF) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c60
タイトルCrystal structure of Keap1 in complex with monoethyl fumarate (MEF)
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / beta-propeller domain / oxidative stress / Keap1-Nrf2 system / DMF / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity ...cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cellular response to interleukin-4 / inclusion body / regulation of autophagy / actin filament / adherens junction / disordered domain specific binding / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein ubiquitination / negative regulation of gene expression / focal adhesion / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / (~{Z})-4-ethoxy-4-oxidanylidene-but-2-enoic acid / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Padmanabhan, B. / Unni, S. / Deshmukh, P. / Krishnappa, G.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)DST-FIST: SR/FST/LS-I/2017(C) インド
Science and Engineering Research Board (SERB)DST-FIST: SR/FST/LS-I/2017(C) インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the multiple binding modes of Dimethyl Fumarate (DMF) and its analogs to the Kelch domain of Keap1.
著者: Unni, S. / Deshmukh, P. / Krishnappa, G. / Kommu, P. / Padmanabhan, B.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6536
ポリマ－34,1131
非ポリマー5395
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.726, 103.726, 56.795
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2


分子量: 34113.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 / プラスミド: pET 28a / 詳細 (発現宿主): Histag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: 化合物 ChemComp-NF3 / (~{Z})-4-ethoxy-4-oxidanylidene-but-2-enoic acid / マレイン酸1-エチル


分子量: 144.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Lithium Sulphate, PEG 8000, Sodium acetate, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→24.95 Å / Num. obs: 26285 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 10.14 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.6→1.97 Å / Num. unique obs: 1377 / CC1/2: 0.998

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrysalisProデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X2J

1x2j


解像度: 1.95→20.88 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2883 1172 4.96 %
Rwork0.214 22453 -
obs0.2177 23625 92.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.94 Å2 / Biso mean: 26.8085 Å2 / Biso min: 10.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→20.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2261 0 34 501 2796
Biso mean--42.45 35.47 -
残基数----297
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.040.43021470.28322721286891
2.04-2.150.28841560.23382957311399
2.15-2.280.45081290.33272568269785
2.28-2.460.40131230.32242483260682
2.46-2.70.37521500.2552922307297
2.7-3.090.28091580.21892898305696
3.09-3.890.24661490.1642859300894
3.89-20.880.19181600.15673045320598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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