PDB-7c5y: Crystal structure of the iota-carbonic anhydrase from eukaryotic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c5y

タイトル

Crystal structure of the iota-carbonic anhydrase from eukaryotic microalga complexed with iodide

要素

iota-carbonic anhydrase

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase / iodide complex

機能・相同性

IODIDE ION

機能・相同性情報

生物種

Bigelowiella natans (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Senda, M. / Senda, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2021
タイトル: Characterization of a novel type of carbonic anhydrase that acts without metal cofactors.
著者: Hirakawa, Y. / Senda, M. / Fukuda, K. / Yu, H.Y. / Ishida, M. / Taira, M. / Kinbara, K. / Senda, T.

履歴

登録	2020年5月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c5y.cif.gz	228.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c5y.ent.gz	164.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c5y_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c5y_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	7c5y_validation.xml.gz	39.4 KB	表示
CIF形式データ	7c5y_validation.cif.gz	58.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/7c5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/7c5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c5vC 7c5wSC 7c5xC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c5x-d 7ec2-d 5olr-d 5yei-2 6iw5-2 6iw4-1 1uzg-d 5jhm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: iota-carbonic anhydrase

B: iota-carbonic anhydrase

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.781, 192.898, 58.206
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.459, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	iota-carbonic anhydrase 分子量: 55424.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bigelowiella natans (真核生物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 20%(w/v) PEG4000, 20%(v/v) i-propanol, 0.1 M sodium citrate pH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月2日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→49.6 Å / Num. obs: 101667 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 20.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 14.56
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 5.17 / Num. unique obs: 14779

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MR native SAD phasing using 7C5W as a partial model

7c5w

解像度: 2.2→49.6 Å / SU ML: 0.2117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.7267
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2073	5080	5 %
R_work	0.1667	96570	-
obs	0.1688	101650	98.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7538	0	6	581	8125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	7733
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7562	10511
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	1396
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.8582	1078

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.22	0.237	168	0.1768	3174	X-RAY DIFFRACTION	95.81
2.23-2.25	0.2451	166	0.1755	3155	X-RAY DIFFRACTION	97.62
2.25-2.28	0.2383	166	0.1835	3120	X-RAY DIFFRACTION	97.25
2.28-2.31	0.2251	167	0.1856	3215	X-RAY DIFFRACTION	98.11
2.31-2.34	0.2277	168	0.1769	3219	X-RAY DIFFRACTION	97.33
2.34-2.37	0.2447	167	0.1782	3166	X-RAY DIFFRACTION	98.26
2.37-2.4	0.2488	163	0.1936	3115	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.4-2.44	0.2778	173	0.1831	3275	X-RAY DIFFRACTION	98.01
2.44-2.48	0.2072	167	0.1797	3161	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.48-2.52	0.2302	172	0.1832	3242	X-RAY DIFFRACTION	98.67
2.52-2.56	0.2737	166	0.1845	3143	X-RAY DIFFRACTION	98.57
2.56-2.61	0.2066	175	0.1784	3298	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.61-2.66	0.2328	165	0.1729	3133	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.66-2.71	0.238	173	0.1756	3280	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.71-2.77	0.2282	170	0.1742	3241	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.77-2.84	0.2155	166	0.1683	3168	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.84-2.91	0.2589	174	0.1719	3322	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.91-2.99	0.2615	165	0.1704	3134	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.99-3.07	0.1907	172	0.1668	3296	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.07-3.17	0.2297	170	0.1687	3208	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.17-3.29	0.19	172	0.1788	3222	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.29-3.42	0.1989	172	0.1633	3305	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.42-3.57	0.1825	172	0.1596	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.76	0.1963	167	0.1521	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4	0.177	172	0.1452	3260	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.3	0.1706	172	0.1388	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.74	0.1891	170	0.143	3254	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.74-5.42	0.1724	171	0.1563	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
5.42-6.83	0.228	171	0.1978	3250	X-RAY DIFFRACTION	99.94
6.83-49.6	0.1465	168	0.1694	3241	X-RAY DIFFRACTION	99.5

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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