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- PDB-7c52: Co-crystal structure of a photosynthetic LH1-RC in complex with e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c52
タイトルCo-crystal structure of a photosynthetic LH1-RC in complex with electron donor HiPIP
要素
  • (Photosynthetic reaction center ...) x 4
  • High-potential iron-sulfur protein
  • LH1 alpha polypeptide
  • LH1 beta polypeptide
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LH1-RC / HiPIP / purple bacteria / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / aerobic electron transport chain / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / endomembrane system ...organelle inner membrane / aerobic electron transport chain / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Light-harvesting complex / Light-harvesting Protein / High potential iron-sulfur protein / High potential iron-sulphur protein / High potential iron-sulphur protein superfamily / High potential iron-sulfur proteins family profile. / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, alpha subunit ...Light-harvesting complex / Light-harvesting Protein / High potential iron-sulfur protein / High potential iron-sulphur protein / High potential iron-sulphur protein superfamily / High potential iron-sulfur proteins family profile. / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / SPIRILLOXANTHIN / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / MENAQUINONE 8 / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-PGV ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / SPIRILLOXANTHIN / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / MENAQUINONE 8 / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-PGV / IRON/SULFUR CLUSTER / Ubiquinone-8 / Reaction center protein M chain / LH1 beta polypeptide / LH1 alpha polypeptide / Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Photosynthetic reaction center H subunit / High-potential iron-sulfur protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Yu, L.-J. / Wang-Otomo, Z.-Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of a photosynthetic LH1-RC in complex with its electron donor HiPIP.
著者: Kawakami, T. / Yu, L.J. / Liang, T. / Okazaki, K. / Madigan, M.T. / Kimura, Y. / Wang-Otomo, Z.Y.
履歴
登録2020年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
L: Photosynthetic reaction center L subunit
M: Photosynthetic reaction center M subunit
H: Photosynthetic reaction center H subunit
A: LH1 alpha polypeptide
B: LH1 beta polypeptide
D: LH1 alpha polypeptide
E: LH1 beta polypeptide
F: LH1 alpha polypeptide
G: LH1 beta polypeptide
I: LH1 alpha polypeptide
J: LH1 beta polypeptide
K: LH1 alpha polypeptide
N: LH1 beta polypeptide
O: LH1 alpha polypeptide
P: LH1 beta polypeptide
Q: LH1 alpha polypeptide
R: LH1 beta polypeptide
S: LH1 alpha polypeptide
T: LH1 beta polypeptide
U: LH1 alpha polypeptide
V: LH1 beta polypeptide
W: LH1 alpha polypeptide
X: LH1 beta polypeptide
Y: LH1 alpha polypeptide
Z: LH1 beta polypeptide
1: LH1 alpha polypeptide
2: LH1 beta polypeptide
3: LH1 alpha polypeptide
4: LH1 beta polypeptide
5: LH1 alpha polypeptide
6: LH1 beta polypeptide
7: LH1 alpha polypeptide
8: LH1 beta polypeptide
9: LH1 alpha polypeptide
0: LH1 beta polypeptide
b: High-potential iron-sulfur protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)424,368157
ポリマ－340,64637
非ポリマー83,722120
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.435, 183.335, 123.857
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.584, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
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91
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111
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131
141
151
161
12
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42
52
62
72
82
92
102
112
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152
162

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain '0' and resid 9 through 101)09 - 46
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1412(chain 'U' and (resid 6 through 29 or resid 31...U6 - 29
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1512(chain 'W' and (resid 6 through 29 or resid 31...W6 - 29
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1612(chain 'Y' and (resid 6 through 29 or resid 31...Y6 - 29
1622(chain 'Y' and (resid 6 through 29 or resid 31...Y31 - 36
1632(chain 'Y' and (resid 6 through 29 or resid 31...Y38 - 40
1642(chain 'Y' and (resid 6 through 29 or resid 31...Y42 - 58
1652(chain 'Y' and (resid 6 through 29 or resid 31...Y101 - 102

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Photosynthetic reaction center ... , 4種, 4分子 CLMH

#1: タンパク質 Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit


分子量: 34409.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P5
#2: タンパク質 Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31520.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P3
#3: タンパク質 Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 36605.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: A8ASG6
#4: タンパク質 Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28213.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P9

-
タンパク質 , 2種, 17分子 ADFIKOQSUWY13579b

#5: タンパク質
LH1 alpha polypeptide


分子量: 7034.442 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P2
#7: タンパク質 High-potential iron-sulfur protein / HiPIP


分子量: 8793.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: P80176

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 18分子 BEGJNPRTVXZ24680

#22: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#6: タンパク質・ペプチド
LH1 beta polypeptide


分子量: 5534.452 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P1

-
非ポリマー , 15種, 118分子

#8: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#14: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#15: 化合物
ChemComp-UQ8 / Ubiquinone-8 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-oc taen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / ユビキノン8


分子量: 727.109 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H74O4
#16: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#17: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#18: 化合物 ChemComp-MQ8 / MENAQUINONE 8 / 2-METHYL-3-(3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYL-DOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL)-[1,4]NAPTHOQUINONE


分子量: 717.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H72O2
#19: 化合物
ChemComp-CRT / SPIRILLOXANTHIN / RHODOVIOLASCIN


分子量: 596.925 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H60O2
#20: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物
ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#23: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / Density meas: 51.36 Mg/m3 / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 5 / 詳細: PEG 1500, sodium succinate, calcium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→48.2 Å / Num. obs: 86259 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 103.66 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.893→2.996 Å / Rmerge(I) obs: 2.06 / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 6927 / CC1/2: 0.334 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSMay 1, 2016データ削減
XDSMay 1, 2016データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
Coot0.8.8モデル構築
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y5S

5y5s


解像度: 2.89→29.99 Å / SU ML: 0.5015 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.3974
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 4311 5 %
Rwork0.2188 81948 -
obs0.2203 86259 97.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 128.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→29.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26183 0 1165 0 27348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005528419
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.232239065
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05984015
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00814694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.05410283
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-2.930.4432840.39861619X-RAY DIFFRACTION57.98
2.93-2.960.37481270.37582412X-RAY DIFFRACTION85.69
2.96-30.40461340.35762551X-RAY DIFFRACTION92.36
3-3.030.37191450.34272747X-RAY DIFFRACTION97.54
3.03-3.070.33621430.33352718X-RAY DIFFRACTION99
3.07-3.120.38061490.34512826X-RAY DIFFRACTION99.66
3.12-3.160.3871440.33462745X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.210.39251490.33182834X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.260.34651470.31542788X-RAY DIFFRACTION99.93
3.26-3.310.35371460.28682772X-RAY DIFFRACTION99.93
3.31-3.370.27751470.27552792X-RAY DIFFRACTION99.86
3.37-3.430.29441460.26682780X-RAY DIFFRACTION99.69
3.43-3.50.30241460.2692758X-RAY DIFFRACTION99.83
3.5-3.570.29761490.25142846X-RAY DIFFRACTION99.97
3.57-3.640.28751460.25332761X-RAY DIFFRACTION99.79
3.64-3.730.31611450.23972769X-RAY DIFFRACTION99.79
3.73-3.820.29921490.23632827X-RAY DIFFRACTION99.93
3.82-3.920.26171450.22372752X-RAY DIFFRACTION99.72
3.92-4.040.21681480.20772815X-RAY DIFFRACTION99.7
4.04-4.170.23231480.20322812X-RAY DIFFRACTION99.73
4.17-4.320.21041460.19332763X-RAY DIFFRACTION99.83
4.32-4.490.23141460.19142791X-RAY DIFFRACTION99.69
4.49-4.690.22141470.18392786X-RAY DIFFRACTION99.69
4.69-4.940.20241470.17432798X-RAY DIFFRACTION99.46
4.94-5.250.21411460.1832785X-RAY DIFFRACTION99.69
5.25-5.650.23171490.18582827X-RAY DIFFRACTION99.83
5.65-6.220.27261470.20352798X-RAY DIFFRACTION99.86
6.22-7.10.18561470.18662800X-RAY DIFFRACTION99.8
7.11-8.910.19731500.1792835X-RAY DIFFRACTION99.7
8.91-29.990.23641490.22432841X-RAY DIFFRACTION99.43
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.4225777797 Å / Origin y: 30.0155694781 Å / Origin z: 134.549072079 Å
111213212223313233
T0.639274510059 Å20.154187999037 Å20.0665090030576 Å2-0.720829025336 Å2-0.0554073202315 Å2--0.632260323799 Å2
L1.30074596768 °2-0.79111332594 °20.234168156031 °2-1.86953965519 °2-0.302349271942 °2--0.895255011268 °2
S-0.0108308414687 Å °0.0050683037848 Å °0.0465939237767 Å °-0.0104805142381 Å °-0.0236168342446 Å °0.048696689026 Å °-0.0636343721319 Å °-0.042243731464 Å °0.0312277969869 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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