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万見
- PDB-7c4h: Crystal structure of BCP1 from Saccharomyces Cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c4h
タイトルCrystal structure of BCP1 from Saccharomyces Cerevisiae
要素Protein BCP1
キーワードCHAPERONE / ribosome biosynthesis
機能・相同性BCP1 family / BCCIP / ribosomal large subunit export from nucleus / protein export from nucleus / nucleus / cytoplasm / Protein BCP1
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Chang, W.C. / Lin, M.H. / Hsu, C.H.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)108-2113-M-002-011- 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)108-2628-B-002-013- 台湾
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: The crystal structure of protein-transporting chaperone BCP1 from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Lin, M.H. / Kuo, P.C. / Chiu, Y.C. / Chang, Y.Y. / Chen, S.C. / Hsu, C.H.
履歴
登録2020年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein BCP1
B: Protein BCP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5913
ポリマ－67,5512
非ポリマー401
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.794, 127.794, 127.794
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y+1/2,-z,x+1/2
#5: z+1/2,-x+1/2,-y
#6: -y,z+1/2,-x+1/2
#7: -z+1/2,-x,y+1/2
#8: -z,x+1/2,-y+1/2
#9: y+1/2,-z+1/2,-x
#10: x+1/2,-y+1/2,-z
#11: -x,y+1/2,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Protein BCP1


分子量: 33775.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BCP1, YDR361C / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06338
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.2), 32% v/v polyethylene glycol 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 61457 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 14.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 26.17
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 6.03 / Num. unique obs: 6068

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.83→26.09 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1949 2011 3.27 %
Rwork0.1672 59408 -
obs0.168 61419 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.16 Å2 / Biso mean: 18.777 Å2 / Biso min: 5.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→26.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3744 0 1 300 4045
Biso mean--22.84 23.43 -
残基数----456
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.83-1.870.22821390.18741914330
1.87-1.930.20761450.196142174362
1.93-1.980.19511420.178741784320
1.98-2.050.19621410.162142264367
2.05-2.120.21081440.165342214365
2.12-2.20.19081440.162442444388
2.2-2.30.19931420.178441904332
2.3-2.430.19561450.166142254370
2.43-2.580.22611450.172542264371
2.58-2.780.19041440.175142594403
2.78-3.050.21051430.184642244367
3.06-3.50.19961440.180942824426
3.5-4.40.18851480.148943134461
4.4-26.090.1561450.142644124557
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.15950.0311-0.0376-0.0571-0.02030.0211-0.04690.0397-0.0432-0.0276-0.0508-0.01050.0331-0.0005-0.02330.15980.0121-0.00360.0966-0.01380.084833.4919-30.21911.0353
20.23240.0269-0.13250.2673-0.18090.1850.06420.0239-0.0542-0.0391-0.0568-0.03270.00290.0781-0.02240.07950.00880.00780.0604-0.00380.031940.678-23.654321.1948
30.0367-0.04280.02040.0067-0.03630.03720.0024-0.00590.0308-0.0107-0.00980.0068-0.1233-0.0566-0.00480.11390.01010.00260.0748-0.0080.046736.3407-17.253633.2088
40.0211-0.03890.0040.1043-0.06490.1284-0.157-0.06780.04750.3646-0.00860.0843-0.1474-0.1268-0.02290.21310.04760.03220.138-0.03180.118531.2202-8.209339.7948
50.2144-0.24310.15720.38640.00790.0814-0.00990.02740.1042-0.0784-0.0410.0675-0.09670.0156-0.0550.11520.0019-0.00460.0736-0.00970.075631.1513-13.038420.6602
60.0106-0.02760.04130.0217-0.05050.1698-0.00430.20420.3228-0.0666-0.2443-0.2562-0.27090.0619-0.21260.2364-0.03230.01440.09420.05850.191940.6224-2.413817.5463
70.0702-0.06120.08050.0998-0.08790.0728-0.1306-0.00950.10360.1165-0.0019-0.1843-0.22810.033-0.01430.1237-0.02840.01490.1233-0.02270.186245.5035-3.913127.9119
8-0.0036-0.0234-0.12080.1196-0.06150.2317-0.0423-0.03510.0792-0.0901-0.01590.0435-0.2136-0.0989-0.00910.160.0204-0.00360.0752-0.00320.099528.5342-8.655715.2257
9-0.15330.00660.0045-0.01120.057-0.0013-0.01510.0148-0.07750.0065-0.037-0.04210.0205-0.1029-0.01030.1366-0.0069-0.00990.084-0.00190.082726.8152-30.35961.1864
100.09440.0498-0.10250.19980.26020.19990.00590.0282-0.0220.0098-0.02840.01960.0216-0.0399-0.01560.0889-0.00270.00930.078-0.00710.053422.0339-24.7668-22.1939
110.10230.03840.05170.05210.06990.0438-0.12220.0516-0.0434-0.19850.0766-0.0558-0.1544-0.0209-0.00350.1849-0.00760.00090.10790.00520.071323.3581-13.8472-38.2343
120.09920.1250.06790.34750.02030.1034-0.0070.01070.01860.0568-0.021-0.0323-0.0921-0.0106-0.03120.10060.0040.00260.07120.00540.07329.3772-14.4717-20.8027
130.08170.0582-0.04570.1263-0.11890.2209-0.0031-0.1850.06580.2131-0.25190.1718-0.2320.1152-0.04140.22090.03120.02050.069-0.05120.140418.2673-4.4381-17.7498
140.00080.01420.01390.02610.01410.0222-0.01040.04870.0488-0.2319-0.13070.1574-0.2611-0.1503-0.00150.12790.0385-0.01040.1532-0.03520.161914.2149-7.0263-28.3594
150.0325-0.1006-0.06130.31530.02360.1219-0.01930.04130.03650.0717-0.01740.0046-0.18180.1038-0.00940.1437-0.0092-0.00890.07150.00210.077330.729-9.6636-14.4885
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 63 )A37 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 64 through 110 )A64 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 111 through 134 )A111 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 135 through 151 )A135 - 151
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 152 through 200 )A152 - 200
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 201 through 244 )A201 - 244
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 245 through 256 )A245 - 256
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 257 through 291 )A257 - 291
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 37 through 63 )B37 - 63
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 64 through 124 )B64 - 124
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 125 through 147 )B125 - 147
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 148 through 200 )B148 - 200
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 201 through 244 )B201 - 244
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 245 through 256 )B245 - 256
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 257 through 291 )B257 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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