PDB-7c44: Crystal structure of the p53-binding domain of human MdmX protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c44

タイトル

Crystal structure of the p53-binding domain of human MdmX protein in complex with Nutlin3a

要素

Protein Mdm4

キーワード

ONCOPROTEIN / MdmX / Nutlin-3a

機能・相同性

機能・相同性情報

atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Cheng, X.Y. / Zhang, B.L. / Kuang, Z.K. / Yang, J. / Li, Z.C. / Yu, J.P. / Zhao, Z.T. / Cao, C.Z. / Su, Z.D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the p53-binding domain of human MdmX protein in complex with Nutlin3a
著者: Cheng, X.Y. / Zhang, B.L. / Kuang, Z.K. / Yang, J. / Li, Z.C. / Yu, J.P. / Zhao, Z.T. / Cao, C.Z. / Su, Z.D.

履歴

登録	2020年5月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c44.cif.gz	54.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c44.ent.gz	37.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/7c44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/7c44	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6q9wS 6v4fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7c3y-d 7c3q-d 2n2t-d 2i9a-1 5put-1 5psa-1 5ptq-1 5prm-1 2kec-d 5pty-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (13) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Protein Mdm4

ヘテロ分子

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.470, 47.470, 91.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Protein Mdm4 / Double minute 4 protein / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / p53-binding protein Mdm4 分子量: 11042.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM4, MDMX / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: O15151
#2: 化合物	ChemComp-NUT / 4-({(4S,5R)-4,5-bis(4-chlorophenyl)-2-[4-methoxy-2-(propan-2-yloxy)phenyl]-4,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl}carbonyl)piperazin-2-one / Nutlin 3a / ヌトリン3a 分子量: 581.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₀Cl₂N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-O4B / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / 18-クラウン-6 分子量: 264.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% v/v Tacsimate pH 7.0, 0.1 M HEPES sodium salt pH 7.5, 2% (w/v) PEG 200 PH範囲: 7.0-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.632→42.148 Å / Num. obs: 13154 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 28.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.94	16.4	0.854	1362	0.884	0.215	0.882	100
5.81-42.148	18.9	0.045	378	1	0.01	0.046	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Q9W, 6V4F

6q9w

6v4f

解像度: 1.65→25.611 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2647	675	5.132 %
R_work	0.2075	12479	-
all	0.21	-	-
obs	-	13154	99.75 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.364 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.715 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.715 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.431 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→25.611 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	773	0	58	26	857

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	850
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.699	1.649	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.195	1.551	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.156	5	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.691	22.889	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.726	15	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.958	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	163
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.222	0.2	676
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	420
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.176	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.173	3.515	384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.138	3.506	382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.224	5.26	477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.22	5.267	478
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.648	4.164	466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.643	4.165	467
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.57	6.042	665
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.798	6.034	666
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.018	41.498	925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.014	41.514	926

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.324	45	0.288	902	X-RAY DIFFRACTION	99.7893
1.693-1.739	0.407	37	0.267	889	X-RAY DIFFRACTION	99.8921
1.739-1.79	0.288	47	0.271	835	X-RAY DIFFRACTION	99.8867
1.79-1.845	0.337	48	0.259	842	X-RAY DIFFRACTION	99.7758
1.845-1.905	0.302	42	0.254	814	X-RAY DIFFRACTION	99.7669
1.905-1.972	0.328	57	0.241	765	X-RAY DIFFRACTION	99.6364
1.972-2.046	0.263	45	0.226	737	X-RAY DIFFRACTION	99.7449
2.046-2.13	0.258	39	0.211	733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.225	0.252	41	0.228	706	X-RAY DIFFRACTION	99.733
2.225-2.333	0.246	36	0.217	666	X-RAY DIFFRACTION	99.7159
2.333-2.459	0.315	33	0.217	654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.459-2.608	0.235	29	0.218	610	X-RAY DIFFRACTION	99.8438
2.608-2.788	0.387	24	0.227	597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.788-3.011	0.367	27	0.257	531	X-RAY DIFFRACTION	99.8211
3.011-3.298	0.345	26	0.228	505	X-RAY DIFFRACTION	99.812
3.298-3.687	0.243	31	0.194	466	X-RAY DIFFRACTION	100
3.687-4.256	0.184	17	0.165	417	X-RAY DIFFRACTION	100
4.256-5.21	0.141	22	0.151	349	X-RAY DIFFRACTION	100
5.21-7.356	0.255	15	0.205	291	X-RAY DIFFRACTION	100
7.356-25.611	0.383	14	0.202	170	X-RAY DIFFRACTION	95.8333

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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