PDB-7c3q: Human MdmX protein in complex with Nutlin3a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c3q

タイトル

Human MdmX protein in complex with Nutlin3a

要素

Protein Mdm4

キーワード

ONCOPROTEIN / MdmX / Nutlin-3a

機能・相同性

機能・相同性情報

atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Su, Z.D. / Cheng, X.Y. / Zhang, B.L. / Kuang, Z.K. / Yang, J. / Li, Z.C. / Yu, J.P. / Zhao, Z.T. / Cao, C.Z.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human MdmX protein in complex with Nutlin3a
著者: Su, Z.D. / Cheng, X.Y. / Zhang, B.L. / Kuang, Z.K. / Yang, J. / Li, Z.C. / Yu, J.P. / Zhao, Z.T. / Cao, C.Z.

履歴

登録	2020年5月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c3q.cif.gz	54.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c3q.ent.gz	37.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c3q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/7c3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/7c3q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6q9wS 6v4fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7c44-d 7c3y-d 2n2t-d 5poz-1 2i9a-1 5pv5-1 5psa-1 5e74-d 2e44-d 5pos-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (13) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Protein Mdm4

ヘテロ分子

12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.727, 47.727, 92.321
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Protein Mdm4 / Double minute 4 protein / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / p53-binding protein Mdm4 分子量: 11042.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM4, MDMX / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: O15151
#2: 化合物	ChemComp-O4B / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / 18-クラウン-6 分子量: 264.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₆
#3: 化合物	ChemComp-NUT / 4-({(4S,5R)-4,5-bis(4-chlorophenyl)-2-[4-methoxy-2-(propan-2-yloxy)phenyl]-4,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl}carbonyl)piperazin-2-one / Nutlin 3a / ヌトリン3a 分子量: 581.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₀Cl₂N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M HEPES sodium salt pH 7.5, 1.6 M Ammonium sulfate, 2%(w/v) PEG 1000 PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→42.433 Å / Num. obs: 10064 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 23 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 25.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.9	15.4	0.968	20828	1350	0.838	0.244	1.001	2.8	92.1
5.7-42.4	19.8	0.059	8088	409	0.999	0.013	0.061	56.3	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Q9W, 6V4F

6q9w

6v4f

解像度: 1.801→42.433 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2413	482	4.808 %
R_work	0.1967	9542	-
all	0.199	-	-
obs	-	10024	95.804 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.715 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.409 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.409 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.818 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→42.433 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	773	0	65	20	858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	856
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.033	0.017	802
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.605	1.649	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.183	1.551	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.42	5	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.432	22.889	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.524	15	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.518	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	163
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.911	2.987	384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.895	2.975	382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.091	4.457	477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.087	4.462	478
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.092	3.668	472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.088	3.674	473
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.381	5.289	670
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.376	5.295	671
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.934	35.578	929
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.935	35.59	928

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.801-1.848	0.343	30	0.232	613	X-RAY DIFFRACTION	85.8478
1.848-1.898	0.249	36	0.245	671	X-RAY DIFFRACTION	96.3215
1.898-1.953	0.28	22	0.226	398	X-RAY DIFFRACTION	58.5774
1.953-2.014	0.252	36	0.204	663	X-RAY DIFFRACTION	99.431
2.014-2.08	0.246	26	0.209	647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.153	0.215	33	0.167	608	X-RAY DIFFRACTION	99.8442
2.153-2.234	0.281	24	0.193	610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.234-2.325	0.218	26	0.191	590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.325-2.428	0.214	27	0.197	565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.428-2.547	0.317	32	0.201	521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.547-2.684	0.238	36	0.208	503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.684-2.847	0.301	24	0.213	494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.847-3.043	0.322	23	0.213	457	X-RAY DIFFRACTION	100
3.043-3.287	0.271	26	0.209	428	X-RAY DIFFRACTION	100
3.287-3.6	0.164	22	0.193	399	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-4.024	0.252	25	0.168	368	X-RAY DIFFRACTION	100
4.024-4.645	0.236	10	0.165	330	X-RAY DIFFRACTION	100
4.645-5.686	0.386	6	0.194	296	X-RAY DIFFRACTION	100
5.686-8.026	0.254	10	0.213	236	X-RAY DIFFRACTION	100
8.026-42.433	0.123	8	0.224	145	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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