PDB-7c3y: Crystal structure of the N-terminal domain of human MdmX protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c3y

タイトル

Crystal structure of the N-terminal domain of human MdmX protein in complex with Nutlin3a

要素

Protein Mdm4

キーワード

ONCOPROTEIN / MdmX / Nutlin3a

機能・相同性

機能・相同性情報

atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / transcription repressor complex / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.632 Å

データ登録者

Su, Z.D. / Cheng, X.Y. / Zhang, B.L. / Kuang, Z.K. / Yang, J. / Li, Z.C. / Yu, J.P. / Zhao, Z.T. / Cao, C.Z.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of human MdmX protein in complex with Nutlin3a
著者: Su, Z.D. / Cheng, X.Y. / Zhang, B.L. / Kuang, Z.K. / Yang, J. / Li, Z.C. / Yu, J.P. / Cao, C.Z. / Zhao, Z.T.

履歴

登録	2020年5月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c3y.cif.gz	54.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c3y.ent.gz	37.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c3y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c3y_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c3y_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7c3y_validation.xml.gz	6.4 KB	表示
CIF形式データ	7c3y_validation.cif.gz	7.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/7c3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/7c3y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6q9wS 6v4fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7c44-d 7c3q-d 2n2t-d 5prl-1 5put-1 5prm-1 5psa-1 5ptq-1 5pt9-1 5ps3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (13) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Protein Mdm4

ヘテロ分子

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.552, 47.552, 90.676
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Protein Mdm4 / Double minute 4 protein / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / p53-binding protein Mdm4 分子量: 11042.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM4, MDMX / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: O15151
#2: 化合物	ChemComp-O4B / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / 18-クラウン-6 分子量: 264.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₆
#3: 化合物	ChemComp-NUT / 4-({(4S,5R)-4,5-bis(4-chlorophenyl)-2-[4-methoxy-2-(propan-2-yloxy)phenyl]-4,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl}carbonyl)piperazin-2-one / Nutlin 3a / ヌトリン3a 分子量: 581.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₀Cl₂N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% v/v Tacsimate pH 7.0, 0.1 M HEPES sodium salt pH 7.5, 2% (w/v) PEG 200 PH範囲: 7.0-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.632→42.148 Å / Num. obs: 11624 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 28.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.632-1.94	16.4	0.854	22331	1362	0.884	0.215	0.882	3.3	100
5.81-42.11	18.9	0.045	7156	378	1	0.01	0.046	58.7	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Q9W, 6V4F

6q9w

6v4f

解像度: 1.632→42.148 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2269	563	4.843 %
R_work	0.2	11061	-
all	0.201	-	-
obs	-	11624	85.584 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.876 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.018 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.018 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.036 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.632→42.148 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	773	0	58	25	856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	850
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.632	1.649	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.177	1.551	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.887	5	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.735	22.889	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.581	15	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.874	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	163
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	669
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	375
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.26	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.116	3.458	384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.087	3.445	382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.446	5.161	477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.457	5.17	478
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.432	4.116	466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.428	4.115	467
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.807	5.961	665
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.802	5.963	666
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.506	41.284	930
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.502	41.267	931

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.632-1.674	0.403	5	0.348	90	X-RAY DIFFRACTION	9.7336
1.674-1.72	0.589	8	0.348	210	X-RAY DIFFRACTION	22.8751
1.72-1.77	0.283	33	0.304	587	X-RAY DIFFRACTION	65.5391
1.77-1.825	0.297	34	0.288	846	X-RAY DIFFRACTION	98.5442
1.825-1.884	0.291	39	0.264	833	X-RAY DIFFRACTION	100
1.884-1.95	0.245	44	0.228	797	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.024	0.213	40	0.213	787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.024-2.107	0.247	36	0.205	764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.107-2.2	0.28	35	0.22	718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.308	0.202	38	0.19	704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.308-2.432	0.229	34	0.203	662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.432-2.58	0.261	43	0.216	622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.758	0.29	34	0.213	595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.758-2.979	0.265	19	0.224	578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.979-3.262	0.173	22	0.198	515	X-RAY DIFFRACTION	100
3.262-3.647	0.209	30	0.196	484	X-RAY DIFFRACTION	100
3.647-4.21	0.234	26	0.174	414	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-5.153	0.21	18	0.153	374	X-RAY DIFFRACTION	100
5.153-7.276	0.271	16	0.219	291	X-RAY DIFFRACTION	100
7.276-42.148	0.127	9	0.19	190	X-RAY DIFFRACTION	99.5

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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