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万見
- PDB-7c3v: Structure of a thermostable Alcohol dehydrogenase from Kluyveromy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c3v
タイトルStructure of a thermostable Alcohol dehydrogenase from Kluyveromyces polyspora(KpADH)
要素Alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / thermostable
機能・相同性: / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Alcohol dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Kluyveromyces sp. CCTCC M2011385 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.20042955034 Å
データ登録者Dai, W. / Ni, Y. / Xu, G. / Liu, Y. / Wang, Y. / Zhou, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a thermostable Alcohol dehydrogenase from Kluyveromyces polyspora(KpADH)
著者: Dai, W. / Ni, Y. / Xu, G. / Liu, Y. / Wang, Y. / Zhou, J.
#1: ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Structural Insight into Enantioselective Inversion of an Alcohol Dehydrogenase Reveals a "Polar Gate" in Stereorecognition of Diaryl Ketones.
著者: Zhou, J. / Wang, Y. / Xu, G. / Wu, L. / Han, R. / Schwaneberg, U. / Rao, Y. / Zhao, Y.L. / Zhou, J. / Ni, Y.
履歴
登録2020年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6462
ポリマ－38,9031
非ポリマー7431
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.867, 102.867, 65.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-676-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase


分子量: 38903.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces sp. CCTCC M2011385 (酵母)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1B0UHJ2
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH7.2 36% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→24.71 Å / Num. obs: 18868 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 2.79
反射 シェル解像度: 2.2→10 Å / Rmerge(I) obs: 0.058 / Num. unique obs: 18868

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Z2X

5z2x


解像度: 2.20042955034→24.7078541962 Å / SU ML: 0.267011207907 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33750969307 / 位相誤差: 23.0290082545
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.230901236109 953 5.05087979648 %
Rwork0.186378116785 17915 -
obs0.188526221083 18868 93.0512403215 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.9609593147 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.20042955034→24.7078541962 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2742 0 48 179 2969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004223873718392855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7491033871833877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0460294630405434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00477867510687496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.400226665891716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2005-2.31640.3609995491151110.2781260856611957X-RAY DIFFRACTION72.131147541
2.3164-2.46140.3207316067141470.2427606259472319X-RAY DIFFRACTION85.1519337017
2.4614-2.65120.2123304419181560.215435351232556X-RAY DIFFRACTION94.4289693593
2.6512-2.91760.2692163832461190.2088735045382767X-RAY DIFFRACTION99.7925311203
2.9176-3.33890.2430086243311510.188136365732717X-RAY DIFFRACTION99.860724234
3.3389-4.20330.1996973903741370.1606700182342771X-RAY DIFFRACTION100
4.2033-24.70.1812866740911320.1574411851992828X-RAY DIFFRACTION99.8650472335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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