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- PDB-7c3n: Crystal structure of JAK3 in complex with Delgocitinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c3n
タイトルCrystal structure of JAK3 in complex with Delgocitinib
要素Tyrosine-protein kinase JAK3
キーワードTRANSFERASE/INIHIBITOR / INHIBITOR / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INIHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dendritic cell cytokine production / negative regulation of FasL production / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / interleukin-7-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling ...negative regulation of dendritic cell cytokine production / negative regulation of FasL production / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / interleukin-7-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell activation / regulation of T cell apoptotic process / interleukin-2-mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / tyrosine phosphorylation of STAT protein / interleukin-15-mediated signaling pathway / negative regulation of thymocyte apoptotic process / Interleukin-15 signaling / Interleukin-2 signaling / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor binding / extrinsic component of plasma membrane / Signaling by ALK / Interleukin-20 family signaling / negative regulation of interleukin-10 production / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / T cell homeostasis / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / Interleukin-7 signaling / B cell differentiation / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytokine-mediated signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cytoplasmic side of plasma membrane / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / intracellular signal transduction / endosome / protein phosphorylation / innate immune response / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FHX / Tyrosine-protein kinase JAK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Doi, S. / Otira, T. / Kikuwaka, M. / Nomura, A. / Noji, S. / Adachi, T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of a Janus Kinase Inhibitor Bearing a Highly Three-Dimensional Spiro Scaffold: JTE-052 (Delgocitinib) as a New Dermatological Agent to Treat Inflammatory Skin Disorders.
著者: Noji, S. / Hara, Y. / Miura, T. / Yamanaka, H. / Maeda, K. / Hori, A. / Yamamoto, H. / Obika, S. / Inoue, M. / Hase, Y. / Orita, T. / Doi, S. / Adachi, T. / Tanimoto, A. / Oki, C. / Kimoto, Y. ...著者: Noji, S. / Hara, Y. / Miura, T. / Yamanaka, H. / Maeda, K. / Hori, A. / Yamamoto, H. / Obika, S. / Inoue, M. / Hase, Y. / Orita, T. / Doi, S. / Adachi, T. / Tanimoto, A. / Oki, C. / Kimoto, Y. / Ogawa, Y. / Negoro, T. / Hashimoto, H. / Shiozaki, M.
履歴
登録2020年5月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1572
ポリマ－35,8471
非ポリマー3101
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13780 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.782, 65.409, 83.646
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK3 / Janus kinase 3 / JAK-3 / Leukocyte janus kinase / L-JAK


分子量: 35846.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P52333, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-FHX / 3-[(3S,4R)-3-methyl-7-(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)-1,7-diazaspiro[3.4]octan-1-yl]-3-oxidanylidene-propanenitrile


分子量: 310.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C16H18N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.06 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50mM Pipes pH6.0, 1.1M sodium malonate, 1.6% glycerol, 10mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→45.24 Å / Num. obs: 20398 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 21.47 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Num. unique obs: 1206 / CC1/2: 0.945 / Rpim(I) all: 0.142 / Rrim(I) all: 0.232 / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
DIALS1.14.10データ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
MOLREP11.7.02位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YVJ

1yvj


解像度: 1.98→45.24 Å / SU ML: 0.1818 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.5269
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1943 1021 5.02 %
Rwork0.1685 19327 -
obs0.1698 20348 96.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→45.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2315 0 23 267 2605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00192523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48863437
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0406358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0024452
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.5639970
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.080.28851290.19562414X-RAY DIFFRACTION86.17
2.08-2.220.22251410.17512595X-RAY DIFFRACTION91.87
2.22-2.390.2111450.17872693X-RAY DIFFRACTION95.23
2.39-2.630.21491270.18312859X-RAY DIFFRACTION99.7
2.63-3.010.22771470.17792873X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.790.17051620.15232884X-RAY DIFFRACTION100
3.79-45.240.1661700.16053009X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.04293075958-0.29161051262-0.4356552851583.070580181821.260031207781.887280272960.0490522979430.2886802443690.231823874235-0.378777458586-0.0365014865706-0.377732691012-0.1724089469840.1413906830530.01843942615630.1951113347090.0005387996107790.02203547394440.243477147583-0.01891895872120.2477895256120.1542273404-2.8360607229723.0594181808
21.3822608661-0.3680654279180.1253567822061.26638855863-0.07155496248320.6279986404110.005870152072230.095707571348-0.015561015738-0.00791140006362-0.000887688784467-0.00325365374023-0.0283555688023-0.00869018105483-0.01261232380230.14637974287-0.007934750146780.01715448340950.105790233789-0.01515671378530.0926673396246-1.58718784227.288390244130.7114897437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 814 through 861 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 862 through 1102 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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