+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c3k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of mIRGB10 | ||||||
![]() | Immunity-related GTPase family member b10 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / mIRGB | ||||||
機能・相同性 | ![]() defense response to other organism / cellular response to interferon-beta / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ha, H.J. / Jeong, J.H. / Kim, Y.G. / Park, H.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of IRGB10 oligomerization and membrane association for pathogen membrane disruption. 著者: Ha, H.J. / Chun, H.L. / Lee, S.Y. / Jeong, J.H. / Kim, Y.G. / Park, H.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 131.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1tpaS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46705.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Irgb10 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8,000, HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月14日 / 詳細: Vertical focusing toroidal, rhodium coated |
放射 | モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9779 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→29.14 Å / Num. obs: 28239 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 44.99 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07632 / Rpim(I) all: 0.03095 / Rrim(I) all: 0.08245 / Net I/σ(I): 17.57 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4301 / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / Num. unique obs: 2784 / CC1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Rpim(I) all: 0.1699 / Rrim(I) all: 0.4628 / % possible all: 99.82 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1tpA 解像度: 2.6→29.14 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.14 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|