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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c3i | ||||||
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タイトル | Structure of L-lysine oxidase D212A/D315A | ||||||
要素 | L-lysine oxidase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / L-amino acid oxidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-lysine oxidase / L-lysine oxidase activity / L-amino-acid oxidase activity / amino acid catabolic process / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hypocrea rufa (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kitagawa, M. / Matsumoto, Y. / Inagaki, K. / Imada, K. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020 タイトル: Structural basis of strict substrate recognition of l-lysine alpha-oxidase from Trichoderma viride. 著者: Kondo, H. / Kitagawa, M. / Matsumoto, Y. / Saito, M. / Amano, M. / Sugiyama, S. / Tamura, T. / Kusakabe, H. / Inagaki, K. / Imada, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7c3i.cif.gz | 284.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7c3i.ent.gz | 183.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7c3i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7c3i_validation.pdf.gz | 957.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7c3i_full_validation.pdf.gz | 965.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7c3i_validation.xml.gz | 43.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7c3i_validation.cif.gz | 64.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/7c3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/7c3i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 60787.598 Da / 分子数: 2 / 変異: D212A, D315A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea rufa (菌類) / プラスミド: pCold IV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SoluBL21 参照: UniProt: A0A0J9X1X3, UniProt: A0A0G4DCU0*PLUS, L-lysine oxidase |
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-非ポリマー , 5種, 718分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1% (w/v) PEG 400, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 2.1 M Ammonium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月21日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→85.2 Å / Num. obs: 52760 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 18.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 4537 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3X0V 解像度: 2.3→74.91 Å / SU ML: 0.2126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.6013 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→74.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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