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- PDB-7c3e: Crystal structure of R97A/R150A/R203A mutant of AofleA from Arthr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c3e
タイトルCrystal structure of R97A/R150A/R203A mutant of AofleA from Arthrobotrys oligospora
要素AofleA
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / nematode-trapping fungi / Arthrobotrys oligospora / Fucose-specific Lectin
機能・相同性Fucose-specific lectin / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Arthrobotrys oligospora
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.183 Å
データ登録者Liu, M. / Cheng, X. / Wang, J. / Zhang, M. / Wang, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770066 中国
Other governmentKJ2019ZD02 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the fungi-nematodes interaction mediated by fucose-specific lectin AofleA from Arthrobotrys oligospora.
著者: Liu, M. / Cheng, X. / Wang, J. / Tian, D. / Tang, K. / Xu, T. / Zhang, M. / Wang, Y. / Wang, M.
履歴
登録2020年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年9月23日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AofleA
B: AofleA
C: AofleA
D: AofleA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,50743
ポリマ－156,8564
非ポリマー3,65139
水27,0231500
1
A: AofleA
B: AofleA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,39723
ポリマ－78,4282
非ポリマー1,97021
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area25460 Å2
手法PISA
2
C: AofleA
D: AofleA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,10920
ポリマ－78,4282
非ポリマー1,68218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area25810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.962, 102.484, 106.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...
21(chain B and (resid 2 through 16 or resid 18...
31(chain C and (resid 2 through 16 or resid 18...
41(chain D and (resid 2 through 16 or resid 18...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...A2 - 16
121(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...A18 - 77
131(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...A79 - 158
141(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...A2 - 346
151(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...A213 - 219
161(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...A221 - 223
171(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...A2
181(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...A2 - 346
191(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...A342 - 345
1101(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...A601 - 901
1111(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...A1101
211(chain B and (resid 2 through 16 or resid 18...B2 - 16
221(chain B and (resid 2 through 16 or resid 18...B18 - 77
231(chain B and (resid 2 through 16 or resid 18...B79 - 15
241(chain B and (resid 2 through 16 or resid 18...B2 - 345
251(chain B and (resid 2 through 16 or resid 18...B213 - 219
261(chain B and (resid 2 through 16 or resid 18...B221 - 223
271(chain B and (resid 2 through 16 or resid 18...B2
281(chain B and (resid 2 through 16 or resid 18...B2 - 345
291(chain B and (resid 2 through 16 or resid 18...B342 - 501
2101(chain B and (resid 2 through 16 or resid 18...B901
311(chain C and (resid 2 through 16 or resid 18...C2 - 16
321(chain C and (resid 2 through 16 or resid 18...C18 - 77
331(chain C and (resid 2 through 16 or resid 18...C79 - 158
341(chain C and (resid 2 through 16 or resid 18...C160 - 179
351(chain C and (resid 2 through 16 or resid 18...C181 - 211
361(chain C and (resid 2 through 16 or resid 18...C213 - 219
371(chain C and (resid 2 through 16 or resid 18...C221 - 223
381(chain C and (resid 2 through 16 or resid 18...C225 - 33
391(chain C and (resid 2 through 16 or resid 18...C601 - 901
3101(chain C and (resid 2 through 16 or resid 18...C1101
411(chain D and (resid 2 through 16 or resid 18...D2 - 16
421(chain D and (resid 2 through 16 or resid 18...D18 - 77
431(chain D and (resid 2 through 16 or resid 18...D79 - 158
441(chain D and (resid 2 through 16 or resid 18...D2 - 345
451(chain D and (resid 2 through 16 or resid 18...D213 - 219
461(chain D and (resid 2 through 16 or resid 18...D221 - 223
471(chain D and (resid 2 through 16 or resid 18...D2
481(chain D and (resid 2 through 16 or resid 18...D2 - 345
491(chain D and (resid 2 through 16 or resid 18...D342 - 501
4101(chain D and (resid 2 through 16 or resid 18...D901

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要素

#1: タンパク質
AofleA


分子量: 39213.895 Da / 分子数: 4 / 変異: R97A, R150A, R203A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobotrys oligospora (strain ATCC 24927 / CBS 115.81 / DSM 1491) (菌類)
株: ATCC 24927 / CBS 115.81 / DSM 1491 / 遺伝子: AOL_s00076g540 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: G1XA82
#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8 M Aammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, and 2% (v/v) PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.183→50 Å / Num. obs: 82334 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.148 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.282.70.584360.6120.3570.6180.99493.9
2.28-2.372.70.48284050.7230.3460.5970.95193.6
2.37-2.482.60.32382960.8140.2360.4020.95392.7
2.48-2.612.70.24682650.8850.1750.3030.98492.4
2.61-2.772.80.20683670.9230.1420.2521.02792.6
2.77-2.992.80.15682740.9550.1080.1911.06292.2
2.99-3.292.70.10481810.9780.0730.1281.10390.6
3.29-3.762.90.08481380.9860.0560.1011.13690.3
3.76-4.742.80.0680680.9920.0410.0731.04789.2
4.74-502.90.05479040.9940.0360.0650.93486.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C37

7c37


解像度: 2.183→36.837 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2172 4154 5.05 %
Rwork0.1666 78100 -
obs0.1691 82254 90.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.65 Å2 / Biso mean: 24.1295 Å2 / Biso min: 6.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.183→36.837 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10762 0 231 1500 12493
Biso mean--34.56 31.03 -
残基数----1378
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6168X-RAY DIFFRACTION9.034TORSIONAL
12B6168X-RAY DIFFRACTION9.034TORSIONAL
13C6168X-RAY DIFFRACTION9.034TORSIONAL
14D6168X-RAY DIFFRACTION9.034TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.183-2.20770.36541080.2956183264
2.2077-2.23360.33641530.2587265593
2.2336-2.26090.32881270.2698272894
2.2609-2.28950.30391300.2436266693
2.2895-2.31960.29191420.2344265294
2.3196-2.35140.26921180.2087273793
2.3514-2.3850.25681360.2005268793
2.385-2.42060.29581390.1999267193
2.4206-2.45840.25941640.1988263892
2.4584-2.49870.26041360.1808264792
2.4987-2.54170.25431400.1829265992
2.5417-2.58790.26111500.1807262592
2.5879-2.63770.24921290.1761267693
2.6377-2.69150.26371410.1754267893
2.6915-2.750.2251590.1701262392
2.75-2.8140.23131270.1659267192
2.814-2.88430.2171340.1683267292
2.8843-2.96230.24851310.1627264192
2.9623-3.04940.24051470.1669265391
3.0494-3.14780.1991460.1596259390
3.1478-3.26020.19251310.1578258590
3.2602-3.39070.19411670.1517257690
3.3907-3.54490.16511570.1438260191
3.5449-3.73160.18851550.1391256790
3.7316-3.96510.19641250.1395261990
3.9651-4.27090.16891340.1254259989
4.2709-4.69990.12731250.1166256488
4.6999-5.37820.17021170.1295255387
5.3782-6.76910.1881530.1606251987
6.7691-36.830.21041330.1781251385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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