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- PDB-7c39: Crystal structure of AofleA from Arthrobotrys oligospora in compl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7c39 | |||||||||
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Title | Crystal structure of AofleA from Arthrobotrys oligospora in complex with methylated L-fucose | |||||||||
![]() | AoflcA | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / nematode-trapping fungi / Arthrobotrys oligospora / Fucose-specific Lectin | |||||||||
Function / homology | Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / CITRIC ACID / methyl alpha-L-fucopyranoside / Uncharacterized protein![]() | |||||||||
Biological species | Arthrobotrys oligospora | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Liu, M. / Cheng, X. / Wang, J. / Zhang, M. / Wang, M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insights into the fungi-nematodes interaction mediated by fucose-specific lectin AofleA from Arthrobotrys oligospora. Authors: Liu, M. / Cheng, X. / Wang, J. / Tian, D. / Tang, K. / Xu, T. / Zhang, M. / Wang, Y. / Wang, M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 323.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 261.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7c37SC ![]() 7c38C ![]() 7c3cC ![]() 7c3dC ![]() 7c3eC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 39472.242 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 24927 / CBS 115.81 / DSM 1491 / Gene: AOL_s00076g540 / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Sugar | ChemComp-MFU / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.4 / Details: 0.1 M sodium citrate pH 4.4 and 30% (w/v) PEG 1000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 19, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 68886 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 11.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7C37 Resolution: 1.85→42.42 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.3 Å2 / Biso mean: 28.2816 Å2 / Biso min: 10.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→42.42 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -21.8763 Å / Origin y: 2.4662 Å / Origin z: -13.8042 Å
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Refinement TLS group |
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