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- PDB-7c31: Crystal structure of the grapevine defensin VvK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c31
タイトルCrystal structure of the grapevine defensin VvK1
要素Knot1 domain-containing protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / cysteine-rich / antimicrobial / antifungal / immunomodulatory / plant defensin
機能・相同性Defensin, plant / Gamma-thionins family signature. / Gamma-thionin family / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / defense response to fungus / killing of cells of another organism / Knot1 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Vitis vinifera (ブドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Chen, M.W. / Chang, S.C. / Chandy, K.G. / Luo, D.
引用ジャーナル: Acs Pharmacol Transl Sci / 年: 2020
タイトル: Modulation of Lymphocyte Potassium Channel KV1.3 by Membrane-Penetrating, Joint-Targeting Immunomodulatory Plant Defensin.
著者: Ong, S.T. / Bajaj, S. / Tanner, M.R. / Chang, S.C. / Krishnarjuna, B. / Ng, X.R. / Morales, R.A.V. / Chen, M.W. / Luo, D. / Patel, D. / Yasmin, S. / Ng, J.J.H. / Zhuang, Z. / Nguyen, H.M. / ...著者: Ong, S.T. / Bajaj, S. / Tanner, M.R. / Chang, S.C. / Krishnarjuna, B. / Ng, X.R. / Morales, R.A.V. / Chen, M.W. / Luo, D. / Patel, D. / Yasmin, S. / Ng, J.J.H. / Zhuang, Z. / Nguyen, H.M. / El Sahili, A. / Lescar, J. / Patil, R. / Charman, S.A. / Robins, E.G. / Goggi, J.L. / Tan, P.W. / Sadasivam, P. / Ramasamy, B. / Hartimath, S.V. / Dhawan, V. / Bednenko, J. / Colussi, P. / Wulff, H. / Pennington, M.W. / Kuyucak, S. / Norton, R.S. / Beeton, C. / Chandy, K.G.
履歴
登録2020年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Knot1 domain-containing protein
B: Knot1 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4762
ポリマ－10,4762
非ポリマー00
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.854, 27.854, 99.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Knot1 domain-containing protein


分子量: 5238.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vitis vinifera (ブドウ) / 参照: UniProt: F6HGI0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→27.85 Å / Num. obs: 18614 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 12.14 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 34.87
反射 シェル解像度: 1.3→1.346 Å / Rmerge(I) obs: 0.5795 / Mean I/σ(I) obs: 3.79 / Num. unique obs: 1855 / CC1/2: 0.763 / Rpim(I) all: 0.296 / Rrim(I) all: 0.6516

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UJ0

4uj0


解像度: 1.3→27.85 Å / SU ML: 0.137 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.8311
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1898 971 5.22 %
Rwork0.169 17632 -
obs0.1701 18603 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→27.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数716 0 0 87 803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132742
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6166984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.200599
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0245110
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.370.27541480.25762501X-RAY DIFFRACTION99.77
1.37-1.450.24111320.22822525X-RAY DIFFRACTION99.89
1.45-1.570.19841620.18512498X-RAY DIFFRACTION99.92
1.57-1.720.17591430.16422513X-RAY DIFFRACTION99.96
1.72-1.970.19541010.17642542X-RAY DIFFRACTION99.96
1.97-2.480.17661210.15952536X-RAY DIFFRACTION100
2.49-27.850.18021640.1522517X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.17713710271-0.6173862299013.437703180171.95780019064-0.7658190536623.825797306730.0977848716750.293104248481-0.1692998895990.03931179629960.159166386657-0.3647790804080.2466752103760.662733269132-0.1870980884240.1294888735070.0544894989758-0.03167707401830.17311946679-0.05945929093820.174338306936-27.615238743949.7698728912.42576091803
25.721864028042.06540641806-0.8597415497473.77673564601-3.945046446668.22307542458-0.06062932984780.246419319198-0.224805841038-0.2255978771660.1738282913920.353267356241-0.242428536461-0.465758775219-0.1323577771790.1118948007720.0178383205461-0.009011316883020.136290977305-0.009690824316830.17379817581-39.641352660656.7495590471-5.01907446397
34.4312257235-0.226306625557-1.819418953086.58306676603-1.832862104039.01543084597-0.161369743317-0.3613430971520.2103181812010.3130949754440.1454943251120.16513913367-0.2406406695570.07408920106260.04621807751230.1172444457760.0335812996374-0.001717082915750.117958255489-0.0297765477060.112327128858-37.165447023360.77910999962.54630793684
41.24614948066-0.1404655870020.9739185739143.42465634573-0.6714496846449.88471458835-0.073066753536-0.0551154545303-0.01747202834560.2000607295420.1809328663790.09439030173510.03838455086530.0918364290693-0.005971611987920.12122992340.02804288233720.00833704108550.112513937632-0.001361673037460.108086343723-32.978786498455.96489179372.2139132159
52.424066536580.6837236149030.2869845939962.25572118351-0.4855625068065.31397505634-0.05531613456550.0960299116979-0.118149307717-0.07642790622460.0959380296194-0.08297509369510.4953546486760.164970485519-0.04995008363310.1005142779640.03393686306080.01095244680730.0801407117904-0.02710975665520.0865860079156-31.167080219453.7262958821-3.09985006954
68.4671044288-0.909889801756-2.416204507753.552345335360.07191226989362.911519598080.008309978796770.4169928210160.26903155843-0.2088449245640.0267044923203-0.133664249461-0.0340448865137-0.188549286039-0.04657017109320.1432232702840.00717551833559-0.003326521474690.148473408779-0.01429490619390.143673463657-20.025590205542.7375541985-1.00447110748
74.156674096290.151954290551-2.440295084774.32567243030.4578429691876.45549647603-0.149757290817-0.105758609629-0.369174121833-0.09684604674490.05915381694620.03623639724750.1067953030420.03334013697030.09855926652040.06971437787440.0322148764970.01428936354470.1150421790890.008599089171980.119912972783-20.499837356936.97024322651.0064784133
85.270659248530.7280082101-1.303631101764.48704119198-1.625269801611.828361422020.06430900883110.2497980618010.230715748988-0.496522544498-0.04318031975750.167948394833-0.122372093989-0.116187451479-0.03646691322240.1637580667760.0441941154132-0.01502548739310.1322707550860.006698674632090.136664580647-22.388508826143.7172813609-3.30504043656
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 6 )AZ00A1 - 61 - 6
22chain 'A' and (resid 7 through 16 )AZ00A7 - 167 - 16
33chain 'A' and (resid 17 through 26 )AZ00A17 - 2617 - 28
44chain 'A' and (resid 27 through 35 )AZ00A27 - 3529 - 40
55chain 'A' and (resid 36 through 47 )AZ00A36 - 4741 - 52
66chain 'B' and (resid 1 through 16 )AZZ0B1 - 161 - 18
77chain 'B' and (resid 17 through 35 )AZZ0B17 - 3519 - 37
88chain 'B' and (resid 36 through 47 )AZZ0B36 - 4738 - 49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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