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- PDB-7c2c: Esterase AlinE4 mutant, D162A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c2c
タイトルEsterase AlinE4 mutant, D162A
要素SGNH-hydrolase family esterase
キーワードHYDROLASE / esterase / SGNH-hydrolase family / marine
機能・相同性SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / lysophospholipase activity / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / ACETATE ION / : / SGNH-hydrolase family esterase / SGNH-hydrolase family esterase
機能・相同性情報
生物種Altererythrobacter indicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Li, Z. / Li, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0500600 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: C-terminal swapped dimers revealed a new catalytic mechanism of SGNH-hydrolase family esterases
著者: Li, Z. / Li, J.
履歴
登録2020年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2020年5月20日ID: 6M45
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SGNH-hydrolase family esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3248
ポリマ－20,6641
非ポリマー6607
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.810, 79.810, 60.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-469-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SGNH-hydrolase family esterase


分子量: 20663.711 Da / 分子数: 1 / 変異: D162A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Altererythrobacter indicus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LYH5, UniProt: A0A4P1LYH6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1M Sodium acetate, 100mM HEPES, pH 7.5, 50mM Cadmium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.06881 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06881 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→48.42 Å / Num. obs: 29038 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 12.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 32.71
反射 シェル解像度: 1.55→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.262 / Num. unique obs: 4174

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3247精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 4jgg

4jgg


解像度: 1.55→48.42 Å / SU ML: 0.1264 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.7117
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1819 2000 6.89 %
Rwork0.164 --
obs0.1652 29038 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→48.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1436 0 18 188 1642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00671562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81282119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7825601
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.590.20211390.16271889X-RAY DIFFRACTION99.95
1.59-1.630.20921410.16521895X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.680.17281400.1611893X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.740.19041420.1661912X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.80.19291400.16431904X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.870.20341400.15891889X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.960.1721410.161906X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.060.19341420.16431931X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.190.18431430.15641920X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.360.15851420.15971929X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.590.19161440.17121932X-RAY DIFFRACTION99.95
2.59-2.970.19821440.17161964X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.740.17531470.16391971X-RAY DIFFRACTION99.91
3.74-48.420.16811550.16342103X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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