PDB-7c25: Glycosidase Wild Type at pH8.0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c25

タイトル

Glycosidase Wild Type at pH8.0

要素

Isomaltose glucohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

isomaltose glucohydrolase / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / polysaccharide catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Kribbella flavida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.505 Å

データ登録者

Tagami, T. / Kikuchi, A. / Okuyama, M. / Kimura, A.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Structural insights reveal the second base catalyst of isomaltose glucohydrolase.
著者: Tagami, T. / Chen, M. / Furunaga, Y. / Kikuchi, A. / Sadahiro, J. / Lang, W. / Okuyama, M. / Tanaka, Y. / Iwasaki, T. / Yao, M. / Kimura, A.

履歴

登録	2020年5月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c25.cif.gz	162.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c25.ent.gz	121.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c25.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c25_validation.pdf.gz	465.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c25_full_validation.pdf.gz	467 KB	表示
XML形式データ	7c25_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	7c25_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/7c25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/7c25	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z3aSC 5z3bC 5z3cC 5z3dC 5z3eC 5z3fC 7c24C 7c26C 7c27C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c24-d 5z3a-d 5z3c-d 5z3f-d 5z3e-d 5z3b-d 7c27-d 6fwo-d 6dvn-1 6f2b-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (4) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isomaltose glucohydrolase

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.462, 105.462, 89.952
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-568- HOH
2	1	A-688- HOH
3	1	A-760- HOH
4	1	A-777- HOH

#1: タンパク質	Isomaltose glucohydrolase 分子量: 44044.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kribbella flavida (strain DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399) (バクテリア) 株: DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399 / 遺伝子: Kfla_1896 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: D2PPM8, isomaltose glucohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₄N
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M Ammonium citrate (pH8.0), 8% PEG monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→47.21 Å / Num. obs: 74640 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 26.1 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.077 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 0.265
反射シェル	解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 24.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.028 / Num. unique obs: 12800 / CC_1/2: 0.855 / R_rim(I) all: 1.357 / R_sym value: 1.329 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Z3A

5z3a

解像度: 1.505→47.209 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / WR_factor R_free: 0.158 / WR_factor R_work: 0.127 / SU B: 2.069 / SU ML: 0.038 / Average fsc free: 0.9498 / Average fsc work: 0.9594 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1726	3721	4.985 %
R_work	0.1362	70919	-
all	0.138	-	-
obs	-	74640	92.577 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.889 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.171 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.171 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.341 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.505→47.209 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2864	0	38	415	3317

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	3061
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2722
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.947	1.621	4190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.744	1.578	6247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.695	5	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.035	20.118	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.564	15	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.778	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.556	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	3574
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	742
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	760
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.368	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.24	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.717	2.182	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.704	2.179	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.897	3.279	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.897	3.283	1922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.68	2.462	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.68	2.458	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.086	3.613	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.085	3.615	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.044	4617.151	3859
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.753	4760.934	3741
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.212	3	5782

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.505-1.544	0.248	293	0.216	5534	X-RAY DIFFRACTION	99.3182
1.544-1.586	0.222	286	0.175	5439	X-RAY DIFFRACTION	99.9825
1.586-1.632	0.208	281	0.155	5298	X-RAY DIFFRACTION	99.8747
1.632-1.683	0.184	268	0.14	5154	X-RAY DIFFRACTION	99.8343
1.683-1.738	0.184	264	0.133	4982	X-RAY DIFFRACTION	99.8667
1.738-1.799	0.194	254	0.126	4838	X-RAY DIFFRACTION	99.6673
1.799-1.867	0.207	238	0.148	4630	X-RAY DIFFRACTION	99.1648
1.867-1.943	0.307	85	0.203	1681	X-RAY DIFFRACTION	37.3757
1.943-2.029	0.197	191	0.149	3633	X-RAY DIFFRACTION	83.3479
2.029-2.128	0.17	216	0.127	4125	X-RAY DIFFRACTION	99.7014
2.128-2.243	0.208	178	0.146	3386	X-RAY DIFFRACTION	85.6937
2.243-2.379	0.155	123	0.127	2368	X-RAY DIFFRACTION	63.1112
2.379-2.543	0.156	182	0.113	3505	X-RAY DIFFRACTION	99.3801
2.543-2.747	0.147	174	0.109	3287	X-RAY DIFFRACTION	99.6832
2.747-3.009	0.164	161	0.122	3063	X-RAY DIFFRACTION	99.8452
3.009-3.363	0.172	144	0.134	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.5882
3.363-3.883	0.168	130	0.152	2459	X-RAY DIFFRACTION	99.7304
3.883-4.753	0.135	112	0.114	2113	X-RAY DIFFRACTION	99.7758
4.753-6.713	0.157	88	0.14	1673	X-RAY DIFFRACTION	99.9432
6.713-47.209	0.185	53	0.159	993	X-RAY DIFFRACTION	98.9593

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