PDB-7c1x: Unliganded structure of Pseudouridine kinase (PUKI) from Arabidop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c1x

タイトル

Unliganded structure of Pseudouridine kinase (PUKI) from Arabidopsis thaliana

要素

PfkB-like carbohydrate kinase family protein

キーワード

RNA / Pseudouridine / kinase / psedouridine kinase / PUKI

機能・相同性

機能・相同性情報

pseudouridine kinase / peroxisome / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.38942849211 Å

データ登録者

Kim, S.H. / Rhee, S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the substrate specificity and catalytic features of pseudouridine kinase from Arabidopsis thaliana.
著者: Kim, S.H. / Witte, C.P. / Rhee, S.

履歴

登録	2020年5月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c1x.cif.gz	318.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c1x.ent.gz	225.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c1x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/7c1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/7c1x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c1yC 7c1zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c1z-d 5byd-d 5c3y-3 2awd-d 1q45-d 6w0n-d 2hzb-1 5wbp-d 3ro4-d 5c3y-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PfkB-like carbohydrate kinase family protein

B: PfkB-like carbohydrate kinase family protein

ヘテロ分子

81.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.686, 48.352, 92.751
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 109.144, 90.0
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain 'A' and segid ' '	A	2 - 54
1	2	1	chain 'A' and segid ' '	A	56 - 75
1	3	1	chain 'A' and segid ' '	A	77 - 132
1	4	1	chain 'A' and segid ' '	A	134 - 188
1	5	1	chain 'A' and segid ' '	A	191 - 201
1	6	1	chain 'A' and segid ' '	A	210 - 214
1	7	1	chain 'A' and segid ' '	A	216 - 255
1	8	1	chain 'A' and segid ' '	A	267 - 280
1	9	1	chain 'A' and segid ' '	A	290 - 292
1	10	1	chain 'A' and segid ' '	A	295 - 368
1	11	1	chain 'A' and segid ' '	A	371
2	1	1	chain 'B' and segid 'B000'	B	2 - 54
2	2	1	chain 'B' and segid 'B000'	B	56 - 75
2	3	1	chain 'B' and segid 'B000'	B	77 - 132
2	4	1	chain 'B' and segid 'B000'	B	134 - 188
2	5	1	chain 'B' and segid 'B000'	B	191 - 201
2	6	1	chain 'B' and segid 'B000'	B	210 - 214
2	7	1	chain 'B' and segid 'B000'	B	216 - 255
2	8	1	chain 'B' and segid 'B000'	B	267 - 280
2	9	1	chain 'B' and segid 'B000'	B	290 - 292
2	10	1	chain 'B' and segid 'B000'	B	295 - 368
2	11	1	chain 'B' and segid 'B000'	B	371

#1: タンパク質	PfkB-like carbohydrate kinase family protein 分子量: 40829.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At1g49350, F13F21.22, F13F21_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q94AT3
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M tri sodium citrate, 22%PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 26768 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 48.3132469646 Å² / CC_1/2: 0.973 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 781 / CC_1/2: 0.728

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.38942849211→29.9316609607 Å / SU ML: 0.307412280363 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33784333506 / 位相誤差: 27.132790229

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24224659882	1999	7.48548960869 %
R_work	0.208256497175	24706	-
obs	0.210811925093	26705	98.1512790356 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.799507558 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38942849211→29.9316609607 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5196	0	2	27	5225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00345426844433	5279
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.893145375548	7172
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0298720644954	885
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00395203904899	905
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4062152167	1906

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3895-2.4492	0.369484514355	125	0.303453705664	1540	X-RAY DIFFRACTION	86.2694300518
2.4492-2.5153	0.298775508653	141	0.271323086447	1757	X-RAY DIFFRACTION	98.9056800417
2.5153-2.5893	0.327041358831	142	0.267697668236	1751	X-RAY DIFFRACTION	99.0062761506
2.5893-2.6728	0.302981067942	147	0.250104003807	1811	X-RAY DIFFRACTION	99.1392405063
2.6728-2.7683	0.249967114224	139	0.230168787552	1728	X-RAY DIFFRACTION	98.9925768823
2.7683-2.8791	0.263057753458	143	0.235171376887	1758	X-RAY DIFFRACTION	98.650752465
2.8791-3.01	0.281289151769	143	0.236659872543	1783	X-RAY DIFFRACTION	99.0231362468
3.01-3.1685	0.257878588713	142	0.21977098997	1754	X-RAY DIFFRACTION	99.4753410283
3.1685-3.3668	0.26336268467	147	0.227346607496	1815	X-RAY DIFFRACTION	99.8981670061
3.3668-3.6263	0.265338052909	144	0.220131015344	1785	X-RAY DIFFRACTION	99.6384297521
3.6263-3.9905	0.250654507619	142	0.203520190302	1743	X-RAY DIFFRACTION	97.4160206718
3.9905-4.5662	0.188596899551	146	0.173018375064	1799	X-RAY DIFFRACTION	99.5903737839
4.5662-5.7462	0.23651356111	148	0.1898525297	1825	X-RAY DIFFRACTION	99.4957135653
5.7462-29.93	0.205370500862	150	0.187322679078	1857	X-RAY DIFFRACTION	98.6240786241

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 65.4668434821 Å / Origin y: -15.9664275192 Å / Origin z: 102.071113972 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.275556344829 Å²	0.0519591258227 Å²	-0.0664428096163 Å²	-	0.355595249718 Å²	0.0327321668863 Å²	-	-	0.515135422111 Å²
L	0.443628134269 °²	0.00500897674435 °²	-0.450111427511 °²	-	0.294700096919 °²	0.270329745645 °²	-	-	1.56068515306 °²
S	-0.0814425180387 Å °	-0.0430506148779 Å °	0.00493050278494 Å °	0.0580864177129 Å °	0.0278449004998 Å °	0.000677346490131 Å °	-0.0389034402983 Å °	-0.0527351045594 Å °	0.0344965040516 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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