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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c11 | ||||||
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タイトル | Formate--tetrahydrofolate ligase from Methylobacterium extorquens CM4 strain | ||||||
要素 | Formate-tetrahydrofolate ligase | ||||||
キーワード | LIGASE / Formate assimilation / Methylobacterium extorquens CM4 / formate-tetrahydrofolate ligase / metal usage | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / tetrahydrofolate interconversion / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methylorubrum extorquens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.815 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, K.-J. / Kim, S. / Seo, H. / Lee, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020 タイトル: Biochemical properties and crystal structure of formate-tetrahydrofolate ligase from Methylobacterium extorquens CM4. 著者: Kim, S. / Lee, S.H. / Seo, H. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7c11.cif.gz | 802 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7c11.ent.gz | 666.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7c11.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7c11_validation.pdf.gz | 549.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7c11_full_validation.pdf.gz | 616.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7c11_validation.xml.gz | 150.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7c11_validation.cif.gz | 208.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/7c11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/7c11 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5a4jS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60840.766 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (strain CM4 / NCIMB 13688) (バクテリア) 株: CM4 / NCIMB 13688 / 遺伝子: fhs, Mchl_0447 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: B7L0A5, formate-tetrahydrofolate ligase #2: 化合物 | ChemComp-TLA / | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | ChemComp-FLC / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: liquid diffusion 詳細: 20% PEG 3350, 2% tacsimate pH 6.0, 0.1M bis-tris pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月28日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 102924 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.143 / Χ2: 2.454 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 287673 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5A4J 解像度: 2.815→36.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 18.747 / SU ML: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.468 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 125.64 Å2 / Biso mean: 39.596 Å2 / Biso min: 7.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.815→36.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.815→2.888 Å / Rfactor Rfree error: 0
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