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- PDB-7c0q: a Legionella pneumophila effector Lpg2505 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c0q
タイトルa Legionella pneumophila effector Lpg2505
要素effector Lpg2505
キーワードTOXIN / effector
機能・相同性Protein of unknown function DUF5630 / Family of unknown function (DUF5630) / Ankyrin repeat protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chen, T.T. / Han, A.D. / Luo, Z.Q. / McCloskey, A. / Perri, K.
資金援助 米国, 中国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01AI127465 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770803 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81861138047 中国
引用ジャーナル: Microbes Infect. / 年: 2021
タイトル: The metaeffector MesI regulates the activity of the Legionella effector SidI through direct protein-protein interactions.
著者: McCloskey, A. / Perri, K. / Chen, T. / Han, A. / Luo, Z.Q.
履歴
登録2020年5月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: effector Lpg2505
B: effector Lpg2505
C: effector Lpg2505
D: effector Lpg2505
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,4708
ポリマ－145,1014
非ポリマー3684
水3,585199
1
A: effector Lpg2505
C: effector Lpg2505
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7354
ポリマ－72,5512
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area25840 Å2
手法PISA
2
B: effector Lpg2505
D: effector Lpg2505
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7354
ポリマ－72,5512
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.542, 50.448, 122.029
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))
21(chain B and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))
31(chain C and (resid -3 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))
41(chain D and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISSERSER(chain A and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))AA-3 - 5620 - 79
12GLUGLULYSLYS(chain A and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))AA58 - 7481 - 97
13HISHISPHEPHE(chain A and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))AA76 - 27499 - 297
14GOLGOLGOLGOL(chain A and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))AE301
21HISHISSERSER(chain B and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))BB-3 - 5620 - 79
22GLUGLULYSLYS(chain B and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))BB58 - 7481 - 97
23HISHISPHEPHE(chain B and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))BB76 - 27499 - 297
24GOLGOLGOLGOL(chain B and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))BF301
31HISHISLYSLYS(chain C and (resid -3 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))CC-3 - 7420 - 97
32HISHISPHEPHE(chain C and (resid -3 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))CC76 - 27499 - 297
33GOLGOLGOLGOL(chain C and (resid -3 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))CG301
41HISHISSERSER(chain D and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))DD-3 - 5620 - 79
42GLUGLULYSLYS(chain D and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))DD58 - 7481 - 97
43HISHISPHEPHE(chain D and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))DD76 - 27499 - 297
44GOLGOLGOLGOL(chain D and (resid -3 through 56 or resid 58 through 74 or resid 76 through 274 or resid 301))DH301

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要素

#1: タンパク質
effector Lpg2505


分子量: 36275.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: lpg2505 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZSL2
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 233 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→92.236 Å / Num. obs: 35768 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 14.227
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 7.2 % / Num. unique obs: 37795 / CC1/2: 0.721 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→92.236 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2755 1822 5.09 %
Rwork0.2285 33945 -
obs0.2309 35767 93.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.65 Å2 / Biso mean: 38.5923 Å2 / Biso min: 6.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→92.236 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8857 0 56 199 9112
Biso mean--39.18 27.45 -
残基数----1099
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3316X-RAY DIFFRACTION16.009TORSIONAL
12B3316X-RAY DIFFRACTION16.009TORSIONAL
13C3316X-RAY DIFFRACTION16.009TORSIONAL
14D3316X-RAY DIFFRACTION16.009TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.67030.33921050.2742197392
2.6703-2.74890.32931290.2639243594
2.7489-2.83760.27321460.2582265596
2.8376-2.93910.3231450.261269297
2.9391-3.05670.2981360.267267296
3.0567-3.19590.32831440.2601270397
3.1959-3.36440.32781500.2434274698
3.3644-3.57520.28991490.2389271798
3.5752-3.85120.2521280.2062237185
3.8512-4.23880.25451390.2023257892
4.2388-4.85210.2121500.1853278599
4.8521-6.1130.27721510.2261281499
6.113-92.2310.2421500.209280495
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.3111 Å / Origin y: 28.2205 Å / Origin z: 28.4471 Å
111213212223313233
T0.0481 Å20.0009 Å20.0019 Å2-0.0161 Å20.0047 Å2--0.0544 Å2
L0.0989 °20.0169 °20.0833 °2-0.0195 °2-0.0276 °2--0.2412 °2
S-0.0312 Å °0.0193 Å °-0.023 Å °0.0053 Å °0.0089 Å °0.012 Å °-0.0246 Å °0.0325 Å °-0.0157 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-3 - 275
2X-RAY DIFFRACTION1allA301
3X-RAY DIFFRACTION1allB-3 - 275
4X-RAY DIFFRACTION1allB301
5X-RAY DIFFRACTION1allC-3 - 275
6X-RAY DIFFRACTION1allC301
7X-RAY DIFFRACTION1allD-3 - 274
8X-RAY DIFFRACTION1allD301
9X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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