PDB-7c0i: Crystal structure of chimeric mutant of E3L in complex with Z-DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c0i

タイトル

Crystal structure of chimeric mutant of E3L in complex with Z-DNA

要素

DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
Double-stranded RNA-binding protein,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / E3L / Protein-DNA complex / protein engineering / Z-DNA binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

somatic diversification of immune receptors via somatic mutation / negative regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / supraspliceosomal complex / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / base conversion or substitution editing ...somatic diversification of immune receptors via somatic mutation / negative regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / supraspliceosomal complex / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / base conversion or substitution editing / hematopoietic stem cell homeostasis / response to interferon-alpha / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / suppression by virus of host type I interferon production / adenosine to inosine editing / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / RISC complex assembly / evasion of host immune response / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / pre-miRNA processing / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / definitive hemopoiesis / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of viral genome replication / RNA processing / hematopoietic progenitor cell differentiation / protein sequestering activity / protein export from nucleus / erythrocyte differentiation / response to virus / PKR-mediated signaling / mRNA processing / cellular response to virus / osteoblast differentiation / protein import into nucleus / Interferon alpha/beta signaling / double-stranded RNA binding / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / defense response to virus / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Choi, H.J. / Park, C.H. / Kim, J.S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Dual conformational recognition by Z-DNA binding protein is important for the B-Z transition process.
著者: Park, C. / Zheng, X. / Park, C.Y. / Kim, J. / Lee, S.K. / Won, H. / Choi, J. / Kim, Y.G. / Choi, H.J.

履歴

登録	2020年5月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2022年11月2日	Group: Database references / Polymer sequence / Structure summary カテゴリ: database_2 / entity / entity_poly Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_poly.type
改定 2.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c0i.cif.gz	117.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c0i.ent.gz	88.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c0i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7c0i_validation.pdf.gz	470.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c0i_full_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示
XML形式データ	7c0i_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	7c0i_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7c0jC 1qbjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6guu-1 1nz0-11 5eu8-d 5rfa-d 7nbr-d 4f49-1 6fv1-3 2bmz-d 4fuv-d 6q3m-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Double-stranded RNA-binding protein,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

B: Double-stranded RNA-binding protein,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

C: Double-stranded RNA-binding protein,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

D: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

E: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

33.9 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Double-stranded RNA-binding protein,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

B: Double-stranded RNA-binding protein,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

D: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

E: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
22.6 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Double-stranded RNA-binding protein,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

F: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

C: Double-stranded RNA-binding protein,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

F: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
22.5 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.759, 72.759, 123.876
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

#1: タンパク質	Double-stranded RNA-binding protein,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase 分子量: 9147.314 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: E3L, ADAR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q86638, UniProt: P55265, UniProt: P21605*PLUS
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(TPCPGPCPGPCPG)-3') 分子量: 2114.398 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: Sodium citrate pH 4.0, Ammonium sulfate, ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 14894 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.055 / Χ²: 0.949 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 66340

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	4.4	0.469	729	0.862	0.247	0.531	0.451	98.1
2.44-2.49	4.7	0.383	744	0.909	0.194	0.43	0.434	99.1
2.49-2.53	4.6	0.342	714	0.934	0.176	0.385	0.459	99.3
2.53-2.59	4.6	0.277	740	0.954	0.144	0.314	0.46	99.3
2.59-2.64	4.5	0.239	731	0.963	0.125	0.27	0.487	99.2
2.64-2.7	4.5	0.197	742	0.971	0.103	0.223	0.507	99.5
2.7-2.77	4.3	0.146	732	0.981	0.079	0.166	0.558	99.5
2.77-2.85	4.2	0.113	735	0.986	0.062	0.13	0.619	99.3
2.85-2.93	4.6	0.096	754	0.989	0.05	0.108	0.668	99.6
2.93-3.02	4.6	0.087	735	0.991	0.045	0.099	0.751	99.3
3.02-3.13	4.6	0.073	731	0.993	0.038	0.083	0.873	99.6
3.13-3.26	4.5	0.067	743	0.993	0.035	0.076	0.992	99.6
3.26-3.41	4.3	0.065	748	0.992	0.035	0.074	1.241	99.6
3.41-3.58	4.3	0.057	741	0.994	0.031	0.065	1.442	99.6
3.58-3.81	4.7	0.056	754	0.995	0.028	0.063	1.534	99.7
3.81-4.1	4.5	0.051	753	0.995	0.027	0.058	1.521	99.7
4.1-4.52	4.3	0.045	750	0.997	0.024	0.052	1.522	99.6
4.52-5.17	4.5	0.045	758	0.997	0.024	0.051	1.487	99.6
5.17-6.51	4.4	0.044	764	0.997	0.023	0.05	1.367	99.9
6.51-50	4.1	0.037	796	0.997	0.021	0.043	1.638	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16-3549	精密化
HKL-2000	720	データ削減
HKL-2000	720	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QBJ

1qbj

解像度: 2.4→34.905 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2273	759	5.1 %
R_work	0.2016	14118	-
obs	0.2028	14877	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 194.24 Å² / B_iso mean: 92.0576 Å² / B_iso min: 46.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→34.905 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1527	389	5	31	1952
B_iso mean	-	-	157.07	67.65	-
残基数	-	-	-	-	212

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.4002-2.5854	0.381	190	0.2975	2736	99
2.5854-2.8455	0.2937	126	0.2774	2816	99
2.8455-3.257	0.2745	150	0.248	2809	100
3.257-4.1024	0.2245	149	0.2021	2845	100
4.1024-34.905	0.1913	144	0.174	2912	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1377	0.7983	3.7562	0.48	-0.7116	5.3211	1.234	0.9258	-2.5329	-2.1018	-0.9202	0.8359	2.3995	-0.5737	-2.0434	1.2897	0.1429	-0.4846	1.3618	-0.7583	1.5796	-23.98	-24.621	-31.97
2	5.1741	-3.4886	2.2944	2.7381	-1.089	3.4542	0.9191	0.3355	-2.9413	-0.7969	0.2707	0.5722	-0.0095	-1.9067	-0.821	0.7714	-0.1868	-0.2384	1.3671	-0.2172	1.5014	-30.772	-20.953	-25.582
3	9.028	-3.5402	-6.3021	8.8791	2.3117	4.4365	-0.3757	1.2936	-0.6094	-0.1653	-0.3085	0.4524	0.8002	-0.1906	0.4965	0.4523	0.0375	-0.0603	0.9525	-0.2106	0.6846	-19.657	-15.156	-26.551
4	2.8889	0.7424	-2.9759	4.5281	2.0061	4.8347	1.6069	3.0507	-1.3874	-2.6389	-1.5537	0.8329	1.2549	1.052	0.0875	1.2622	0.405	-0.2776	2.0611	-0.6555	0.9928	-14.599	-19.879	-35.151
5	6.5908	1.5059	-3.4424	7.3003	-0.5405	4.0666	0.1568	0.2945	0.1546	0.2589	-0.5903	0.0111	-0.3578	-0.2972	0.4271	0.6819	0.0233	-0.1357	0.6912	-0.1216	0.5376	-23.417	7.117	4.772
6	4.4016	-4.3734	-2.1041	4.5377	2.7793	2.944	-0.2429	0.798	0.5126	0.1792	-0.4813	0.0352	-1.1137	-1.5957	0.6738	0.9036	0.2286	-0.1523	0.9954	-0.1933	0.7796	-29.514	7.33	-13.255
7	5.1282	-5.1095	-5.694	5.0459	5.6649	6.3351	0.8017	-0.0137	1.2696	-0.825	0.7084	-0.8837	-1.8592	-0.2332	-1.2993	1.1341	-0.119	-0.0682	0.8187	0.1308	0.8202	-22.062	13.288	-17.454
8	3.5755	5.4074	-1.4566	8.1868	-2.5715	6.4276	0.4913	0.2313	1.0792	1.1707	-0.1409	0.2229	-1.4566	-1.7884	-0.368	0.9674	0.2734	-0.1473	1.0239	-0.189	0.7285	-31.196	7.201	-3.165
9	8.511	-2.4044	2.1457	2.6838	1.7446	3.1542	-0.4251	0.2248	0.8535	0.1392	0.2796	-0.5645	-0.6648	0.8705	0.371	0.7955	-0.2251	-0.0876	0.7761	-0.088	0.8564	-18.195	9.507	-5.851
10	3.4737	-2.989	-2.5152	4.2682	-0.615	6.3385	0.235	0.2702	-0.0749	0.2286	-0.0556	0.5049	0.2181	-0.6311	-0.1818	0.5908	-0.1277	-0.0173	0.5763	-0.1349	0.555	-18.027	8.802	13.115
11	2.6267	-1.6362	-4.4771	5.9592	1.638	9.5562	-0.2774	1.1786	-0.0218	-0.6101	-0.1609	0.2255	-0.8179	-0.3237	0.2674	0.4243	-0.0306	-0.0441	0.9004	-0.1568	0.5332	-23.707	-6.087	-23.926
12	5.5435	-3.7738	-4.1935	8.1875	-2.1481	8.3939	-0.6479	1.093	-0.4125	-0.5566	0.619	0.7734	-0.1811	-0.434	0.0438	0.5122	-0.084	-0.0953	0.9702	-0.1311	0.547	-24.966	-0.888	-20.234
13	6.9942	5.5157	5.5169	9.3868	4.5266	4.2619	0.1158	-0.8807	-0.6045	0.592	-0.0151	-1.0285	-0.0623	0.0801	-0.2419	0.6862	-0.0879	-0.0451	0.6043	-0.128	0.7071	-8.609	3.983	18.49

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 9:28 )	A	9 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 29:39 )	A	29 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 1169:1182 )	A	1169 - 1182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 1183:1184 OR 56:70 )	A	1183 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 3:39 )	B	3 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 1169:1184 OR 56:58 )	B	1169 - 58
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 59:69 )	B	59 - 69
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 6:19 )	C	6 - 19
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 20:39 )	C	20 - 39
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 1169:1184 OR 56:70 )	C	1169 - 70
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN D AND RESID 1:6 )	D	1 - 6
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN E AND RESID 1:6 )	E	1 - 6
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN F AND RESID 0:6 )	F	0 - 6

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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