PDB-7c0c: Crystal structure of Azospirillum brasilense L-2-keto-3-deoxyarab...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c0c

タイトル

Crystal structure of Azospirillum brasilense L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase (apo form)

要素

L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

キーワード

LYASE / L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase / 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase activity / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Azospirillum brasilense (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Watanabe, Y. / Nobuchi, R. / Watanabe, S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of l-2-Keto-3-deoxyarabinonate Dehydratase: A Unique Catalytic Mechanism in the Class I Aldolase Protein Superfamily.
著者: Watanabe, S. / Watanabe, Y. / Nobuchi, R. / Ono, A.

履歴

登録	2020年5月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c0c.cif.gz	709.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c0c.ent.gz	585.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c0c_validation.pdf.gz	543.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c0c_full_validation.pdf.gz	605.1 KB	表示
XML形式データ	7c0c_validation.xml.gz	139.7 KB	表示
CIF形式データ	7c0c_validation.cif.gz	197.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c0dC 7c0eC 3fkkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c0e-2 3fkk-2 7c0d-2 7c0e-1 7c0e-3 7c0d-3 7c0d-1 5xyo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

B: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

C: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

D: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

E: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

F: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

G: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

H: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

I: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

J: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

K: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

L: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

421 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

B: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

C: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

D: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

F: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

G: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

H: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 4 ポリマー
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3

I: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

J: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

K: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

L: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.394, 81.812, 144.419
Angle α, β, γ (deg.)	85.470, 87.860, 75.620
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase / L-KDA dehydratase / 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase / L-2-keto-3-deoxyarabinonate dehydratase 分子量: 35069.836 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azospirillum brasilense (バクテリア) 遺伝子: araD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q1JUQ0, 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase / L-KDA dehydratase / 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase / L-2-keto-3-deoxyarabinonate dehydratase

分子量: 35069.836 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Azospirillum brasilense (バクテリア)
遺伝子: araD / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q1JUQ0, 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, 22% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 253500 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / R_merge(I) obs: 0.138 / R_pim(I) all: 0.086 / R_rim(I) all: 0.163 / Χ²: 2.53 / Net I/σ(I): 6.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	3.8	0.829	12524	0.629	0.495	0.966	1.277	96.1
1.93-1.97	3.8	0.706	12600	0.69	0.421	0.823	1.335	96.4
1.97-2.01	3.8	0.598	12507	0.761	0.355	0.696	1.368	96.2
2.01-2.05	3.8	0.517	12634	0.795	0.307	0.602	1.424	96.5
2.05-2.09	3.8	0.45	12560	0.833	0.267	0.523	1.513	96.5
2.09-2.14	3.8	0.405	12575	0.859	0.24	0.471	1.591	96.7
2.14-2.19	3.8	0.347	12583	0.893	0.206	0.403	1.691	96.9
2.19-2.25	3.8	0.325	12656	0.901	0.193	0.378	1.752	97.1
2.25-2.32	3.8	0.286	12631	0.918	0.17	0.333	1.926	97.1
2.32-2.39	3.8	0.261	12713	0.931	0.155	0.304	2.05	97.4
2.39-2.48	3.8	0.235	12749	0.942	0.14	0.273	2.234	97.8
2.48-2.58	3.8	0.212	12785	0.946	0.127	0.248	2.532	97.8
2.58-2.7	3.8	0.198	12718	0.953	0.119	0.232	2.701	98.1
2.7-2.84	3.8	0.178	12812	0.961	0.107	0.208	3.081	98.1
2.84-3.02	3.7	0.16	12804	0.965	0.097	0.187	3.455	98.3
3.02-3.25	3.6	0.136	12790	0.975	0.084	0.16	3.948	98.2
3.25-3.58	3.5	0.113	12829	0.982	0.072	0.135	4.438	98.2
3.58-4.09	3.3	0.09	12712	0.986	0.059	0.108	4.773	97.6
4.09-5.16	3.1	0.073	12688	0.989	0.05	0.089	4.714	97.5
5.16-50	3.3	0.062	12630	0.993	0.041	0.075	4.302	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FKK

3fkk

解像度: 1.9→40.44 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2974	12868	5.08 %
R_work	0.2524	-	-
obs	0.2547	253464	96.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.6 Å² / B_iso mean: 31.624 Å² / B_iso min: 9.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→40.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28006	0	0	1764	29770
B_iso mean	-	-	-	29.63	-
残基数	-	-	-	-	3640

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	28647
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.609	38975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	4348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	5171
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.656	17270

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9-1.9191	0.3945	272	0.3404	5213	63
1.9191-1.9417	0.4003	460	0.3339	8017	96
1.9417-1.9653	0.3725	417	0.3222	8042	96
1.9653-1.9902	0.3922	399	0.3165	8071	96
1.9902-2.0164	0.3407	434	0.3085	8023	96
2.0164-2.044	0.3576	457	0.3055	8058	96
2.044-2.0732	0.3533	439	0.3061	7940	97
2.0732-2.1042	0.3736	457	0.3004	8115	96
2.1042-2.137	0.361	448	0.2889	8021	97
2.137-2.1721	0.3295	470	0.2867	8008	97
2.1721-2.2095	0.3141	415	0.2783	8189	97
2.2095-2.2497	0.3394	433	0.2796	8063	97
2.2497-2.293	0.3124	404	0.2787	8147	97
2.293-2.3398	0.3208	413	0.2687	8112	97
2.3398-2.3906	0.3349	417	0.2832	8158	98
2.3906-2.4462	0.3359	422	0.2765	8117	98
2.4462-2.5074	0.3241	403	0.2685	8215	98
2.5074-2.5752	0.3234	389	0.2676	8163	98
2.5752-2.651	0.335	454	0.2759	8185	98
2.651-2.7365	0.304	418	0.2677	8195	98
2.7365-2.8343	0.3288	453	0.2711	8203	98
2.8343-2.9477	0.3127	471	0.268	8160	98
2.9477-3.0818	0.3203	439	0.2664	8155	98
3.0818-3.2443	0.2978	442	0.2544	8220	98
3.2443-3.4474	0.2898	469	0.2483	8189	98
3.4474-3.7134	0.2752	434	0.2357	8179	98
3.7134-4.0868	0.2702	445	0.2275	8110	98
4.0868-4.6774	0.2357	404	0.211	8137	97
4.6774-5.8901	0.2425	442	0.212	8127	97
5.8901-40.44	0.236	448	0.193	8064	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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