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- PDB-7c08: Crystal structure of S34Y mutant of yeast U2AF1 complex bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c08
タイトルCrystal structure of S34Y mutant of yeast U2AF1 complex bound to 3' splice site RNA, 5'-UAGGU.
要素
  • RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
  • Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
  • Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
キーワードSPLICING/RNA / pre-mRNA / splicing / intron / 3' splice site / zinc-finger / SPLICING-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA branch site recognition / U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 3'-splice site recognition ...mRNA branch site recognition / U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / mRNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
U2 auxiliary factor small subunit / U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...U2 auxiliary factor small subunit / U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Splicing factor U2AF 59 kDa subunit / Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Yoshida, H. / Park, S.Y. / Urano, T. / Obayashi, E.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06086 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Elucidation of the aberrant 3' splice site selection by cancer-associated mutations on the U2AF1.
著者: Yoshida, H. / Park, S.Y. / Sakashita, G. / Nariai, Y. / Kuwasako, K. / Muto, Y. / Urano, T. / Obayashi, E.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
B: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
C: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
D: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
E: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
F: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
G: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
H: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
I: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
J: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
K: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
L: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
M: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
N: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
O: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
P: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
Q: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
R: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
S: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
T: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
U: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
V: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
W: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
X: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
Y: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
Z: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
1: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,95745
ポリマ－313,77927
非ポリマー1,17718
水00
1
A: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
B: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
C: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9955
ポリマ－34,8643
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
2
D: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
E: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
F: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9955
ポリマ－34,8643
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14630 Å2
手法PISA
3
G: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
H: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
I: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9955
ポリマ－34,8643
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area15720 Å2
手法PISA
4
J: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
K: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
L: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9955
ポリマ－34,8643
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area15790 Å2
手法PISA
5
M: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
N: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
O: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9955
ポリマ－34,8643
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area14490 Å2
手法PISA
6
P: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
Q: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
R: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9955
ポリマ－34,8643
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area15650 Å2
手法PISA
7
S: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
T: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
U: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9955
ポリマ－34,8643
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
8
V: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
W: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
X: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9955
ポリマ－34,8643
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area14640 Å2
手法PISA
9
Y: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
Z: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
1: RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9955
ポリマ－34,8643
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area14170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.506, 259.000, 94.822
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.681, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
12
22
32
42
52
62
72
82
92
13
23
33
43
53
63
73
83
93

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111UUUUchain '1'1AA1 - 52 - 6
221UUUUchain 'C'CC1 - 52 - 6
331UUUUchain 'F'FF1 - 52 - 6
441UUUUchain 'I'II1 - 52 - 6
551UUUUchain 'L'LL1 - 52 - 6
661UUUUchain 'O'OO1 - 52 - 6
771UUUUchain 'R'RR1 - 52 - 6
881UUUUchain 'U'UU1 - 52 - 6
991UUUUchain 'X'XX1 - 52 - 6
1102VALVALILEILE(chain 'A' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))AA16 - 5616 - 56
1112GLYGLYGLYGLY(chain 'A' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))AA61 - 10061 - 100
1122LEULEUALAALA(chain 'A' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))AA103 - 191103 - 191
2132VALVALILEILE(chain 'D' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))DD16 - 5616 - 56
2142GLYGLYGLYGLY(chain 'D' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))DD61 - 10061 - 100
2152LEULEUALAALA(chain 'D' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))DD103 - 191103 - 191
3162VALVALILEILE(chain 'G' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))GG16 - 5616 - 56
3172GLYGLYGLYGLY(chain 'G' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))GG61 - 10061 - 100
3182LEULEUALAALA(chain 'G' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))GG103 - 191103 - 191
4192VALVALILEILE(chain 'J' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))JJ16 - 5616 - 56
4202GLYGLYGLYGLY(chain 'J' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))JJ61 - 10061 - 100
4212LEULEUALAALA(chain 'J' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))JJ103 - 191103 - 191
5222VALVALILEILE(chain 'M' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))MM16 - 5616 - 56
5232GLYGLYGLYGLY(chain 'M' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))MM61 - 10061 - 100
5242LEULEUALAALA(chain 'M' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))MM103 - 191103 - 191
6252VALVALILEILE(chain 'P' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))PP16 - 5616 - 56
6262GLYGLYGLYGLY(chain 'P' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))PP61 - 10061 - 100
6272LEULEUALAALA(chain 'P' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))PP103 - 191103 - 191
7282VALVALILEILE(chain 'S' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))SS16 - 5616 - 56
7292GLYGLYGLYGLY(chain 'S' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))SS61 - 10061 - 100
7302LEULEUALAALA(chain 'S' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))SS103 - 191103 - 191
8312VALVALILEILE(chain 'V' and (resid 16 through 101 or resid 103 through 192))VV16 - 5616 - 56
8322GLYGLYGLYGLY(chain 'V' and (resid 16 through 101 or resid 103 through 192))VV61 - 10061 - 100
8332LEULEUALAALA(chain 'V' and (resid 16 through 101 or resid 103 through 192))VV103 - 191103 - 191
9342VALVALILEILE(chain 'Y' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))YY16 - 5616 - 56
9352GLYGLYGLYGLY(chain 'Y' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))YY61 - 10061 - 100
9362LEULEUALAALA(chain 'Y' and (resid 16 through 57 or resid 61 through 101 or resid 103 through 192))YY103 - 191103 - 191
1373GLUGLUPROPRO(chain 'B' and resid 113 through 160)BB113 - 15921 - 67
2383GLUGLUPROPRO(chain 'E' and resid 113 through 160)EE113 - 15921 - 67
3393GLUGLUPROPRO(chain 'H' and resid 113 through 160)HH113 - 15921 - 67
4403GLUGLUPROPRO(chain 'K' and resid 113 through 160)KK113 - 15921 - 67
5413GLUGLUPROPRO(chain 'N' and resid 113 through 160)NN113 - 15921 - 67
6423GLUGLUPROPRO(chain 'Q' and resid 113 through 160)QQ113 - 15921 - 67
7433GLUGLUPROPRO(chain 'T' and resid 113 through 160)TT113 - 15921 - 67
8443GLUGLUPROPRO(chain 'W' and resid 113 through 160)WW113 - 15921 - 67
9453GLUGLUPROPROchain 'Z'ZZ113 - 15921 - 67

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Splicing factor U2AF 23 kDa subunit / U2 auxiliary factor 23 kDa subunit / U2AF23 / U2 snRNP auxiliary factor small subunit


分子量: 25142.344 Da / 分子数: 9 / 変異: S34Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
遺伝子: SPAP8A3.06 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09176
#2: タンパク質
Splicing factor U2AF 59 kDa subunit / U2 auxiliary factor 59 kDa subunit / U2AF59 / U2 snRNP auxiliary factor large subunit


分子量: 7828.880 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
遺伝子: prp2, mis11, SPBC146.07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36629
#3: RNA鎖
RNA (5'-R(*U*UP*AP*GP*GP*U)-3')


分子量: 1893.157 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M NaCitrate, 10% PEG 35000 / PH範囲: 5.5 - 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→48.4 Å / Num. obs: 64167 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 65.38 Å2 / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.35→3.43 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.158 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4510 / CC1/2: 0.742 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YH8

4yh8


解像度: 3.35→46.59 Å / SU ML: 0.4894 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.6957
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 3248 5.07 %
Rwork0.2143 --
obs0.2162 64058 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 72.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→46.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17476 945 18 0 18439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001818963
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.500125808
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03882690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.91542886
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.35-3.40.39751490.31332633X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.450.35371410.3032656X-RAY DIFFRACTION99.79
3.45-3.510.33761250.2942641X-RAY DIFFRACTION99.86
3.51-3.570.33771490.28212586X-RAY DIFFRACTION99.89
3.57-3.640.3341360.27232707X-RAY DIFFRACTION99.93
3.64-3.710.29151500.26012569X-RAY DIFFRACTION99.96
3.71-3.780.28931650.24972689X-RAY DIFFRACTION99.93
3.78-3.860.29471310.24732597X-RAY DIFFRACTION99.89
3.86-3.950.32831440.24852669X-RAY DIFFRACTION99.89
3.95-4.050.27521500.23852624X-RAY DIFFRACTION100
4.05-4.160.28661660.2272621X-RAY DIFFRACTION99.82
4.16-4.280.21631590.20992619X-RAY DIFFRACTION100
4.28-4.420.2481300.19832613X-RAY DIFFRACTION100
4.42-4.580.24351560.18592643X-RAY DIFFRACTION99.93
4.58-4.760.23311190.19472674X-RAY DIFFRACTION100
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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