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- PDB-7bzv: Crystal structure of 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bzv
タイトルCrystal structure of 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase from Pseudomonas species AP-3
要素2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / meta-cleavage pathway for 2-aminophenol catabolism. 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


aminomuconate-semialdehyde dehydrogenase / aminomuconate-semialdehyde dehydrogenase activity / :
類似検索 - 分子機能
2-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.988 Å
データ登録者Shi, Q.L. / Chen, Y.J. / Su, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0505903 中国
引用ジャーナル: Environ.Microbiol. / 年: 2021
タイトル: The tetrameric assembly of 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase is a functional requirement of cofactor NAD + binding.
著者: Shi, Q. / Chen, Y. / Li, X. / Dong, H. / Chen, C. / Zhong, Z. / Yang, C. / Liu, G. / Su, D.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年6月19日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase
B: 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,64511
ポリマ－107,7422
非ポリマー9039
水13,331740
1
A: 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase
B: 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase
B: 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,29022
ポリマ－215,4844
非ポリマー1,80618
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area22350 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area61220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.526, 181.526, 181.157
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-737-

HOH

21B-793-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase / Aminomuconate-semialdehyde dehydrogenase


分子量: 53871.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: amnC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9KWS5, aminomuconate-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ammonium sulfate, BIS-TRIS, Polyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: OXFORD RUBY CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.988→50 Å / Num. obs: 120102 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.56 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
1.99-2.0218.10.83959040.8820.2010.8630.42
2.02-2.0619.20.71259200.9210.1660.7310.417
2.06-2.119.50.60859240.9450.140.6240.434
2.1-2.1419.40.51659170.9580.1190.5290.423
2.14-2.1919.20.41759460.9710.0970.4290.426
2.19-2.2418.90.34759140.980.0810.3560.432
2.24-2.317.60.30459690.9820.0740.3130.45
2.3-2.3618.40.24259320.990.0580.2480.445
2.36-2.4319.90.20759390.9930.0470.2130.451
2.43-2.5119.80.18459690.9940.0420.1890.457
2.51-2.619.50.15659760.9960.0360.160.477
2.6-2.718.90.13859620.9970.0320.1410.493
2.7-2.8217.20.11859840.9970.0290.1210.512
2.82-2.9719.60.09759960.9980.0220.10.547
2.97-3.1619.80.08160000.9990.0180.0830.616
3.16-3.419.40.06860400.9990.0160.0690.707
3.4-3.7417.50.05860670.9990.0140.060.822
3.74-4.2919.90.05260940.9990.0120.0540.972
4.29-5.418.10.04761670.9990.0110.0480.962
5.4-5017.30.03964820.9990.010.040.713

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NPI

4npi


解像度: 1.988→25.536 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2075 6085 5.07 %
Rwork0.1719 113835 -
obs0.1737 119920 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 180.03 Å2 / Biso mean: 43.3202 Å2 / Biso min: 16.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.988→25.536 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7535 0 127 740 8402
Biso mean--81.79 44.46 -
残基数----979
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.988-2.01060.31930.2573354895
2.0106-2.03430.25022000.22793777100
2.0343-2.05910.26421990.21663739100
2.0591-2.08510.25752170.21053758100
2.0851-2.11250.23771990.19963739100
2.1125-2.14150.20312000.19083744100
2.1415-2.1720.23492200.1893753100
2.172-2.20440.23232010.18993747100
2.2044-2.23890.21332160.18773738100
2.2389-2.27550.22932070.18753753100
2.2755-2.31480.21671970.18193767100
2.3148-2.35680.21722170.16753770100
2.3568-2.40210.21361820.16743775100
2.4021-2.45110.21732020.17263781100
2.4511-2.50440.20451990.16753756100
2.5044-2.56260.18342060.17053794100
2.5626-2.62660.23112040.17123773100
2.6266-2.69750.23112240.17853759100
2.6975-2.77680.24081790.1793810100
2.7768-2.86630.21672060.18483788100
2.8663-2.96860.22531810.18313824100
2.9686-3.08730.23121950.17573827100
3.0873-3.22760.19221760.17523810100
3.2276-3.39740.21012440.1723794100
3.3974-3.60970.19252070.16833849100
3.6097-3.88750.19951940.15363848100
3.8875-4.2770.17022110.14243871100
4.277-4.89220.16091930.12643903100
4.8922-6.14940.19571920.17183948100
6.1494-25.5360.22212240.2009409299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3418-0.4023-0.09640.5496-0.29990.9565-0.1728-0.12230.27780.23550.1862-0.21940.5402-0.0037-0.10350.24980.0584-0.05460.35080.1090.270339.03455.341107.817
20.54280.0144-0.73850.0198-0.01991.2530.0199-0.04280.10230.02070.0859-0.04230.05-0.08510.00520.10770.0262-0.03680.25570.08360.232740.61264.51495.64
30.5731-0.0788-0.22131.0434-0.19910.49280.0156-0.2775-0.02790.15990.07120.0232-0.1099-0.0678-00.16190.03740.02080.43580.05210.194118.00683.138101.037
40.5455-0.1171-0.018-0.0222-0.03670.15070.0065-0.1818-0.08740.03880.0685-0.0033-0.0004-0.017900.16310.0057-0.00030.27530.00950.237139.9981.33687.34
50.214-0.1210.29550.0721-0.16950.4303-0.4031-0.24550.31720.17770.2018-0.0682-0.72380.0037-0.1650.62010.0522-0.31990.3223-0.50710.562965.53107.574103.741
61.2592-0.14170.71940.3371-0.24580.8653-0.1718-0.10710.15570.08770.0948-0.045-0.30370.0092-0.00090.1736-0.00230.00040.2083-0.09480.220557.90795.93391.686
70.3439-0.01880.17750.5786-0.42540.4592-0.021-0.21270.11590.1321-0.01510.0018-0.09510.0182-0.00270.1641-0.0157-0.02170.4032-0.04830.278674.36478.89195.365
80.5982-0.44210.30090.6616-0.28740.309-0.038-0.25370.00660.2204-0.022-0.01780.05360.0284-0.0130.2012-0.0301-0.02260.399100.194177.55172.35199.247
90.301-0.0179-0.3273-0.014-0.06850.27620.0057-0.1563-0.00070.03640.0875-0.03280.00770.02030.00220.21090.01710.01050.3015-0.00990.270249.42881.16185.771
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 0:60 )A0 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 61:245 )A61 - 245
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 246:409 )A246 - 409
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 410:488 )A410 - 488
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 0:22 )B0 - 22
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 23:219 )B23 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 220:330 )B220 - 330
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 331:442 )B331 - 442
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 443:489 )B443 - 489

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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