PDB-7bzv: Crystal structure of 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bzv

タイトル

Crystal structure of 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase from Pseudomonas species AP-3

要素

2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / meta-cleavage pathway for 2-aminophenol catabolism. 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

aminomuconate-semialdehyde dehydrogenase / aminomuconate-semialdehyde dehydrogenase activity / catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.988 Å

データ登録者

Shi, Q.L. / Chen, Y.J. / Su, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Environ.Microbiol. / 年: 2021
タイトル: The tetrameric assembly of 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase is a functional requirement of cofactor NAD + binding.
著者: Shi, Q. / Chen, Y. / Li, X. / Dong, H. / Chen, C. / Zhong, Z. / Yang, C. / Liu, G. / Su, D.

履歴

登録	2020年4月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.0	2024年6月19日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bzv.cif.gz	563.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bzv.ent.gz	472.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bzv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7bzv_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bzv_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	7bzv_validation.xml.gz	44.4 KB	表示
CIF形式データ	7bzv_validation.cif.gz	65.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/7bzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/7bzv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4npiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4oub-d 4npi-d 4u3w-1 4oe2-d 5kll-d 4i25-d 5klm-d 5kj5-d 2w8n-1 4i1w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase

B: 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase

B: 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

A: 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase

B: 2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking
217 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.526, 181.526, 181.157
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-737- HOH
2	1	B-793- HOH

#1: タンパク質	2-aminomuconic 6-semialdehyde dehydrogenase / Aminomuconate-semialdehyde dehydrogenase 分子量: 53871.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: amnC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9KWS5, aminomuconate-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.24 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: ammonium sulfate, BIS-TRIS, Polyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: NFPSS

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: OXFORD RUBY CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.988→50 Å / Num. obs: 120102 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.8 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 0.56 / Net I/σ(I): 4.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
1.99-2.02	18.1	0.839	5904	0.882	0.201	0.863	0.42
2.02-2.06	19.2	0.712	5920	0.921	0.166	0.731	0.417
2.06-2.1	19.5	0.608	5924	0.945	0.14	0.624	0.434
2.1-2.14	19.4	0.516	5917	0.958	0.119	0.529	0.423
2.14-2.19	19.2	0.417	5946	0.971	0.097	0.429	0.426
2.19-2.24	18.9	0.347	5914	0.98	0.081	0.356	0.432
2.24-2.3	17.6	0.304	5969	0.982	0.074	0.313	0.45
2.3-2.36	18.4	0.242	5932	0.99	0.058	0.248	0.445
2.36-2.43	19.9	0.207	5939	0.993	0.047	0.213	0.451
2.43-2.51	19.8	0.184	5969	0.994	0.042	0.189	0.457
2.51-2.6	19.5	0.156	5976	0.996	0.036	0.16	0.477
2.6-2.7	18.9	0.138	5962	0.997	0.032	0.141	0.493
2.7-2.82	17.2	0.118	5984	0.997	0.029	0.121	0.512
2.82-2.97	19.6	0.097	5996	0.998	0.022	0.1	0.547
2.97-3.16	19.8	0.081	6000	0.999	0.018	0.083	0.616
3.16-3.4	19.4	0.068	6040	0.999	0.016	0.069	0.707
3.4-3.74	17.5	0.058	6067	0.999	0.014	0.06	0.822
3.74-4.29	19.9	0.052	6094	0.999	0.012	0.054	0.972
4.29-5.4	18.1	0.047	6167	0.999	0.011	0.048	0.962
5.4-50	17.3	0.039	6482	0.999	0.01	0.04	0.713

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NPI

4npi

解像度: 1.988→25.536 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2075	6085	5.07 %
R_work	0.1719	113835	-
obs	0.1737	119920	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 180.03 Å² / B_iso mean: 43.3202 Å² / B_iso min: 16.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.988→25.536 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7535	0	127	740	8402
B_iso mean	-	-	81.79	44.46	-
残基数	-	-	-	-	979

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.988-2.0106	0.3	193	0.2573	3548	95
2.0106-2.0343	0.2502	200	0.2279	3777	100
2.0343-2.0591	0.2642	199	0.2166	3739	100
2.0591-2.0851	0.2575	217	0.2105	3758	100
2.0851-2.1125	0.2377	199	0.1996	3739	100
2.1125-2.1415	0.2031	200	0.1908	3744	100
2.1415-2.172	0.2349	220	0.189	3753	100
2.172-2.2044	0.2323	201	0.1899	3747	100
2.2044-2.2389	0.2133	216	0.1877	3738	100
2.2389-2.2755	0.2293	207	0.1875	3753	100
2.2755-2.3148	0.2167	197	0.1819	3767	100
2.3148-2.3568	0.2172	217	0.1675	3770	100
2.3568-2.4021	0.2136	182	0.1674	3775	100
2.4021-2.4511	0.2173	202	0.1726	3781	100
2.4511-2.5044	0.2045	199	0.1675	3756	100
2.5044-2.5626	0.1834	206	0.1705	3794	100
2.5626-2.6266	0.2311	204	0.1712	3773	100
2.6266-2.6975	0.2311	224	0.1785	3759	100
2.6975-2.7768	0.2408	179	0.179	3810	100
2.7768-2.8663	0.2167	206	0.1848	3788	100
2.8663-2.9686	0.2253	181	0.1831	3824	100
2.9686-3.0873	0.2312	195	0.1757	3827	100
3.0873-3.2276	0.1922	176	0.1752	3810	100
3.2276-3.3974	0.2101	244	0.172	3794	100
3.3974-3.6097	0.1925	207	0.1683	3849	100
3.6097-3.8875	0.1995	194	0.1536	3848	100
3.8875-4.277	0.1702	211	0.1424	3871	100
4.277-4.8922	0.1609	193	0.1264	3903	100
4.8922-6.1494	0.1957	192	0.1718	3948	100
6.1494-25.536	0.2221	224	0.2009	4092	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3418	-0.4023	-0.0964	0.5496	-0.2999	0.9565	-0.1728	-0.1223	0.2778	0.2355	0.1862	-0.2194	0.5402	-0.0037	-0.1035	0.2498	0.0584	-0.0546	0.3508	0.109	0.2703	39.034	55.341	107.817
2	0.5428	0.0144	-0.7385	0.0198	-0.0199	1.253	0.0199	-0.0428	0.1023	0.0207	0.0859	-0.0423	0.05	-0.0851	0.0052	0.1077	0.0262	-0.0368	0.2557	0.0836	0.2327	40.612	64.514	95.64
3	0.5731	-0.0788	-0.2213	1.0434	-0.1991	0.4928	0.0156	-0.2775	-0.0279	0.1599	0.0712	0.0232	-0.1099	-0.0678	-0	0.1619	0.0374	0.0208	0.4358	0.0521	0.1941	18.006	83.138	101.037
4	0.5455	-0.1171	-0.018	-0.0222	-0.0367	0.1507	0.0065	-0.1818	-0.0874	0.0388	0.0685	-0.0033	-0.0004	-0.0179	0	0.1631	0.0057	-0.0003	0.2753	0.0095	0.2371	39.99	81.336	87.34
5	0.214	-0.121	0.2955	0.0721	-0.1695	0.4303	-0.4031	-0.2455	0.3172	0.1777	0.2018	-0.0682	-0.7238	0.0037	-0.165	0.6201	0.0522	-0.3199	0.3223	-0.5071	0.5629	65.53	107.574	103.741
6	1.2592	-0.1417	0.7194	0.3371	-0.2458	0.8653	-0.1718	-0.1071	0.1557	0.0877	0.0948	-0.045	-0.3037	0.0092	-0.0009	0.1736	-0.0023	0.0004	0.2083	-0.0948	0.2205	57.907	95.933	91.686
7	0.3439	-0.0188	0.1775	0.5786	-0.4254	0.4592	-0.021	-0.2127	0.1159	0.1321	-0.0151	0.0018	-0.0951	0.0182	-0.0027	0.1641	-0.0157	-0.0217	0.4032	-0.0483	0.2786	74.364	78.891	95.365
8	0.5982	-0.4421	0.3009	0.6616	-0.2874	0.309	-0.038	-0.2537	0.0066	0.2204	-0.022	-0.0178	0.0536	0.0284	-0.013	0.2012	-0.0301	-0.0226	0.3991	0	0.1941	77.551	72.351	99.247
9	0.301	-0.0179	-0.3273	-0.014	-0.0685	0.2762	0.0057	-0.1563	-0.0007	0.0364	0.0875	-0.0328	0.0077	0.0203	0.0022	0.2109	0.0171	0.0105	0.3015	-0.0099	0.2702	49.428	81.161	85.771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 0:60 )	A	0 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 61:245 )	A	61 - 245
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 246:409 )	A	246 - 409
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 410:488 )	A	410 - 488
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 0:22 )	B	0 - 22
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 23:219 )	B	23 - 219
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 220:330 )	B	220 - 330
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 331:442 )	B	331 - 442
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 443:489 )	B	443 - 489

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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