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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bzm | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of rice Os3BGlu7 with glucoimidazole | |||||||||
![]() | Beta-glucosidase 7 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / GH1 / rice Os3BGlu7 / beta-glucosidase / glucoimidazole | |||||||||
機能・相同性 | ![]() amygdalin beta-glucosidase activity / prunasin beta-glucosidase activity / beta-L-arabinosidase activity / cellobiose glucosidase activity / beta-gentiobiose beta-glucosidase activity / beta-D-fucosidase activity / beta-mannosidase activity / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase ...amygdalin beta-glucosidase activity / prunasin beta-glucosidase activity / beta-L-arabinosidase activity / cellobiose glucosidase activity / beta-gentiobiose beta-glucosidase activity / beta-D-fucosidase activity / beta-mannosidase activity / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-galactosidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pengthaisong, S. / Ketudat Cairns, J.R. / Tankrathok, A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Specific Glucoimidazole and Mannoimidazole Binding by Os3BGlu7. 著者: Nutho, B. / Pengthaisong, S. / Tankrathok, A. / Lee, V.S. / Ketudat Cairns, J.R. / Rungrotmongkol, T. / Hannongbua, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 212.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 165.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2rglS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 6 - 476 / Label seq-ID: 11 - 481
NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 54728.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: BGLU7, BGLU1, Os03g0703000, LOC_Os03g49600, OSJNBa0004L11.16 プラスミド: PET32A+ / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 487分子 ![](data/chem/img/GIM.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 23% PEG MME 5000, 0.17 M AMMONIUM SULFATE, 0.1M MES, PH 6.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50.01 Å / Num. obs: 47470 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique obs: 2303 / CC1/2: 0.947 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2RGL 解像度: 2.3→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.524 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.75 Å2 / Biso mean: 30.512 Å2 / Biso min: 16.48 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→50.01 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | 数: 7344 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 0.93 Å / Weight position: 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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