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- PDB-7byw: Crystal structure of Acidovorax avenae L-fucose mutarotase (L-fuc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7byw
タイトルCrystal structure of Acidovorax avenae L-fucose mutarotase (L-fucose-bound form)
要素L-fucose mutarotase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / L-fucose / Mutarotase
機能・相同性Rhamnose/fucose mutarotase / L-rhamnose mutarotase / racemase and epimerase activity, acting on carbohydrates and derivatives / Dimeric alpha-beta barrel / Chem-1PG / alpha-L-fucopyranose / L-rhamnose mutarotase
機能・相同性情報
生物種Acidovorax avenae subsp. avenae ATCC 19860 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Watanabe, Y. / Watanabe, S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Functional and structural characterization of a novel L-fucose mutarotase involved in non-phosphorylative pathway of L-fucose metabolism.
著者: Watanabe, Y. / Watanabe, S. / Fukui, Y. / Nishiwaki, H.
履歴
登録2020年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-fucose mutarotase
B: L-fucose mutarotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1216
ポリマ－28,2882
非ポリマー8334
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.398, 68.398, 69.102
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 L-fucose mutarotase


分子量: 14143.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidovorax avenae subsp. avenae ATCC 19860 (バクテリア)
株: ATCC 19860 / DSM 7227 / JCM 20985 / NCPPB 1011 / 遺伝子: Acav_1655 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F0Q4R9
#2: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#3: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.8 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.5% PEGMME 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 36466 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.065 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1945 / CC1/2: 0.634 / Rpim(I) all: 0.411 / Rrim(I) all: 1.285 / Rsym value: 1.216 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSdata processing
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BYU

7byu


解像度: 1.75→44.9876 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.51
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 1825 5.01 %
Rwork0.2262 --
obs0.2273 36430 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.71 Å2 / Biso mean: 41.1657 Å2 / Biso min: 21.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→44.9876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1798 0 56 153 2007
Biso mean--48.77 46.27 -
残基数----216
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.75-1.79730.35661340.3508266299
1.7973-1.85020.36861520.32052650100
1.8502-1.90990.35381270.28522681100
1.9099-1.97820.31631320.28312663100
1.9782-2.05740.28841280.26682667100
2.0574-2.1510.30431140.27392696100
2.151-2.26440.37941180.28612673100
2.2644-2.40630.28752100.2662594100
2.4063-2.59210.2941260.26582692100
2.5921-2.85290.32821440.26842682100
2.8529-3.26560.26751430.23672647100
3.2656-4.11390.21911420.19082653100
4.1139-44.98760.16911550.1752645100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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